學(xué)習(xí)大綱
- 了解conda
- 給服務(wù)器下載conda/miniconda
- 安裝和配置miniconda
- 使用miniconda
- 定制conda的分身
一在旱、conda介紹
=App store=軟件管理
- conda (大Boss)
- anaconda (總管）= miniconda+150 high quality packages
- miniconda (區(qū)域經(jīng)理）=conda+python+base packages
二、下載miniconda
(1) google "miniconda 清華"
(2) 進(jìn)入網(wǎng)頁腕窥，有anaconda還有miniconda
(3) 查看自己服務(wù)器多少位：uname -a
(4) 安裝python3.6對(duì)應(yīng)的版本
(5) 右鍵復(fù)制下載鏈接
(6) 登陸服務(wù)器尸变，進(jìn)入目錄: cd ~/biosoft
(7) wget 鏈接
三调卑、安裝和配置miniconda
- bash Miniconda3-latest-Linux-x85_64.sh （bash=安裝 .sh 是文件）
- 一系列Enter and yes
- 激活：source ~/.bashrc
- 添加鏡像：復(fù)制-粘貼-回車
使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
四莉兰、使用conda
- 查看當(dāng)前所有軟件列表：conda list
- 搜索軟件： conda search fastqc（以fastqc這個(gè)數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件為例）
- 安裝軟件： conda install fastqc -y (-y 是自動(dòng)安裝)
- 卸載軟件： conda remove fastqc -y
五聊训、延申內(nèi)容-conda 分身
conda environment：按照不同項(xiàng)目制定不同分身秦效，安裝不同軟件雏蛮，互不干擾
*代表默認(rèn)
- 查看當(dāng)前conda 有哪些環(huán)境：conda infor --envs
- 建立一個(gè)名叫”rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3阱州，安裝軟件fastqc挑秉、trimmomatic：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 查看創(chuàng)建完的conda環(huán)境： conda info --envs
但此時(shí)默認(rèn)還是base - 激活新的conda環(huán)境：conda activate rna-seq
默認(rèn)的*就會(huì)轉(zhuǎn)移到rna-seq前面
六、conda卸載
- rm -rf~/miniconda3
- 環(huán)境變量中去掉conda, vi~/bash_profile 刪除conda路徑苔货，退出保存犀概。
- 刪除隱藏的.condarc.conda.continuum 文件
