1 安裝Miniconda
#下載安裝包
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate
#安裝miniconda
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
注意:
1) 使用“Enter”查看license agreement;
2)查看完license agreement后缘揪,需要輸入“yes”表示接受才能繼續(xù);
3) 需要確認(rèn)安裝路徑蹈垢,可以使用”Enter鍵”確認(rèn)安裝在根目錄(建議不更改)袖裕;
4)經(jīng)過1-2分鐘安裝完成后,需要同意安裝器是否初始化miniconda急鳄,需要輸入“yes”同意后疾宏,miniconda的“PATH”才能加入到~/.bashrc 。
#讓添加miniconda路徑可執(zhí)行
source ~/.bashrc
2 設(shè)置國內(nèi)鏡像
conda默認(rèn)使用的國外鏡像源速度相對較慢为牍,通常為了正常運(yùn)行岩馍,會(huì)使用清華的鏡像。
如果不設(shè)置的話經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)這樣的報(bào)錯(cuò):CondaHTTPError: HTTP 000CONNECTION FAILED for url
#恢復(fù)conda的源為默認(rèn)
conda config --remove-key channels
#添加國內(nèi)鏡像
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/linux-64
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64
#顯示channel地址
conda config --set show_channel_urls yes
#設(shè)置channel的優(yōu)先級別為彈性的
conda config --set channel_priority flexible
命令執(zhí)行完成后會(huì)形成:.condarc文件
#編輯.condarc文件
vim ~/.condarc
點(diǎn)擊insert進(jìn)入編輯模式
刪除底部的-default疫铜,
點(diǎn)擊esc块攒,退出編輯模式佃乘,然后輸入“:wq”退出
#查看源
conda config --show-sources
#清除索引緩存,保證使用的是鏡像站提供的索引
conda clean -i
3 安裝軟件包
#測試一下
conda search packagename
如果能正常顯示趣避,應(yīng)該可以正常安裝程帕,安裝軟件包的命令可以去下面這個(gè)網(wǎng)站查看:
https://anaconda.org/anaconda/repo
如果安裝的時(shí)候出現(xiàn)問題,可以試試指定channel安裝軟件包:
conda install $package_name --channel http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64