100天生信-Day2
條形圖作為科研中最常用的可視化方法之一，在轉(zhuǎn)錄組下游可視化中同樣有用武之地橄教。比如展示GO terms中基因的數(shù)目就經(jīng)常用得到侄泽，而且每個terms可以堆疊/分組展示不同組間的比較或者一個組內(nèi)的上下調(diào)變化，如下展示：
barplot_stack.png
輸入數(shù)據(jù)要求長數(shù)據(jù)经窖，長寬數(shù)據(jù)使用reshape2轉(zhuǎn)換拣展，參考：https://cloud.tencent.com/developer/article/1369874
繪圖代碼如下
library(ggplot2)
## 導(dǎo)入數(shù)據(jù)
setwd("PATH")
test <- read.csv('test.csv', header = T)
## 設(shè)置展示的順序彭沼，不設(shè)置則默認(rèn)按照首字母
order = {xxxxxxxxx,
xxxxxxxxx,
..........
}
## 將dataframe按之前設(shè)置轉(zhuǎn)換為因子，順序固定备埃，加rev()表示反向姓惑，默認(rèn)順序是反的
test = as.factor(test, levels = rev(order))
ggplot(test, aes(x = goterms, y = number, fill = group)) + ## 1. 按照輸入數(shù)據(jù)的列名映射數(shù)據(jù)
geom_bar(position="stack",stat="identity") + ## 2. 排列方式褐奴，stack堆疊，換dodge變單獨兩條
coord_flip() + ## 3. 橫豎轉(zhuǎn)換于毙，去掉這行就是豎排
theme_set(theme_bw()) + theme(panel.grid.major=element_line(colour=NA)) + ## 4. 去背景顏色和網(wǎng)格
theme(axis.title.x=element_blank(),axis.title.y=element_blank(),legend.title=element_blank()) + ## 5. 換主題
scale_fill_manual(values=c("red", "darkblue")) ## 6. 換顏色
