ImageJ——共標(biāo)細(xì)胞計(jì)數(shù)

參考這篇 基本操作都差不多~
工具:Fiji(包含更多插件的ImageJ) 個(gè)人感覺比普通的ImageJ好用
思路:統(tǒng)計(jì)幾張圖片中相同的ROI 即為共標(biāo)細(xì)胞
但是可能會(huì)與手?jǐn)?shù)有一些偏差 我只是想定性 如果想要非常準(zhǔn)確的結(jié)果可能不可以這樣

1. 打開Fiji

打開Fiji

2. 找到想要統(tǒng)計(jì)的圖片论矾,拖到Fiji中

3. image- type- 8 bit 將圖片轉(zhuǎn)為黑白

image

4. 使用image-aadjust- threshold 調(diào)整對(duì)比度 盡量減少假陽性

5. 如果細(xì)胞有重疊,需要打散 使用 process-binary-watershed

這個(gè)時(shí)候細(xì)胞已經(jīng)被打散杆勇,可以先計(jì)數(shù)一下

6. 使用 analyze - analyze particles - ok


按圖中勾選 size那里可以規(guī)定最小的細(xì)胞

7. 結(jié)果會(huì)顯示在results里面

results

這個(gè)表示有202個(gè)細(xì)胞

8. 將第一幅圖的細(xì)胞添加至ROI中

8.1 edit - selection - creat selection

現(xiàn)在細(xì)胞會(huì)被黃色選中

8.2 ROI manager - add 將通道添加進(jìn)來

9. 另外幾個(gè)通道的圖片同上贪壳,添加進(jìn)ROI manager中

image.png

10. 按ctrl鍵盤選中兩個(gè)區(qū)域 - more - and 提取共同的ROI

11. 這時(shí)交集會(huì)顯示在圖里 - 把共標(biāo)圖片add進(jìn)ROI manager中

12. edit - selection - creat mask 構(gòu)建共標(biāo)的圖片

13. 使用 analyze - analyze particles - ok 計(jì)數(shù)共標(biāo)細(xì)胞個(gè)數(shù)

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