kegg compound 數(shù)據(jù)庫存儲了在生命活動中發(fā)揮作用的各種小分子暖混,生物大分子和其他類型的化學(xué)物質(zhì)恋脚,采用C number 進(jìn)行標(biāo)識,比如C00047
, 代表L-賴氨酸。除了名稱等信息外免胃,還存儲了該物質(zhì)的化學(xué)結(jié)構(gòu)和其他相關(guān)信息粉楚;
對于所有compound 的分類詳見 Brite 數(shù)據(jù)庫
包括有機(jī)酸, 脂類辣恋, 碳水化合物亮垫, 核酸,肽鏈伟骨,維生素和輔助因子饮潦,類固醇,激素和遞質(zhì)携狭,抗生素共9大類別继蜡;
看下每條記錄的詳細(xì)信息,以甲酸C000
為例
上面的信息可以分成兩大類:
1.基本信息
Entry | C Number, 在數(shù)據(jù)庫中的唯一標(biāo)識符 |
---|---|
Name | 名稱 |
Formula | 化學(xué)式 |
Extract Mass | 質(zhì)量 |
Mol weight | 分子量 |
structure | 結(jié)構(gòu) |
2.與其他數(shù)據(jù)庫的鏈接
Reaction | 該分子涉及到的的Reaction |
---|---|
Pathway | 該分子參與的通路 |
Module | 該分子參與的module |
Enzyme | 該分子相關(guān)的酶 |
DB | 第三方數(shù)據(jù)庫的鏈接 |
Reaction 數(shù)據(jù)庫存儲的是各種compound 之間的反應(yīng)逛腿,所以會有Reaction的鏈接稀并,比如 R00134
Pathway 數(shù)據(jù)庫整合了ko, module, reaction, compound 等多個數(shù)據(jù)庫庫的信息,所以也會給出compound 參與的通路单默,在通路中碘举,對應(yīng)的compound 會高亮顯示, 如下圖中紅色標(biāo)記的圓形搁廓。
Module 是ko的集合引颈,但是ko只是基因集,真正參與生命活動的是這些基因的產(chǎn)物境蜕,在產(chǎn)物發(fā)揮作用的時候蝙场,也需要compound 的參與,所有會給出compound 相關(guān)的module汽摹。
Enzyme 數(shù)據(jù)庫保存各種酶的相關(guān)信息李丰,酶作為催化劑調(diào)控一些生物學(xué)過程的發(fā)生和進(jìn)行,在這個過程中肯定也會有compound 的參與逼泣;比如1.1.1.306 這種酶催化的反應(yīng)中趴泌, 供體提供甲酸才能進(jìn)行反應(yīng),所以會給出compound 對應(yīng)的Enzyme 編號拉庶;
總結(jié)
compound 數(shù)據(jù)庫存儲了參與生命活動的各種分子的信息嗜憔,數(shù)據(jù)庫中的記錄用C Number唯一標(biāo)識, 每條分子都有對應(yīng)的化學(xué)式氏仗,結(jié)構(gòu)式吉捶,分子量等基本信息;
compound 和reaction , module皆尔, pathway呐舔, enzeme 等多個數(shù)據(jù)庫都有聯(lián)系;