KEGG COMPOUND 數(shù)據(jù)庫

kegg compound 數(shù)據(jù)庫存儲了在生命活動中發(fā)揮作用的各種小分子暖混,生物大分子和其他類型的化學(xué)物質(zhì)恋脚,采用C number 進(jìn)行標(biāo)識,比如C00047, 代表L-賴氨酸。除了名稱等信息外免胃,還存儲了該物質(zhì)的化學(xué)結(jié)構(gòu)和其他相關(guān)信息粉楚;

對于所有compound 的分類詳見 Brite 數(shù)據(jù)庫

http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?br08001.keg

image

包括有機(jī)酸, 脂類辣恋, 碳水化合物亮垫, 核酸,肽鏈伟骨,維生素和輔助因子饮潦,類固醇,激素和遞質(zhì)携狭,抗生素共9大類別继蜡;

看下每條記錄的詳細(xì)信息,以甲酸C000為例

http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?cpd:C00058

image

上面的信息可以分成兩大類:

1.基本信息

Entry C Number, 在數(shù)據(jù)庫中的唯一標(biāo)識符
Name 名稱
Formula 化學(xué)式
Extract Mass 質(zhì)量
Mol weight 分子量
structure 結(jié)構(gòu)

2.與其他數(shù)據(jù)庫的鏈接

Reaction 該分子涉及到的的Reaction
Pathway 該分子參與的通路
Module 該分子參與的module
Enzyme 該分子相關(guān)的酶
DB 第三方數(shù)據(jù)庫的鏈接

Reaction 數(shù)據(jù)庫存儲的是各種compound 之間的反應(yīng)逛腿,所以會有Reaction的鏈接稀并,比如 R00134

image

Pathway 數(shù)據(jù)庫整合了ko, module, reaction, compound 等多個數(shù)據(jù)庫庫的信息,所以也會給出compound 參與的通路单默,在通路中碘举,對應(yīng)的compound 會高亮顯示, 如下圖中紅色標(biāo)記的圓形搁廓。

image

Module 是ko的集合引颈,但是ko只是基因集,真正參與生命活動的是這些基因的產(chǎn)物境蜕,在產(chǎn)物發(fā)揮作用的時候蝙场,也需要compound 的參與,所有會給出compound 相關(guān)的module汽摹。

Enzyme 數(shù)據(jù)庫保存各種酶的相關(guān)信息李丰,酶作為催化劑調(diào)控一些生物學(xué)過程的發(fā)生和進(jìn)行,在這個過程中肯定也會有compound 的參與逼泣;比如1.1.1.306 這種酶催化的反應(yīng)中趴泌, 供體提供甲酸才能進(jìn)行反應(yīng),所以會給出compound 對應(yīng)的Enzyme 編號拉庶;

總結(jié)

  1. compound 數(shù)據(jù)庫存儲了參與生命活動的各種分子的信息嗜憔,數(shù)據(jù)庫中的記錄用C Number唯一標(biāo)識, 每條分子都有對應(yīng)的化學(xué)式氏仗,結(jié)構(gòu)式吉捶,分子量等基本信息;

  2. compound 和reaction , module皆尔, pathway呐舔, enzeme 等多個數(shù)據(jù)庫都有聯(lián)系;

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