因?yàn)镋NA跟NCBI的SRA數(shù)據(jù)是互通的右锨，所以根據(jù)NCBI的SRP號(hào)就可以在ENA搜到相應(yīng)的數(shù)據(jù)。目前好像無(wú)法由于存儲(chǔ)位置的改變，無(wú)法直接用ASCP下載SRA數(shù)據(jù)庫(kù)孵坚，因此直接從ENA數(shù)據(jù)庫(kù)下載便是一個(gè)非常好的選擇徐矩。

1 aspera 下載

下載地址：https://www.ibm.com/aspera/connect/ 選擇linux版本
或者直接通過(guò)命令行下載

# 通過(guò)wget命令下載
wget https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect_latest/v4/bin/ibm-aspera-connect-3.11.1.58-linux-g2.12-64.tar.gz
#解壓縮
tar xzvf ibm-aspera-connect-3.11.1.58-linux-g2.12-64.tar.gz
#install aspera in server:
sh ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh

#查看是否有.aspera文件夾  

cd         # 去家目錄 
ls -a     # 如果看到.aspera文件夾滞时，代表安裝成功

# 永久添加環(huán)境變量
echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc  && cp ~/.bashrc~/.bash_profile

source ~/.bashrc ~/.bash_profile

ascp的用法（[在線(xiàn)文檔](https://www.ibm.com/support/knowledgecenter/SSXMX3_3.11/connect_user_linux/guide.html）：

ascp [參數(shù)] 目標(biāo)文件 目標(biāo)地址

2. 獲得下載地址

ENA主頁(yè)ENA
搜索SRR號(hào)，SRR1805951

圖片.png

圖片.png

圖片.png

圖片.png

3. Aspera單個(gè)文件下載

linux中下載ENA數(shù)據(jù)方式如下：

ascp -QT -l 300m -P33001 -i path/to/aspera/installation/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/ERR164/ERR164407/ERR164407.fastq.gz 
local/target/directory

所以我們獲得下載鏈接要改成相應(yīng)的形式；
一般Aspera安裝在家目錄鳞骤，則下載方式為

ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/008/SRR1039508/SRR1039508_1.fastq.gz .

注意最后面的.為下載至的目錄窒百。常用的參數(shù)包括：
-v verbose mode 嘮叨模式，能讓你實(shí)時(shí)知道程序在干啥弟孟，方便查錯(cuò)贝咙。
-T 取消加密，否則有時(shí)候數(shù)據(jù)下載不了
-i 提供私鑰文件的地址拂募，免密從SRA和ENA下載庭猩，不能少，地址一般是~/.aspera/connect/etc中的asperaweb_id_dsa.openssh文件
-l 設(shè)置最大傳輸速度陈症，一般200m到500m蔼水，如果不設(shè)置，反而速度會(huì)比較低录肯，可能有個(gè)較低的默認(rèn)值
-k 斷點(diǎn)續(xù)傳趴腋，一般設(shè)置為值1
-Q 用于自適應(yīng)流量控制，磁盤(pán)限制所需
-P 用于SSH身份驗(yàn)證的TCP端口论咏，一般是33001

4.批量下載（參考生新技能樹(shù)jimmy老師）使用ebi數(shù)據(jù)庫(kù)直接下載fastq測(cè)序數(shù)據(jù)的改進(jìn)腳本

獲取下載鏈接侯优炬，我們建立如下fq.txt文件
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/008/SRR1039508/SRR1039508_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/009/SRR1039509/SRR1039509_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/000/SRR1039510/SRR1039510_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/008/SRR1039508/SRR1039508_2.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/009/SRR1039509/SRR1039509_2.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/000/SRR1039510/SRR1039510_2.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/004/SRR1039514/SRR1039514_1.fastq.gz
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/004/SRR1039514/SRR1039514_2.fastq.gz
然后應(yīng)用如下的腳本

cat fq.txt |while read id 
do
ascp -QT -l 300m -P33001  \
-i ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh   \
era-fasp@$id  .
done
# nohup bash step1-aspera.sh 1>step1-aspera.log 2>&1 &