寫在前面
最近服務(wù)器的我最常用的那個節(jié)點(diǎn)又壞了对嚼，那個環(huán)境我搭建的很好免钻，幾乎所有數(shù)據(jù)和軟件都在那上面囊陡。但是，無奈之下只能換到另一個節(jié)點(diǎn)葱她，一切都要從頭再來，就包括安裝軟件似扔，事已至此吨些，趁這個機(jī)會，把軟件安裝流程再總結(jié)一下炒辉。
做數(shù)據(jù)分析豪墅，首先總要有數(shù)據(jù)在手吧，所以如何下載數(shù)據(jù)很重要黔寇。所以我重新在新的節(jié)點(diǎn)工作的時候偶器，首先是安裝SRAtoolkit，畢竟NCBI存儲了幾乎所有的測序數(shù)據(jù)缝裤，話不多說屏轰，先下載吧。
wget?https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz
圖1是我們選擇的版本憋飞，
下載成功后的文件如下霎苗，
解壓縮，命令如下
$ tar zxvf sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz
為了方便使用搀崭，不再引用相對路徑叨粘，將其加入到環(huán)境變量，以后可以直接調(diào)用
寫入環(huán)境變量
$ echo 'export PATH=/~/bin/sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64/bin:$PATH' >>~/.bashrc$ source ~/.bashrc
之后可以下載數(shù)據(jù)了瘤睹，sratoolkit自帶的prefetch功能非常強(qiáng)大升敲，關(guān)于為什么推薦這個軟件，一個英文帖子寫的很詳細(xì)轰传，可以看到它比wget的好處是哪些驴党。
HowTo: Access SRA Data · ncbi/sra-tools Wiki · GitHub
$ prefetch? SRR號碼
但是這個命令對SRR文件的大小有限制，一般不超過20G获茬，所以港庄，為了增大倔既，使用以下命令
prefetch --max-size SRR號
這個軟件還有很多功能，有時間可以好好鉆研一下鹏氧。
