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生信軟件的使用：fastacmd的提取較大基因組序列
寫在前面： 最近要將參考基因組(4.1G晌柬，粗山羊草)的每一條染色體單獨提取出來儡循，之前我寫過一個使用faSomeRecords的帖子基因組學5-利...
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生信軟件的使用:bwa-mem2小測試
寫在前面 最近在利用小麥的重測序數(shù)據(jù)進行mapping，小麥是一個很奇特的物種笆怠，六倍體，有ABD三個基因組观谦，基因組大小約為17Gb实撒，因此，制約小...
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基因組學5-利用faSomeRecords根據(jù)基因ID提取基因序列安裝 從該網(wǎng)址下載其安裝腳本：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ 我一...
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生信軟件的安裝1-SRAtoolkit寫在前面 最近服務(wù)器的我最常用的那個節(jié)點又壞了钉疫，那個環(huán)境我搭建的很好硼讽，幾乎所有數(shù)據(jù)和軟件都在那上面。但是牲阁，無奈之下只能換到另一個節(jié)點固阁，一切都要從...
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單個基因的生物信息學分析(2)-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測本期的主題仍然屬于《單個基因的生物信息學分析》，主要講解介紹一下單個蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域分析城菊。 網(wǎng)站鏈接如下：InterPro 打開主頁面顯示如圖1备燃，注...
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單個基因的生物信息學分析(1)-基因結(jié)構(gòu)與功能分析在生物學分析中，我們經(jīng)常會針對某個基因進行生物學功能分析凌唬，比較常見的包括基因結(jié)構(gòu)預(yù)測并齐，功能注釋，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測（跨膜域客税，信號肽）况褪，同源基因分析...
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植物基因組學-fastp進行高通量測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控對于各位小伙伴來說，無論是自己獨立進行高通量測序數(shù)據(jù)分析更耻，還是解讀公司的測序結(jié)果测垛，一個必須要面對的情況就是高通量測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制，又稱Qual...
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植物基因組-基因組分析中的“地圖”文件(gff3和gtf文件介紹)常見的生物信息分析中秧均，基因組的注釋文件和參考基因組具有相同重要的功能赐纱，如果說參考基因組是一個蘊含著所有資源的寶島，那么基因組的注釋文件就是航海路...
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植物基因組學-專屬于小麥的測序數(shù)據(jù)庫IWGSC今天將為大家介紹小麥的特有的生物學網(wǎng)站熬北，該數(shù)據(jù)庫是由國際小麥基因組測序聯(lián)盟(International Wheat Genome Sequenc...