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TCGA數(shù)據(jù)分析課程：生物信息學(xué)教學(xué)
今天繼續(xù)我們TCGA在線數(shù)據(jù)庫(kù)系列哥牍。今天介紹的數(shù)據(jù)庫(kù)是LinkedOmic,http://www.linkedomics.org/login.php可謂是航母級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)蹦魔，沒(méi)有做不到的撞叽，只有想不到的。話不多說(shuō)也祠，我們直接開始昙楚。
數(shù)據(jù)庫(kù)的主頁(yè)面
數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)來(lái)源
第一步：選擇腫瘤
第一步我們選擇肝癌
第二步：選擇數(shù)據(jù)類型
第二步我們選擇RNA-seq
第二部還可以進(jìn)一步選擇亞型
第三步：選擇要分析的基因
我們選擇LDHA
第四五步：選擇目標(biāo)數(shù)據(jù)集和統(tǒng)計(jì)方法
這里我們依舊選擇RNA-seq，這樣的話我們可以做LDHA與其他基因RNA水平上的相關(guān)性齿坷，以及GO,KEGG,GSEA等分析桂肌。如果你想做生存分析，可以選擇Clinical永淌，想做甲基化崎场，基因突變相關(guān)的分析，都可以選擇對(duì)應(yīng)的目標(biāo)數(shù)據(jù)集遂蛀。比如突變谭跨，可以選擇基因突變或者突變位點(diǎn)。這需要大家慢慢摸索了李滴。選擇不同的目標(biāo)數(shù)據(jù)集螃宙，出來(lái)的統(tǒng)計(jì)方法也不一樣。這里我們選擇Pearson所坯。另外谆扎，所有的數(shù)據(jù)都是可以下載的！
結(jié)果
出來(lái)的結(jié)果就是這樣樣子芹助，點(diǎn)擊圓圈就可以瀏覽結(jié)果
批量相關(guān)性分析的結(jié)果可以下載
相關(guān)性的火山圖
相關(guān)性分析熱圖
左邊是與LDHA正相關(guān)基因的熱圖堂湖，右邊是與LDHA負(fù)相關(guān)基因的熱圖。
點(diǎn)擊LinkInterpreter可以做富集分析或者GSEA分析状土。
我們來(lái)選擇GSEA分析演示一下
等待一段時(shí)間后无蜂，全部結(jié)果都出來(lái)了，并且所有的結(jié)果都可以下載蒙谓。
GSEA結(jié)果的表格
GSEA結(jié)果的圖
所有的結(jié)果都可以下載SVG格式斥季，下載之后就可以用AI調(diào)整清晰度。
可以看到結(jié)果還是很靠譜的累驮，LDHA富集到最相關(guān)的通路就是HIF-1信號(hào)通路酣倾。
以上我們只是演示了LDHA的GSEA富集分析的整個(gè)流程，這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)還能做的分析太多了谤专，所以我才稱它為航母級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)灶挟。好了，今天的在線數(shù)據(jù)庫(kù)分享就到這里了毒租。
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