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TCGA數(shù)據(jù)分析系列（一：數(shù)據(jù)下載清洗）廢話不多說百侧，直接上干貨摹察。 一坞淮、確定腫瘤代碼 TCGA涵蓋30多種癌癥藤肢，9000多個(gè)病人，數(shù)據(jù)庫里的癌癥名稱是縮寫的形式洒忧，TCGA癌癥中英文對(duì)照可...
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HI-C 數(shù)據(jù)分析pipeline（三：AB compartment 區(qū)室計(jì)算）使用HicPro處理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mi...
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HI-C數(shù)據(jù)分析 pipeline（二：數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換）
由于HIC數(shù)據(jù)目前很難用一個(gè)軟件就能將全套流程全部分析完胁塞，從數(shù)據(jù)預(yù)處理到后續(xù)的TAD計(jì)算，loop計(jì)算等需要用到眾多軟件溉奕，但是在數(shù)據(jù)格式方面褂傀，各...
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HI-C數(shù)據(jù)分析 pipeline（一：上游數(shù)據(jù)預(yù)處理）
Hi-C fastq data to valid pair and matrix data format transition.本文總結(jié)了Hi-...
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3D基因組學(xué)在白血病中的研究進(jìn)展——分子分型、診斷加勤、預(yù)后2022年10月26日仙辟，岳峰/鄭弘在《nature》雜志上發(fā)表題為 Subtype-specific 3D genome alteration...
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ATAC-seq數(shù)據(jù)可視化——超簡單教程
大家好這里是有時(shí)候季更，有時(shí)候月更的基因組學(xué)研究生鳄梅。上一期記錄了ATAC數(shù)據(jù)從Fastq數(shù)據(jù)到bam文件的處理腳本叠国。 ATAC數(shù)據(jù)一鍵處理基因組...
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一個(gè)不成熟的小腳本，ATAC數(shù)據(jù)一鍵預(yù)處理從fastq到treated bam
數(shù)據(jù)從下機(jī)fq.gz文件到可用的 .bam文件戴尸，每次都需要運(yùn)行去接頭粟焊，比對(duì)，去復(fù)孙蒙，去MT项棠，shift，排序等... 盡管俺把他們都寫在了一個(gè)...
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兩條命令就跑完RNA差異分析數(shù)據(jù)分析實(shí)在太難了马篮，差異分析到底怎么跑啊沾乘，怎么才不出錯(cuò)呀！coldata到底怎么構(gòu)建呀……浑测！別慌翅阵，傻瓜包來了歪玲！它就是simpleRNA，居然只要...
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文章被分享的感覺真的很不錯(cuò)
最近在寫一些干貨類的文章掷匠，關(guān)注基因組學(xué)和生信分析相關(guān)的滥崩。前幾天剛申請(qǐng)的公眾號(hào)，目前寫了2篇了讹语。 昨天發(fā)布的一篇《如何快速查找高質(zhì)量文獻(xiàn)及其相關(guān)文...