在我們進(jìn)行化學(xué)信息學(xué)相關(guān)的研究時救恨，通過Autodock漱逸、schrodinger强窖、Discover studio、MOE削祈、ZDOCK等CADD軟件進(jìn)行蛋白蛋白互作時翅溺，通常需要對蛋白互作界面進(jìn)行相關(guān)的分析，但由于有的軟件并沒有限定界面的操作髓抑。因此咙崎，我們想要對所對接得到的結(jié)果進(jìn)行分析的時候，通常需要通過pymol自帶的腳本來自動定義對接的界面吨拍。
本文通過對丙酮酸激酶M1(Pyruvate Kinase M1,PKM1)是作為研究對象褪猛，在PDB數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站（https://www.pdbus.org/）搜索4RPP。由于4RPP為四聚體的化合物羹饰，分為A伊滋、B、C和D鏈队秩，可以以此來模擬蛋白互作笑旺，作為練習(xí)。且蛋白對接軟件眾多馍资，就不一一詳述筒主。
本文主要是利用pymol官網(wǎng)上的interfaceresidues腳本進(jìn)行自動選中界面。方法如下鸟蟹。
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下載interfaceresidues腳本乌妙，導(dǎo)入到你安裝的pymol處。由于我的pymol在C盤的python27內(nèi)建钥，如果你找不到藤韵，可以試試放這里。
1.png
- 打開pymol锦针，導(dǎo)入腳本荠察。Pymol--file--run
- 導(dǎo)入蛋白4RPP，并進(jìn)行簡單的美化圖形
hide—everything
show—cartoon
display—background—white
- 根據(jù)鏈選擇不同的顏色
- 使用腳本對4RPP蛋白進(jìn)行A鏈和B鏈的界面分析奈搜，如不確定悉盆，則選擇右下角的“S”，可以選擇并觀察是那一條鏈馋吗。
interfaceResidue 4rpp, chain A, chain B （chain前有空格）
- 運(yùn)行腳本后會出現(xiàn)圖上的紅點(diǎn)焕盟，即為選中的互作界面
- 更改所選擇的蛋白互作的表面的命名。
Set_name interface,interface ab
- 設(shè)置為球棍模型。
Show-sticks
結(jié)語：本文著重說明顯示蛋白互作表面的腳本interfaceresidues脚翘，簡化操作灼卢，避免不必要的時間的浪費(fèi)。需要腳本請關(guān)注
