轉(zhuǎn)自希望組公眾號彬檀。學習二代+三代組裝策略的流程
垂枝樺（Betula pendula）是一種速生喬木帆啃，能在短短一年時間內(nèi)開花，木質(zhì)堅實窍帝，可做細工努潘、家具等，經(jīng)濟價值極高坤学。近日疯坤，芬蘭研究人員對垂枝樺自交系個體進行全基因組測序，并對80個來自不同地理范圍的樺樹個體進行群體重測序深浮，為林木基因組學研究和遺傳改良工作提供了研究資源压怠，從而利于生態(tài)環(huán)境的持續(xù)優(yōu)化。
PacBio數(shù)據(jù)的加入略号，有效地對基因組初裝版本進行了補洞讽营，并在進一步Scaffolding提供高連續(xù)性序列房蝉，基因組覆蓋率達到98.9%(435Mb/440Mb)，經(jīng)遺傳圖譜信息將基因組構(gòu)建到染色體級別咱圆。同時诫舅，基因組組裝指標也有了顯著提升：Contig N50從7,972bp上升到48.2Kb羽利，Scaffold N50從214.7Kb，提高到528Kb刊懈，獲得了435Mb的參考基因組这弧。
基于垂枝樺參考基因組信息，研究分析了基因組對環(huán)境適應性的改變虚汛。進一步匾浪，對80個來自不同地理范圍的樺樹個體進行重測序群體分析，篩選環(huán)境適應性相關(guān)的候選基因卷哩，探索垂枝樺基因組的進化適應歷程和人工選擇活動蛋辈。
選擇性清除分析（Selective sweep analysis）反映垂枝樺經(jīng)歷了明顯的近代人工選擇
作為林木研究的模式物種，垂枝樺基因組基因組相對簡單，但大部分林木基因組比較復雜冷溶，在對復雜的或遺傳信息較少的林木基因組測序時渐白，組學君推薦 PacBio SMRT測序技術(shù)，基于長讀長優(yōu)勢構(gòu)建高質(zhì)量參考基因組逞频，為解決后續(xù)重要功能基因挖掘和進化研究提供研究基礎(chǔ)纯衍。
參考文獻
Saloj?rvi J, Smolander O-P, Nieminen K,et al. Genome sequencing and population genomic analyses provide insights intothe adaptive landscape of silver birch [J]. Nature genetics, 2017.
