我們通常建議將微陣列平臺上的所有探針進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理娃胆。
對于下游分析遍希，通常需要刪除那些看起來在任何實驗條件下都不表達(dá)的探針。這被稱為過濾里烦。我們一般建議在線性建模和經(jīng)驗貝葉斯步驟之前完成凿蒜，但要在標(biāo)準(zhǔn)化步驟之后。
有許多方法可以進(jìn)行過濾胁黑。一種方法是保留在至少n個陣列上表達(dá)值超過背景值的探針废封，其中n是分配給任何實驗組合的最小重復(fù)數(shù)。參見limma用戶指南第15.3或15.4節(jié)的案例分析丧蘸。
請注意漂洋，不應(yīng)使用涉及方差的過濾方法。limma算法分析基因方差的擴(kuò)散力喷。任何基于基因方差的過濾方法都會導(dǎo)致方差分布發(fā)生變化刽漂，從而干擾limma算法，因此會給出較差的結(jié)果弟孟。
