導(dǎo)讀
基因組瀏覽器(integrative genomics viewer, IGV)，一種高性能的基因組可視化工具派哲。下面是測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)基因組，IGV可視化基因組和mapping結(jié)果的方法。
文章：Integrative genomics viewer
雜志：Nat Biotechnol
時(shí)間：2011
IGV
IGV官網(wǎng)
下載 (linux2.8)
下載 (windows2.8)
一相味、比對(duì)，獲取sorted.bam文件
建索引殉挽、比對(duì)丰涉、sam2bam、sort bam斯碌、index bam
# 建索引
bowtie2-build -f assembly.fa index --threads 52
# 比對(duì)
bowtie2 -1 R1.fq -2 R2.fq -p 52 -x index -S align.sam
# sam -> bam
samtools view -@ 52 -b -S align.sam -o align.bam
# sort bam
samtools sort -@ 52 -l 9 -O BAM align.bam -o align.sorted.bam
# index bam
samtools index -@ 52 align.sorted.bam align.sorted.bam.bai
結(jié)果文件
二一死、導(dǎo)入genome到IGV
打開IGV，點(diǎn)擊Genomes傻唾，點(diǎn)擊Load Genome from File投慈，打開assembly.fa
三承耿、導(dǎo)入bam文件到IGV
點(diǎn)擊File，點(diǎn)擊Load from File伪煤，打開align.sorted.bam文件
注意：該目錄下必須有align.sorted.bam.bai
查看比對(duì)情況
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