本周最新文獻(xiàn)速遞20210711
一逮走、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一
文獻(xiàn)題目： BANP opens chromatin and activates CpG-island-regulated genes
不想看英文題目： BANP 打開染色質(zhì)并激活 CpG 島調(diào)控基因
雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)
研究意義： RNA 聚合酶 II 生成的轉(zhuǎn)錄本大多數(shù)起始于 CpG 島 (CGI) 啟動(dòng)子區(qū)域耙册，但對(duì)其調(diào)控機(jī)制的了解仍然不全面酝陈。
結(jié)論：
1）前人研究發(fā)現(xiàn) CGCG 調(diào)控元件在人類組織中呈現(xiàn)基因高表達(dá)醋拧，且富集于 CGI 啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近，但與之結(jié)合的蛋白未明宇智，作者通過實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn) BANP 與 CGCG 元件結(jié)合槽片，且 BANP 富集在 CGI 啟動(dòng)子區(qū)域；
2）由于BANP 與 CGCG 元件主要富集在 CGI 啟動(dòng)子區(qū)域福荸，說明 BANP 對(duì) CGCG 元件的結(jié)合親和性可能與甲基化狀態(tài)相關(guān)蕴坪，為了驗(yàn)證這種猜測(cè)，作者比較了 BANP 在未甲基化和高甲基化基序的親和力敬锐，結(jié)果發(fā)現(xiàn)未甲基化的基序與 BANP 的親和力更高背传，比發(fā)生甲基化基序高 16 倍，說明 DNA 甲基化可能抑制BANP 的結(jié)合台夺；
3）此外径玖，作者還發(fā)現(xiàn) BANP 在人類癌細(xì)胞系中結(jié)合(與其他細(xì)胞系)相似的基序以及對(duì)甲基化狀態(tài)也呈現(xiàn)高度依賴性，說明 BANP 的結(jié)合特異性及甲基化敏感性在人類多個(gè)細(xì)胞系中是保守的颤介；
4）為了進(jìn)一步探究 BANP 結(jié)合 CGCG 元件后潛在的調(diào)控機(jī)制梳星，作者采用 ATAC-seq 測(cè)序探究 BANP 是否影響 CGI 啟動(dòng)子區(qū)域的染色質(zhì)開放性，發(fā)現(xiàn) BANP 降解后滚朵，CGI 染色質(zhì)開放性降低冤灾，說明 BANP 介導(dǎo) CGI 的染色質(zhì)開放；
亮點(diǎn)：
首次發(fā)現(xiàn) BANP 為 CGCG 元件的結(jié)合蛋白辕近；
首次發(fā)現(xiàn) BANP 為 CGI 激活器韵吨，且通過甲基化狀態(tài)在癌細(xì)胞系中發(fā)生可逆的表觀遺傳修飾；
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34234345/
doi: 10.1038/s41586-021-03689-8
公開的資料：
Next-generation sequencing data：
GSE155604
Mass spectrometry：
http://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD024794
二亏推、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 二
文獻(xiàn)題目： Single-nucleus chromatin accessibility and transcriptomic characterization of Alzheimer’s disease
不想看英文題目： 阿爾茨海默病的單核染色質(zhì)可及性和轉(zhuǎn)錄組學(xué)特征
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
研究意義： 人腦由多個(gè)異質(zhì)細(xì)胞亞群組成学赛。然而，我們對(duì)大腦異質(zhì)細(xì)胞亞群的理解仍然十分有限吞杭，這阻礙了我們對(duì)疾病潛在生物學(xué)過程的理解盏浇。神經(jīng)退行性疾病，如阿爾茨海默惭抗贰（AD）绢掰，其特征為大量神經(jīng)元丟失，伴有神經(jīng)膠質(zhì)增生童擎。目前這些特定的神經(jīng)元和神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞群在 AD 病理生理學(xué)中的作用尚不清楚滴劲。
結(jié)論：
1）從分離的細(xì)胞核中進(jìn)行 snATAC-seq 測(cè)序（10x Genomics；12 例晚期 AD顾复；8 例對(duì)照）和 snRNA-seq 測(cè)序（10x Genomics v3班挖；11 例晚期 AD；7 例對(duì)照）芯砸；
2）使用 snATAC-seq 數(shù)據(jù)檢測(cè)了興奮性神經(jīng)元（24,076 個(gè)細(xì)胞核萧芙；EX.a–e）、抑制性神經(jīng)元（9,644 個(gè)細(xì)胞核假丧；INH.a–d）双揪、星形膠質(zhì)細(xì)胞（15,399 個(gè)細(xì)胞核；ASC.a–f)包帚、小膠質(zhì)細(xì)胞（12,232 個(gè)細(xì)胞核渔期；MG.a–e）、少突膠質(zhì)細(xì)胞（62,253 個(gè)細(xì)胞核渴邦；ODC.a–m）和少突膠質(zhì)祖細(xì)胞（4,869 個(gè)細(xì)胞核疯趟；OPC.a）；
3）使用 snRNA-seq 數(shù)據(jù)檢測(cè)了興奮性神經(jīng)元（6,369 個(gè)細(xì)胞核几莽；EX1-5）迅办、抑制性神經(jīng)元（5,962 個(gè)細(xì)胞核；INH1-4）章蚣、星形膠質(zhì)細(xì)胞（4,756 個(gè)細(xì)胞核站欺；ASC1-4）、小膠質(zhì)細(xì)胞（4,126 個(gè)細(xì)胞核纤垂；MG1 –3)矾策、少突膠質(zhì)細(xì)胞（37,052 個(gè)細(xì)胞核；ODC1-13）和少突膠質(zhì)祖細(xì)胞（2,740 個(gè)細(xì)胞核峭沦；OPC1-2）贾虽；
4）通過整合 snATAC-seq 和 snRNA-seq 數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn) MG.a 和 MG.b 細(xì)胞比例在 AD 晚期顯著增加吼鱼，二者均映射到 snRNA-seq 中的 MG1 簇（小膠質(zhì)細(xì)胞）蓬豁， 此外绰咽，少突膠質(zhì)細(xì)胞簇 ODC13 在 AD 晚期也顯著增加；
5）利用順式調(diào)控元件進(jìn)一步探究小膠質(zhì)細(xì)胞在晚期 AD 的致病機(jī)制地粪，順式調(diào)控元件分析發(fā)現(xiàn)小膠質(zhì)細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子 SPI1 基序變化在小膠質(zhì)細(xì)胞特異性上調(diào)取募，但其靶基因在小膠質(zhì)細(xì)胞中下調(diào)，說明 SPI1 抑制靶基因的表達(dá)蟆技，在晚期 AD 中充當(dāng)轉(zhuǎn)錄抑制因子的角色玩敏；
6）用 Monocle3 進(jìn)行單細(xì)胞軌跡分析，發(fā)現(xiàn)少突膠質(zhì)細(xì)胞的兩個(gè)關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子（NRF1 和 SREBF1）在晚期 AD 中失調(diào)质礼，之前有文獻(xiàn)提出 β 淀粉樣蛋白抑制 SREBF1 的激活旺聚，說明 SREBF1 可能通過 β 淀粉樣蛋白影響 AD 的進(jìn)展；
7）使用 LDSC 進(jìn)一步解析 AD 遺傳風(fēng)險(xiǎn)變異位點(diǎn)潛在的致病機(jī)理眶蕉，發(fā)現(xiàn)前人 GWAS 掃到的信號(hào)主要富集在小膠質(zhì)細(xì)胞和興奮性神經(jīng)元中砰粹，且位于細(xì)胞類型特異性順式調(diào)控元件中，說明細(xì)胞類型特異性順式調(diào)控元件有助于解釋疾病易感位點(diǎn)對(duì)表型的貢獻(xiàn)妻坝；
8）對(duì)少突膠質(zhì)細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（scWGNCA）伸眶，發(fā)現(xiàn)四個(gè)共表達(dá)模塊與 AD 顯著相關(guān)——OM1、OM2刽宪、OM4 和 OM5厘贼，其中三個(gè)模塊富集了 SREBF1 的靶基因，說明 SREBF1 在這三個(gè)模塊中通過影響基因表達(dá)參與 AD 的過程圣拄；
亮點(diǎn)：
鑒定了一系列細(xì)胞類型特異性調(diào)控元件嘴秸，揭示少突膠質(zhì)細(xì)胞對(duì) AD 致病的重要貢獻(xiàn)；
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34239132/
doi: 10.1038/s41588-021-00894-z
公開的資料：
測(cè)序數(shù)據(jù)：
https://www.synapse.org/#!Synapse:syn22079621/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE174367
可視化網(wǎng)頁：
http://swaruplab.bio.uci.edu/singlenucleiAD
三庇谆、其他文獻(xiàn)推薦
下面的文獻(xiàn)也挺精彩的岳掐，但由于下不到原文，或博主時(shí)間有限饭耳，沒法精細(xì)解讀串述，故列出來供各位參閱；
當(dāng)然寞肖，你們有精彩的文獻(xiàn)想讓我解讀的（前提是一周內(nèi)剛出爐的文獻(xiàn)）纲酗，可給我發(fā)pdf（然而可能種種原因，我不一定有時(shí)間解讀新蟆，不要對(duì)我抱太高期待）觅赊；
文獻(xiàn)題目： Whole-exome imputation within UK Biobank powers rare coding variant association and fine-mapping analyses
不想看英文題目： UK Biobank 全外顯子組插補(bǔ)為罕見編碼變異位點(diǎn)關(guān)聯(lián)和精細(xì)定位分析提供支持（自然人群的罕見變異位點(diǎn)也不是不能分析，樣本量大就可以了琼稻，比如 UKBB）
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34226706/
文獻(xiàn)題目： Mapping the cellular origin and early evolution of leukemia in Down syndrome
不想看英文題目： 構(gòu)建唐氏綜合征伴白血病的細(xì)胞起源和早期進(jìn)化圖譜（揭示唐氏綜合癥患兒伴髓性白血病在胚胎早期發(fā)育的生物學(xué)過程）
雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34244384/
文獻(xiàn)題目： Multiplexed functional genomic analysis of 5’ untranslated region mutations across the spectrum of prostate cancer
不想看英文題目： 5' 非翻譯區(qū)突變?cè)谇傲邢侔┑亩嘀毓δ芑蚪M分析
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34244513/
四吮螺、工具或資源類介紹
文獻(xiàn)題目： UCSC Cell Browser: Visualize Your Single-Cell Data
不想看英文題目： UCSC 細(xì)胞瀏覽器：可視化單細(xì)胞數(shù)據(jù)
雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34244710/
文獻(xiàn)題目： Improved genetic prediction of complex traits from individual-level data or summary statistics
不想看英文題目： 從個(gè)體水平數(shù)據(jù)或匯總統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)提高復(fù)雜性狀的遺傳預(yù)測(cè)（該換換遺傳度計(jì)算工具了）
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34234142/
文獻(xiàn)題目： MiDAS—Meaningful Immunogenetic Data at Scale
不想看英文題目： MiDAS-有意義的大規(guī)模免疫遺傳數(shù)據(jù)（用于免疫遺傳數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換和統(tǒng)計(jì)分析的 R 包）
雜志和影響因子： PLoS Comput Biol (IF: 4.7; Q1)
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34228721/
致謝橙子牛奶糖（陳文燕），請(qǐng)用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
感謝小可愛們多年來的陪伴， 我與你們一起成長(zhǎng)~
