關(guān)鍵詞：BSA分析聂渊，群體構(gòu)建，性狀選擇四瘫，測序數(shù)據(jù)
性狀選擇汉嗽、群體構(gòu)建、測序數(shù)據(jù)以及參考基因組是BSA分析結(jié)果成功的關(guān)鍵找蜜。所以在準(zhǔn)備進行BSA分析之前一定要結(jié)合實際情況（人力饼暑、財力），選擇相對穩(wěn)妥的方案洗做，或者判斷方法是否適用撵孤，不然也是浪費金錢，浪費精力竭望。
性狀選擇
質(zhì)量性狀（包含突變表型）> 有主效QTL的數(shù)量性狀 > 無主效QTL的數(shù)量性狀
注意事項：表型鑒定一定要準(zhǔn)確邪码，不然結(jié)果一定不會好
群體構(gòu)建
1、在混池規(guī)模咬清，測序深度一致的前提下闭专，次級分離群體定位分辨率＞初級分離群體，比如F2群體>NIL群體定位區(qū)間旧烧；
2影钉、在混池規(guī)模，測序深度一致的前提下掘剪，初級分離群體平委，自交/回交次數(shù)越多，定位的分辨率越高夺谁，比如RIL群體定位區(qū)間＜F4分離群體＜F3分離群體＜F2分離群體廉赔。
3、自然群體匾鸥、多家系群體不是很推薦蜡塌。
注意事項：
a、親本材料背景要盡可能純合勿负；
b馏艾、一定要盡可能多的種植群體材料，群體規(guī)模理論不應(yīng)低于800株（最低不低于400株）;
c奴愉、高世代群體要保存好親本材料琅摩，一定要清楚群體構(gòu)建規(guī)則。
常見混池組合及適用方法
- 兩個親本+兩個子代池：常見樣本類型锭硼，所有 BSA 分析方法均適用房资。親本間選擇純和差異的位點，然后計算這些位點在兩個子代池中的 index 值账忘，還可以采用 ED（歐式距離）關(guān)聯(lián) SNP 位點志膀，計算差值后挑選候選區(qū)間以及候選位點熙宇。
- 一個親本+兩個子代：選擇親本純和的位點，計算2個子代池的 index溉浙，計算差值烫止，劃窗口，挑選候選區(qū)間戳稽，挑選候選位點馆蠕。
- 兩個親本+一個子代：親本間選擇純和差異的位點，然后計算這些位點在子代池的index惊奇，挑選候選位點互躬。
- 一個親本+一個子代池（性狀相反）：選擇親本純和的位點，然后以親本為參考颂郎，計算這些位點在子代池的 index吼渡，挑選候選位點。若為 EMS 誘變的樣本乓序，可選擇一個野生型親本+突變體混池寺酪。
- 兩個子代池：通過 ED 算法進行性狀關(guān)聯(lián)，可以對性狀進行定位替劈，但是由于缺少親本信息寄雀，對于 QTL 的檢測效率較低。
- 多個子代池：對于多基因控制的性狀陨献，或是提高定位精準(zhǔn)度盒犹，可采用多子代混池，適用于 GPS-BSA 以及 PCAMP 兩種分析方法眨业。
注意事項：在盡可能的條件下提高測序深度和完善混池類型
測序數(shù)據(jù)
DNA重測序基本可以無腦沖急膀，如果選擇其他測序方式一定要結(jié)合實際情況。
參考基因組
1坛猪、BSA分析盡量保證有參考基因組脖阵，且要盡量保證基因組組裝質(zhì)量與完整性（三代基因組優(yōu)于二代基因組）
2、如果基因組gap實在較多墅茉，可以嘗試Mutmap-gap的方法
3、此外如果有重測序數(shù)據(jù)呜呐，也可以用二代數(shù)據(jù)組裝一個基因組就斤，不過分析效果就看命了
