先下載 primer3 和 misa 相關文件
# 下載 primer3
conda search primer3
conda install -y primer3
# misa 相關的文件下載百度云里面的贾富，其他網(wǎng)站的好像都不能用奋蔚，自己改了一下之前的腳本可以正常運行
misa 相關文件放在百度云鏈接：https://pan.baidu.com/s/1C4eU30yyLr7iNGiuGEmPtg
提取碼：dypg
文件包括misa.ini(參數(shù)設置), misa.pl(perl腳本)，p3_in.pl，p3_out.pl
misa.ini為SSR鑒定參數(shù)庆械，默認：
definition(unit_size,min_repeats):1-10 2-6 3-5 4-5 5-5 6-5
interruptions(max_difference_for_2_SSRs):100
參數(shù)說明：1個堿基重復10次及10次以上津肛；2個堿基重復6次及6次以上；3個堿基重復5次及5次以上搜锰；4個堿基重復5次及5次以上伴郁；5個堿基重復5次及5次以上；6堿基重復5次及5次以上的堿基重復序列算是微衛(wèi)星序列蛋叼。兩個微衛(wèi)星之間的距離小于100bp的時候焊傅，兩個微衛(wèi)星組成一個復合微衛(wèi)星。
perl misa.pl test.fa
perl p3_in.pl test.fa.misa
##### primer3 設計引物
primer3_core -- default_version=1 -- output=test.fa.p3out test.fa.p3in
#### p3_out.pl 整理合并文件
perl p3_out.pl test.fa.p3out test.fa.misa
一對好引物的特征
1.GC含量 40-60%
2.退火溫度 50-65℃
3.3'端最后5個堿基有G或C,但是不超過3個
4.引物長度推薦 17-28bp狈涮，最好不超過 30bp
一般而言狐胎，單堿基，四薯嗤，五顽爹，六堿基的引物都不用，使用的一般是二堿基重復次數(shù)10次以上骆姐，三堿基重復次數(shù)6次以上的SSR
