單細(xì)胞填坑快2年了凛辣，雖說(shuō)經(jīng)常遇到一些薅頭發(fā)的時(shí)候，但卻總是割舍不掉职烧。嗨扁誓，打啥感情牌呀，進(jìn)入主題阳堕。在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析中跋理，目前使用的最廣的軟件是基于R的Seurat择克，具體安裝方式大家可以參考我之前的簡(jiǎn)書恬总。Seurat的畫圖算法大體上都是基于ggplot的，但有些好看的圖是沒(méi)法用其函數(shù)進(jìn)行實(shí)現(xiàn)肚邢，那么接下來(lái)我們上菜吧壹堰！

1. 點(diǎn)圖
   在Seurat軟件包中，DimPlot函數(shù)基本上能較好地展示我們常見的一些分析需求骡湖。我們看一下他的函數(shù)解釋：

DimPlot(
       dims = c(1, 2),                  
       cells = NULL,                ###繪制您想展示的細(xì)胞集                   
       cols = NULL,                ###顏色
       pt.size = NULL,            ###點(diǎn)的大小
       reduction = NULL,        ###降維可視化方法贱纠，一般是tsne或者umap
       group.by = NULL,        ###顏色填充的依據(jù)
       split.by = NULL,          ###一個(gè)坐標(biāo)軸中展示一種split的元素，類似于分頁(yè)圖
       shape.by = NULL,        ###形狀填充的依據(jù)
       order = NULL,            ###對(duì)一些覆蓋的idents(細(xì)胞群id)進(jìn)行優(yōu)先展示
       label = FALSE,            ###在圖中顯示群名標(biāo)簽
       label.size = 4,            ###群名標(biāo)簽字體大小
       repel = FALSE,           ###Repel 標(biāo)簽
       cells.highlight = NULL,         ###高亮某種類型的細(xì)胞群
       cols.highlight = "#DE2D26",   ###高亮的顏色
       sizes.highlight = 1,            ###高亮的大小
       na.value = "grey50",         ###未高亮的細(xì)胞群顏色
       combine = TRUE,          ###是否將所有圖形放在一起
       ncol = NULL,               ###展示多少列的圖形
       ...
     )

以上參數(shù)的選擇能幫您繪制各式各樣的點(diǎn)圖响蕴。
接下來(lái)我們采用第三方軟件來(lái)增加點(diǎn)圖的豐度~
推薦一個(gè)畫圖函數(shù)谆焊，ggscatter。接下來(lái)看看他們能做什么吧浦夷。我這里不提供測(cè)試數(shù)據(jù)辖试，大家可自行去查找一些數(shù)據(jù)辜王，但是腳本的格式是一樣的。首先罐孝，我們來(lái)看一下下面這張經(jīng)典的分析T細(xì)胞的t-SNE圖呐馆。

Image.png

這個(gè)圖是不是很好看？看看如何用ggscatter來(lái)實(shí)現(xiàn)它吧莲兢。
第一步：獲取數(shù)據(jù)

pbmc@meta.data$Barcode <-rownames(pbmc@meta.data)
x<-as.data.frame(pbmc@reductions$umap@cell.embeddings) 
x$Barcode <-rownames(x)
y <-data.frame(pbmc@meta.data[,c('Barcode','seurat_clusters','tech')])
lab <-merge(x,y,barcode='Barcode')
color<-hue_pal()(13)   ###R繪圖的默認(rèn)色
lab$seurat_clusters <-factor(lab$seurat_clusters,levels=0:12)   ##按照cluster id進(jìn)行排序

數(shù)據(jù)格式如下所示：

Image2.png

接下來(lái)繪制上圖汹来。

pdf('test_umap.pdf',w=12,h=8)
p8 <- ggscatter(lab, x = "UMAP_1", y = "UMAP_2",
color = "seurat_clusters", shape = "tech",palette = color,fill= "seurat_clusters",ellipse = TRUE,size=0.8,ellipse.level = 0.95,ellipse.alpha=0)
p8
dev.off()

ggscatter函數(shù)的參數(shù)介紹有個(gè)大神已經(jīng)描述的很詳細(xì)的了，大家可以移步Davey1220進(jìn)行查看改艇。
上圖需要設(shè)置的一個(gè)參數(shù)為palette=c() 橢圓填充顏色的列表
ellipse=T收班，表示添加橢圓。size為點(diǎn)的大小谒兄。ellipse.level 正態(tài)概率中有多少對(duì)象在這個(gè)橢圓中闺阱，即橢圓的大小。ellipse.alpha為填充顏色的透明度舵变，alpha = 0表示沒(méi)有填充顏色酣溃。

圖形如下所示：

Image3.png

個(gè)人覺(jué)得圖形仍然不是很好看，各位看官自己掂量吧~~