常規(guī)的GO或者KEGG通路富集分析結果通常以氣泡圖的形式展示褐墅，然而這個氣泡圖僅僅是一個比較的結果，如果想在一張圖上展示多個比較的結果惜傲，就需要用到多組氣泡圖（圖1，左側）贝攒。
單細胞RNA-seq分析結果中盗誊，矩陣形式的氣泡圖可以很好地展示marker基因（X軸）在不同cluster（Y軸）中的表達情況（圖1，右側）隘弊。
在dotplot中，點的大小代表一個維度梨熙，點的顏色代表另一個維度开镣。因此，凡是具有二維特征的矩陣（或者帶有缺失值的矩陣）咽扇，都可以使用dotplot輕松可視化邪财。
1陕壹，打開繪圖頁面
首先，使用瀏覽器（推薦chrome或者edge）打開dotplot繪制頁面树埠。左側為常見作圖導航糠馆，中間為數(shù)據(jù)輸入框和可選參數(shù)，右側為描述和結果示例怎憋。也可以在主頁搜索框中搜索dotplot又碌，找到繪圖頁面。
http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_matrix_dotplot_210
2绊袋，示例數(shù)據(jù)
點擊右側“示例數(shù)據(jù)”鏈接下載excel格式的示例數(shù)據(jù)毕匀。
第一列是分組信息，第二列是GO term愤炸，第三列是基因數(shù)期揪，第四列是pvalue掉奄。
注意：
1）需要參考示例數(shù)據(jù)规个，在excel中將自己的數(shù)據(jù)整理成示例數(shù)據(jù)的樣式，每個excel的cell都需要有數(shù)據(jù)姓建。
2）如果你的數(shù)據(jù)是寬數(shù)據(jù)诞仓，請參考使用reshape2 R包進行在線長數(shù)據(jù)和寬數(shù)據(jù)相互轉化
3，粘貼示例數(shù)據(jù)
選中示例數(shù)據(jù)（ABCD四列速兔，1-24行）墅拭，并粘貼到輸入框中。
注意：不是拷貝excel文件涣狗，是拷貝excel文件里邊的數(shù)據(jù)谍婉。另外粘貼到輸入框后，格式亂了沒關系镀钓，只要在excel中是整齊的就行穗熬。并且數(shù)據(jù)矩陣中不能有空的單元格，中文字符等丁溅。一般這個數(shù)據(jù)比較小唤蔗，不提供上傳按鈕。
4窟赏，修改參數(shù)妓柜，并提交
我們設置了圖片尺寸、文字大小涯穷、顏色棍掐、字體等參數(shù)，基本能滿足日常繪圖使用拷况。如需更高級的定制塌衰，請聯(lián)系我們诉稍。
注意：若顏色代表p值最疆，因為我們希望p越小杯巨，顏色越深，所以這里將低顏色和中間顏色都設置為紅色努酸，高顏色設置為白色服爷。
5，提交出圖
粘貼好輸入數(shù)據(jù)获诈，調整好參數(shù)（或者全部默認）后仍源，點擊提交按鈕，5秒鐘后舔涎，會在頁面右側出現(xiàn)預覽圖笼踩。我們提供了4種格式圖片供下載，兩種矢量圖（pdf亡嫌，svg）和兩種標量圖（600 dpi?tiff和300 dpi?png）嚎于。
圖中X軸代表不同處理；Y軸代表富集的GO terms挟冠；點的大小代表富集的基因數(shù)于购，點越大表示基因數(shù)越多；點的顏色表示富集的pvalue知染，顏色越深（越紅）表示p值越小肋僧。
沒有預覽就沒有出圖，這時請參考示例數(shù)據(jù)控淡，檢查自己輸入數(shù)據(jù)的格式嫌吠。
遇到文字截斷，需要修改字體掺炭、調整字體大小等辫诅，請參考科研作圖實操：用inkscape編輯svg矢量圖
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