即自展值寿羞，可用來(lái)檢驗(yàn)所計(jì)算的進(jìn)化樹分支可信度毯焕。Bootstrap幾乎是構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹一個(gè)必須的選項(xiàng)。一般Bootstrap的值>70%岂膳，則認(rèn)為構(gòu)建的進(jìn)化樹較為可靠誓竿。如果Bootstrap的值太低，則有可能進(jìn)化樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)有錯(cuò)誤谈截，進(jìn)化樹是不可靠的筷屡。
Bootstrap值是指根據(jù)所選的統(tǒng)計(jì)計(jì)算模型，設(shè)定初始值1000次簸喂，就是把序列的位點(diǎn)都重排毙死，重排后的序列再用相同的辦法構(gòu)樹，如此讓模型計(jì)算并繪制1000株系統(tǒng)發(fā)育樹喻鳄，這是命令階段產(chǎn)生的规哲。如果原來(lái)樹的分枝在重排后構(gòu)的樹中也出現(xiàn)了，就給這個(gè)分枝打上1分诽表，如果沒(méi)出現(xiàn)就給0分唉锌，這樣給進(jìn)化樹打分后隅肥，每個(gè)分枝就都得出分值。系統(tǒng)發(fā)育樹中每個(gè)節(jié)點(diǎn)上的數(shù)字則代表在命令階段要求的1000次進(jìn)化樹分析中袄简，有多少次腥放。重排的序列有很多組合，值越小說(shuō)明分枝的可信度越低绿语，最好根據(jù)數(shù)據(jù)的情況選用不同的構(gòu)樹方法和模型秃症。
