conda能安裝上R3.5之后的版本和R包际插。
001.下載conda
- windows 到清華 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下載對應(yīng)版本安裝即可
- linux 下載命令示例
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
002.安裝conda
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
執(zhí)行下面語句
source ~/.bashrc
執(zhí)行后，本身就是沒有任何提示
conda --help
出現(xiàn)conda的幫助文檔信息听怕，即表明conda安裝成功
這里很重要职烧，不管安裝什么軟件扁誓，都要檢測是否安裝成功！
如下所示
usage: conda [-h] [-V] command ...
conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.
Options:
......
繼續(xù)調(diào)取conda子命令的幫助文檔蚀之，如
conda create --help
conda install --help
處蝗敢。
003.配置鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show
004.環(huán)境管理
conda info --envs # 查看環(huán)境
conda create -n myenv # 創(chuàng)建一個(gè)環(huán)境
source activate myenv # 激活進(jìn)入 myenv環(huán)境
conda deactivate # 退出當(dāng)前環(huán)境
conda env remove --name myenv # 移除環(huán)境
005.安裝軟件
從conda網(wǎng)頁內(nèi)查找：http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
conda search PACKAGENAME：運(yùn)行命令查找是否存在
conda 安裝R語言以及R包示例
conda info --envs # 查看環(huán)境
conda create -n R3.5 # 創(chuàng)建名為R3.5的環(huán)境
source activate R3.5
conda list #查看當(dāng)前安裝的軟件
conda install r-base #安裝R語言
conda install r-stringi # R包 以 r- 開頭
conda deactivate # 退出當(dāng)前環(huán)境
安裝指定版本
conda install numpy=1.11：即安裝能模糊匹配到numpy版本為1.11
conda install numpy==1.11：即精確安裝numpy為1.11的版本
006.安裝R包
進(jìn)入https://anaconda.org/
搜索R包。例如repitools
拖動(dòng)到最下面足删，有下載命令
conda install -c bioconda bioconductor-repitools
conda install -c bioconda/label/gcc7 bioconductor-repitools
conda install -c bioconda/label/cf201901 bioconductor-repitools
在conda安裝的R環(huán)境下運(yùn)行上述命令即可寿谴，不要使用conda環(huán)境運(yùn)行哦。
