今天主要學(xué)習(xí)linux環(huán)境下安裝miniconda和生信常用的軟件fastQC
一 miniconda下載及安裝
1.google 搜索miniconda 清華找到我們需要下載miniconda的最新版本的link address
2.進(jìn)入到https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
3.查看服務(wù)器的版本：
uname -a
uname -a.png
看到服務(wù)器是64-bit（x86_64）然后選擇最新的對應(yīng)版本：
miniconda版本選擇.png
- 左鍵復(fù)制，右鍵粘貼下載鏈接
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh- 打開ubuntu，登錄服務(wù)器宏悦，進(jìn)入biosoft目錄進(jìn)行下載
在ubuntu中輸入cd b然后用tab鍵進(jìn)行自動命令補全梁丘，就出現(xiàn)cd ~/biosoft
然后輸入wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
下載miniconda.png- 安裝
bash 需要安裝的軟件全稱
#bash是安裝命令，后面接的是下載的軟件包色徘，如果不知道軟件包的名稱，可以直接在下載的目錄下用 ls 命令查看。
安裝過程中需要手動的地方：
Please, press ENTER to continue:按continue
Do you accept the license terms? [yes|no]:輸入yes
Press ENTER to confirm the location:按enter
安裝過程里面有一個很長的條款文件宪哩， 這時你需要按q退出，繼續(xù)后面的安裝
Do you wish the installer to initialize Miniconda3 by running conda init? [yes|no] [no] >>> :這里應(yīng)該輸入yes第晰，第一次輸入no锁孟，發(fā)現(xiàn)激活不了，因為沒有安裝成功
選擇錯了應(yīng)選yes.png
出現(xiàn)錯誤茁瘦，沒有安裝成功品抽，需要刪除miniconda目錄，但是注意不能刪除安裝包Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh：
rm -r miniconda3:刪除miniconda這個目錄
ls biosoft home.txt miniconda3 Miniconda3-py37_4.8.2-Linux-x86_64.sh project src
重新安裝.png
二 激活conda
source ~/.bashrc
然后輸入
conda進(jìn)行驗證是否激活了conda甜熔，成功了conda就自動運行了圆恤，運行的標(biāo)志為在名稱前面有個（base），說明可以用conda進(jìn)行軟件安裝了腔稀。
三 添加鏡像
配置conda盆昙，首先是增加channel，channel就是軟件源了焊虏，用的是清華的鏡像淡喜，增加源的代碼可以參考清華鏡像的鏈接：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --set show_channel_urls yes的意思是從channel中安裝包時顯示channel的url，這樣就可以知道包的安裝來源了诵闭。
bioconda, conda-forge都是清華的源炼团，想要查找更多的源可以直接進(jìn)入網(wǎng)站。
參考來源
添加完畢后涂圆，并沒有輸出任何東西们镜，然后輸入 conda config --show channels ,可以查看當(dāng)前軟件源，未配置前只有defaults一個源
注意：海外可以不用配置清華鏡像：
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels defaults
國內(nèi)需要配置清華鏡像(我們的服務(wù)器是騰訊的润歉，所以需要配置)：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
四 使用conda模狭，查看當(dāng)前所有軟件列表
conda list:查看軟件列表
check conda list.png
在conda里搜索軟件fastqc
conda search fastqc
search fastqc.png
安裝fastqc
conda install fastqc -y:自動安裝
默認(rèn)安裝最新版本，但是有的軟件新版本bug比較多踩衩，可能需要用到老版本
如果要指定版本號嚼鹉，可以conda install fastqc=0.11.9 -y
conda安裝fastqc.png
注：-y 可以自動安裝到底贩汉。 沒有-y 安裝時候需要自己確認(rèn)，我試了下不加-y就失敗了
卸載fastqc
conda remove 軟件名稱 -y
另外一些conda指令：
conda remove <軟件名> -y: 卸載軟件
conda update <軟件名> -y:更新軟件
五 查看并創(chuàng)建新的conda環(huán)境
查看現(xiàn)有的conda環(huán)境：
conda info --envs:查看當(dāng)前conda環(huán)境锚赤，前面帶*的就是默認(rèn)的!
查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境.png
這里我們看到我們只有一個base conda環(huán)境
創(chuàng)建新的conda環(huán)境
如果需要處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)了匹舞，先建立一個名叫rna-seq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3线脚，安裝軟件fastqc赐稽、trimmomatic（這兩個步驟：創(chuàng)建rna-seq
新的conda環(huán)境，安裝fastqc浑侥、trimmomatic兩個軟件可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
創(chuàng)建rna-seq環(huán)境并安裝fastqc trimmomatic軟件.png
再次查看conda環(huán)境：
conda info --envs
查看conda新環(huán)境.png
*還是在base那個環(huán)境
激活新的conda環(huán)境：rna-seq
conda activate rna-seq:這樣默認(rèn)的*就會轉(zhuǎn)移到rna-seq前面姊舵，然后也會出現(xiàn)在服務(wù)器用戶名前面，這就表明你現(xiàn)在用的是這個新環(huán)境
進(jìn)行驗證：
fastqc:驗證新的環(huán)境是否可用
新conda環(huán)境rna-seq中查看fastqc軟件.png
最后附上今天所學(xué)內(nèi)容的思維結(jié)構(gòu)圖：已經(jīng)習(xí)慣做四維圖了寓落，感覺很有用
結(jié)語：通過今天linux環(huán)境配置括丁，感覺linux系統(tǒng)真的很高效，很有趣伶选，更有信心能一直學(xué)下去了史飞。
在這里也謝謝兩位老師的悉心指導(dǎo)，謝謝Ｑ鏊啊构资！
