基礎(chǔ)知識
首先我們了解一些基礎(chǔ)知識（注：文中圖片皆可點(diǎn)擊放大查看＠省）：
啟動子（promoter）：與RNA聚合酶結(jié)合并能起始mRNA合成的序列拇舀。
轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)（TSS）：轉(zhuǎn)錄時(shí)，mRNA鏈第一個(gè)核苷酸相對應(yīng)DNA鏈上的堿基蜻底，通常為一個(gè)嘌呤骄崩。
UTR（Untranslated Regions)：即非翻譯區(qū)，是信使RNA（mRNA）分子兩端的非編碼片段薄辅∫鳎
5'-UTR從mRNA起點(diǎn)的甲基化鳥嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密碼子蔚润，3'-UTR從編碼區(qū)末端的終止密碼子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的末端。
*1*****查找基因的啟動子區(qū)域-NCBI
1. 打開PubMed：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
2. 選擇Gene，輸入IL17A究抓，點(diǎn)擊search畅卓，結(jié)果如下圖沐绒，點(diǎn)擊第一個(gè)：
3. 下拉到下圖位置巷蚪，可以看到該基因的以下信息：
點(diǎn)擊Tools，選擇Sequence Text View：
還可以看到如下序列信息：
4. 以上只是該基因的一些信息药薯，可以用于查找相應(yīng)的UTR等區(qū)域泵额，下面進(jìn)入正題俐镐，尋找promoter區(qū)域。還是拉到如下圖位置，點(diǎn)擊FASTA：
5. 基因位置信息如下圖：
6. 一般認(rèn)為基因上游2 kb區(qū)域?yàn)樵摶虻膒romoter區(qū)域，所以將基因上游2 kb序列調(diào)出來：
7. 復(fù)制上述序列就是基因的啟動子序列了。
***2*******查找基因的啟動子區(qū)域-UCSC****
1. 打開UCSC：http://www.genome.ucsc.edu/养匈，點(diǎn)擊Table Browser：
2. 按照下圖所示填好基因相關(guān)信息，點(diǎn)擊get output：
3.選擇genomic：
4. 勾選Promoter/Upstream by選項(xiàng)击罪，并將其改為2000 bases，然后點(diǎn)擊get sequence：
5. 得到下面的序列信息童芹，開頭直到第一個(gè)大寫字母前面的所有小寫字母序列即為該基因的promoter序列，你可以跟NCBI上得到的序列比對一下蓉媳，看看是不是一樣的呢？
6. 當(dāng)然查找promoter的網(wǎng)站有很多绑咱，比如UCSC一姿，在這里就不介紹了噪叙，大家可以自行探索矮锈，或者加小編微信amateur_1988交流。
*3*****轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測
1. 打開http://jaspar.genereg.net/（我這邊這個(gè)網(wǎng)址暫時(shí)打不開了睁蕾，所以我登錄了這個(gè)網(wǎng)址：http://jaspardev.genereg.net/）苞笨，輸入轉(zhuǎn)錄因子NFAT，點(diǎn)擊Quick Search：
2. 將promoter序列粘貼進(jìn)入右下角的框中子眶，選中左側(cè)轉(zhuǎn)錄因子瀑凝，點(diǎn)擊SCAN：
3. 得到28條轉(zhuǎn)錄因子NFAT與IL17A的結(jié)合位點(diǎn)，其中Strand -1沒有特殊意義臭杰，只需選擇Strand 1即可粤咪。
4. 好了，轉(zhuǎn)錄因子與promoter結(jié)合位點(diǎn)已經(jīng)有了渴杆，接下來就是愉快的通過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了寥枝！Luciferase、點(diǎn)突變磁奖、截短囊拜、ChIP等統(tǒng)統(tǒng)拉上來就可以了！
來源：科研小助手
