總結(jié)
準(zhǔn)備工作：
設(shè)置工作目錄灾前，用pymol去除水分子悠抹，分離蛋白和小分子珠月，得到各自的pdb文件。
（如果是預(yù)測得到的蛋白pdb楔敌，那就直接拿來用咯啤挎，如果是已知結(jié)構(gòu)可從pdb數(shù)據(jù)庫下載。需要分離或者查找到小分子的3d結(jié)構(gòu)卵凑。推薦的網(wǎng)址：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=Top）
第一步：準(zhǔn)備坐標(biāo)文件（pdbqt）
pdbqt是AutoDock 特定的坐標(biāo)文件格式庆聘，包括：
1）極性氫原子；
2）局部電荷勺卢；
3）原子類型
4）柔性分子的節(jié)點信息
因此伙判，將蛋白和小分子各自導(dǎo)出為pdbqt文件：
蛋白：加氫、計算電荷黑忱、添加原子類型
小分子：加氫澳腹、計算電荷、確定root（扭矩中心）杨何，選擇可旋轉(zhuǎn)的鍵酱塔。
注意：小分子作為配體，它的讀取和導(dǎo)出都在Ligand菜單進(jìn)行危虱。
第二步：Grid
利用 AutoDockTools 創(chuàng)建 grid 格點參數(shù)文件(GPF)羊娃，主要是設(shè)置gridbox的中心坐標(biāo)和大小。
運行autogrid埃跷，工作目錄會多出一個glg文件和一些mapping文件蕊玷。
第三步：docking
在 AutoDockTools 中生成對接參數(shù)文件(DPF)，包括算法和對接參數(shù)弥雹。
運行autodock垃帅，工作目錄會多出一個dlg文件。
第四步：分析對接結(jié)果-Analyze
使用 AutoDockTools 分析對接結(jié)果dlg文件剪勿，選擇最好的導(dǎo)出為pdbqt贸诚，再轉(zhuǎn)換為pdb格式。
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