注釋一般有以下幾種方法衩椒，但是一般經(jīng)驗有：
1.比對時下載UCSC格式的參考基因組，后續(xù)操作障礙少
2.數(shù)據(jù)準備要嚴格按照軟件的說明，若遇到格式正確就是讀不進的情況奋献，試試dos2unix file
1.ChIPseek在線工具
特點：在線耕餐，使用簡單凡傅，運算速度非常快肠缔，實質是后臺調用了HOMER和bedtools
TSS區(qū)域不能自己定義夏跷，觀察了一下軟件的定義應該是+-1000bpTSS哼转。
input：只需準備UCSC格式的bed文件或者txt，總之染色體號是chr的而不是NC_0000的槽华。
out：所有注釋的列表txt壹蔓，diffpeaks基因組分布圖，還可以得到peak sequence猫态。
2.bedtools -intersect
原理：本質是找兩個文件的overlap佣蓉，這里兩個文件一個是注釋文件一個是peaks文件的話，就相當于把peaks文件注釋了亲雪。
命令：bedtools intersect -wa -wb -a */A549K27.bed -b */hs19_anno.bed
input：注釋和peaks文件都要是bed/gff/vcf/bam格式勇凭，xls轉的時候要注意，先xls-txt-bed
在linux中cat打不開就是格式錯誤义辕，需要認真準備虾标，或：dos2unix file 轉化成linux系統(tǒng)識別的格式。
3.R包CHIPseeker
特點：很綜合灌砖，能自定義TSS的區(qū)域范圍璧函。
缺點：包太大，需要安裝基显、調用不計其數(shù)的包蘸吓，不好安裝。本次嘗試多次多個版本的R均未成功撩幽。
*2.27看B站jimmyzeng教程库继，也提到Y叔的包需要調用大量的包，里面一旦有一個更新了其他都要更新才能用摸航，尤其是DOSE這個包制跟。
4.HOMER
注釋peak，安裝起來比較復雜酱虎，可以用conda安裝雨膨。
還可以find motif，這個功能與MEME相似读串。
至此我的ChIP分析的前半段就結束了聊记，后面是尋找我感興趣的目標基因的差異peak情況，不方便共享恢暖，不過方法就是一系列shell操作排监，還需要多練習，野蠻生長杰捂，每天進步~
