Blast前翎，全稱Basic Local Alignment Search Tool亡脸，即"基于局部比對(duì)算法的搜索工具"，由Altschul等人于1990年發(fā)布猪叙。Blast能夠?qū)崿F(xiàn)比較兩段核酸或者蛋白序列之間的同源性的功能赘风，它能夠快速的找到兩段序列之間的同源序列并對(duì)比對(duì)區(qū)域進(jìn)行打分以確定同源性的高低夹囚。

Blast的運(yùn)行方式是先用目標(biāo)序列建數(shù)據(jù)庫（這種數(shù)據(jù)庫稱為database，里面的每一條序列稱為subject）邀窃，然后用待查的序列（稱為query）在database中搜索荸哟，每一條query與database中的每一條subject都要進(jìn)行雙序列比對(duì)，從而得出全部比對(duì)結(jié)果瞬捕。

Blast 是一個(gè)集成的程序包鞍历，通過調(diào)用不同的比對(duì)模塊，blast實(shí)現(xiàn)了五種可能的序列比對(duì)方式：

blastp：蛋白序列與蛋白庫做比對(duì)肪虎，直接比對(duì)蛋白序列的同源性劣砍。

blastx：核酸序列對(duì)蛋白庫的比對(duì)，先將核酸序列翻譯成蛋白序列（根據(jù)相位可以翻譯為6種可能的蛋白序列）笋轨，然后再與蛋白庫做比對(duì)秆剪。

blastn：核酸序列對(duì)核酸庫的比對(duì)赊淑，直接比較核酸序列的同源性爵政。

tblastn：蛋白序列對(duì)核酸庫的比對(duì)，將庫中的核酸翻譯成蛋白序列陶缺，然后進(jìn)行比對(duì)钾挟。

tblastx：核酸序列對(duì)核酸庫在蛋白級(jí)別的比對(duì)，將庫和待查序列都翻譯成蛋白序列饱岸，然后對(duì)蛋白序列進(jìn)行比對(duì)掺出。

Blast提供了核酸和蛋白序列之間所有可能的比對(duì)方式徽千，同時(shí)具有較快的比對(duì)速度和較高的比對(duì)精度，因此在常規(guī)雙序列比對(duì)分析中應(yīng)用最為廣泛汤锨∷椋可以毫不夸張的說，blast是做比較基因組學(xué)乃至整個(gè)生物信息學(xué)研究所必須掌握的一種比對(duì)工具闲礼。

BLAST程序常用的兩個(gè)評(píng)價(jià)指標(biāo)

Score：

使用打分矩陣對(duì)匹配的片段進(jìn)行打分牍汹，這是對(duì)各對(duì)氨基酸殘基（或堿基）打分求和的結(jié)果，一般來說柬泽，匹配片段越長慎菲、相似性越高則Score值越大，結(jié)果越可信锨并。

E-value：

BLAST程序在搜索空間中可隨機(jī)找到獲得這樣高分的序列的可能性(期望值)露该，因此E-value越高，則代表結(jié)果越有可能是隨機(jī)獲得的第煮，也就越不可信解幼。搜尋空間大小約略等于查詢序列的長度乘以全部database序列長度的總和，再乘以一些系數(shù)包警。我們?cè)讷@得一個(gè)Blast結(jié)果時(shí)需要看這兩個(gè)指標(biāo)书幕。

如果Blast獲得的目標(biāo)序列的Score值越高并且E-value越低表明結(jié)果越可信，反之越不可信揽趾。

Blast的運(yùn)行分為兩個(gè)步驟：第一台汇，建立目標(biāo)序列的數(shù)據(jù)庫；第二篱瞎，做blast比對(duì)苟呐。

一．運(yùn)行建庫程序formatdb：

建庫的過程是建立目標(biāo)序列的索引文件，所用程序是formatdb俐筋。程序允許的輸入格式FASTA或者ASN.1格式牵素，通常我們使用FASTA格式的序列作為輸入。用于建庫的FASTA序列是db.seq澄者，formatdb的基本命令是：

formatdb -i db.seq [-options]

常用的參數(shù)有以下幾個(gè)：

-p (T/F)：-p參數(shù)的意義是選擇建庫的類型笆呆，"T"表示蛋白庫，"F"表示核酸庫粱挡。缺省值為"T"赠幕。

-o (T/F)：-o參數(shù)的意義是判斷是否分析序列名并建立序列名索引。"T"表示建立序列名索引询筏，"F"表示不建立序列名索引榕堰。缺省值為"F"。

程序輸出：

如果建立的是核酸庫嫌套，輸出為db.seq.nhr逆屡、db.seq.nin圾旨、db.seq.nsq，如果選擇了參數(shù)"-o T"魏蔗，還會(huì)同時(shí)輸出db.seq.nsd砍的、db.seq.nsi、db.seq.nni莺治、db.seq.nnd挨约。
蛋白庫和核酸庫的輸出類似诫惭，相應(yīng)的輸出文件為：db.seq.phr夕土、db.seq.pin、db.seq.psq和db.seq.psd怨绣、db.seq.psi、db.seq.pni拷获、db.seq.pnd。
除了這些結(jié)果茧妒，程序還會(huì)輸出LOG文件（默認(rèn)為formatdb.log）拇砰，里面記錄了運(yùn)行時(shí)間牧氮、版本號(hào)、序列數(shù)量等信息逊谋。

幾點(diǎn)需要注意的問題：

(1)究恤、建庫以后理张，做blast比對(duì)的輸入文件就是建庫所得的文件db.seq.n或者db.seq.p，而不是原始的FASTA序列。也就是說病瞳，建庫以后，原始的序列文件是可以刪除的。

(2)涧狮、如果命令行中選擇了"-o T"档痪，并且目標(biāo)序列中含有g(shù)i號(hào)重復(fù)的的序列名時(shí)涉枫，程序會(huì)停止建庫并報(bào)錯(cuò)。例如腐螟，下列序列文件中出現(xiàn)了重復(fù)的序列名：

\>gi|112385745|gb|DQ859020.1| Oryza sativa (japonica cultivar-group) glutathione S-transferase 2 mRNA, complete cds
ATGGCGGAGGCGGCGGGGGCGGCGGTGGCGCCGGCGAAGCTGGGTCTGTACTCGTACTGGCGGAGCTCGT
GCTCGCACCGCGTCCGCATCGCCCTCAACCTCAAAGGATTGGAGTACGAGTACAAGGCGGTGAACCTGCT
CAAGGGGGAGCACTCTGATCCAGAATTCATGAAGGTTAATCCTATGAAGTTCGTCCCGGCATTGGTCGAT
......
CAAGCAGCACTCCCAGACAGACAACCAGATGCCCCTTCCTCTACCTAG

\>gi|112385745|gb|DQ859020.1| Oryza sativa (japonica cultivar-group) glutathione S-transferase 2 mRNA, complete cds
ATGGCGGAGGCGGCGGGGGCGGCGGTGGCGCCGGCGAAGCTGGGTCTGTACTCGTACTGGCGGAGCTCGT
GCTCGCACCGCGTCCGCATCGCCCTCAACCTCAAAGGATTGGAGTACGAGTACAAGGCGGTGAACCTGCT
CAAGGGGGAGCACTCTGATCCAGAATTCATGAAGGTTAATCCTATGAAGTTCGTCCCGGCATTGGTCGAT
......

運(yùn)行時(shí)就會(huì)報(bào)如下錯(cuò)誤：

[formatdb] ERROR: Failed to create index.  Possibly a gi included more than once in the database.

(3)愿汰、如果輸入序列不符合FASTA格式或者ASN.1格式，程序會(huì)自動(dòng)退出乐纸，并報(bào)錯(cuò)：

[formatdb] ERROR: Could not open db

(4)衬廷、核酸序列可以用于建核酸庫和蛋白庫，但是蛋白序列不能用于建核酸庫汽绢。

其他參數(shù)簡介：

-l："-l 文件名"用來改變LOG文件的命名

-n："-n 文件名"可以自定義生成的庫文件命名

-a：輸入文件為ASN.1格式

命令示例:

formatdb -i ecoli.nt -p F -o T  

運(yùn)行此命令就會(huì)在當(dāng)前目錄下產(chǎn)生用于BLAST搜索的7個(gè)文件吗跋，一旦如上的formatdb命令執(zhí)行完畢，就不再需要ecoli.nt宁昭，可以移除跌宛。此時(shí)，blastall可以直接使用积仗。

二．運(yùn)行比對(duì)程序blastall：

Blast的主程序是blastall疆拘。程序的輸入文件是query序列（-i 參數(shù)）和庫文件（-d 參數(shù)），比對(duì)類型的選擇（-p 參數(shù)）和輸出文件（-o 參數(shù)）由用戶指定寂曹。其中“-p”參數(shù)有5種取值：

-p blastp：蛋白序列與蛋白庫做比對(duì)哎迄。

-p blastx：核酸序列對(duì)蛋白庫的比對(duì)回右。

-p blastn：核酸序列對(duì)核酸庫的比對(duì)。

-p tblastn：蛋白序列對(duì)核酸庫的比對(duì)漱挚。

-p tblastx：核酸序列對(duì)核酸庫在蛋白級(jí)別的比對(duì)翔烁。

這些元素就構(gòu)成了blast的基本運(yùn)行命令（以blastn為例）：

blastall -i query.fasta -d database_prefix -o blast.out -p blastn

其中如果"-o"參數(shù)缺省，則結(jié)果輸出方式為屏幕輸出棱烂。

Blast的結(jié)果

包含的信息很豐富租漂。每一個(gè)query的比對(duì)結(jié)果從"BLASTN"開始阶女，記錄了版本和作者信息颊糜，"Query= "之后記錄了query名和序列長度。如果兩條序列沒有找到相關(guān)性信息秃踩，那么在"Searching.done"下方顯示"* No hits found **"衬鱼；反之，則在"Searching.done"下方記錄了該query序列和庫中每一條subject序列的比對(duì)概況列表憔杨，包括比對(duì)得分（Score）和期望值（E value）鸟赫。期望值是一個(gè)大于0的正實(shí)數(shù)，代表兩條序列不相關(guān)的可能性消别。期望值是在整體上綜合評(píng)定兩條序列的相似性的參數(shù)抛蚤，期望值數(shù)值越小，序列相似性就越高寻狂，反之期望值數(shù)值越大岁经，相似性越低。比對(duì)的輸出結(jié)果會(huì)按照期望值從低到高的順序來排列蛇券。

Query序列和每一條subject序列比對(duì)結(jié)果的詳細(xì)信息以">"開始缀壤。需要注意的是同一個(gè)query和同一個(gè)subject可能會(huì)有多個(gè)比對(duì)結(jié)果，每一個(gè)具體的結(jié)果從"Score ="開始纠亚，記錄了比對(duì)得分塘慕、期望值、相似度百分比（identities）蒂胞、比對(duì)的空位和兩條序列的比對(duì)方向图呢，之后是比對(duì)條形圖，顯示了比對(duì)區(qū)域內(nèi)每個(gè)堿基的比對(duì)情況骗随。列出兩條序列的所有比對(duì)結(jié)果后岳瞭，羅列比對(duì)的參數(shù)設(shè)置和統(tǒng)計(jì)信息，至此兩條序列間的比對(duì)結(jié)果輸出完畢蚊锹。

對(duì)于蛋白相關(guān)的比對(duì)瞳筏，需要在blastall的運(yùn)行目錄下放置取代矩陣，并在運(yùn)行時(shí)指定此替代矩陣牡昆，程序才能正常運(yùn)行姚炕，否則blastall會(huì)報(bào)錯(cuò)退出摊欠。一般來講，蛋白比對(duì)時(shí)最常用的取代矩陣是BLOSUM62矩陣柱宦。

參數(shù)

僅僅運(yùn)行blast的基本運(yùn)行命令些椒，得到的結(jié)果往往不能清晰準(zhǔn)確的表示出有用的信息。最大的問題就是有太多的冗余掸刊，很多很短的比對(duì)都會(huì)出現(xiàn)在輸出結(jié)果中免糕，導(dǎo)致結(jié)果雜亂無章。

1．-e參數(shù)：

-e（value）參數(shù)是用來過濾比對(duì)較差的結(jié)果的忧侧，用"-e"參數(shù)指定一個(gè)實(shí)數(shù)石窑，blast會(huì)過濾掉期望值大于這個(gè)數(shù)的比對(duì)結(jié)果。這樣不但簡化了結(jié)果蚓炬，還縮短了運(yùn)行時(shí)間和結(jié)果占用的空間松逊。比如在上一個(gè)例子中，在命令行中加上限制期望值：

blastall -i query.fasta -d db.seq -o blast.out -p blastn -e 1e-10

2．-F參數(shù)：

-F（T/F）參數(shù)是用來屏蔽簡單重復(fù)和低復(fù)雜度序列的肯夏。如果選"T"经宏，程序在比對(duì)過程中會(huì)屏蔽掉query中的簡單重復(fù)和低復(fù)雜度序列；選"F"則不會(huì)屏蔽驯击。缺省值為"T"烁兰。

3．-m參數(shù)：

“-e”參數(shù)能夠做到篩選適當(dāng)?shù)谋葘?duì)結(jié)果，但是即使如此徊都，blast的輸出結(jié)果仍然非常龐大并且難以處理沪斟。為了精簡輸出、節(jié)省存儲(chǔ)空間碟贾、實(shí)現(xiàn)更多功能并使結(jié)果易于處理币喧，blast提供了參數(shù)“-m (integer)”來設(shè)定輸出格式，可供選擇的值為0～11之間的整數(shù)袱耽，缺省為0杀餐。下面就通過實(shí)例逐個(gè)解析“-m”參數(shù)能夠?qū)崿F(xiàn)的輸出功能。輸入文件的內(nèi)容（針對(duì)-m 0到-m 7）朱巨，其中：加粗的區(qū)域是三條序列的重合位置史翘，注意subject1多一個(gè)堿基。

輸出：

-m 0：缺省參數(shù)冀续，顯示一個(gè)query和一個(gè)subject兩兩比對(duì)的信息琼讽。

-m 1：顯示query在所有subjects上的定位信息，并顯示一致性比對(duì)信息洪唐，subject之間不同的堿基會(huì)被標(biāo)出钻蹬。

-m 2：顯示query在所有subjects上的定位信息但是不顯示一致性比對(duì)信息，subject之間不同的堿基會(huì)被標(biāo)出凭需。

-m 3：顯示query在所有subjects的定位和一致性比對(duì)信息问欠，不顯示subjects之間的差異肝匆。

-m 4：顯示query在所有subjects上的定位信息但是不顯示一致性比對(duì)信息，不顯示subjects之間的差異顺献。

-m 5：顯示query在所有subjects上的定位信息但是不顯示每個(gè)堿基的比對(duì)信息旗国，補(bǔ)充"-"對(duì)齊比對(duì)區(qū)域，subjects之間不同的堿基會(huì)被標(biāo)出注整。

-m 6：顯示query在所有subjects上的定位信息但是不顯示每個(gè)堿基的比對(duì)信息能曾，補(bǔ)充"-"對(duì)齊比對(duì)區(qū)域，不顯示subjects之間的差異肿轨。

-m 7：輸出XML格式的blast結(jié)果寿冕。

-m 8：列表格式的比對(duì)結(jié)果。從左到右各列的意義依次是：query名萝招、subject名蚂斤、identity存捺、比對(duì)長度槐沼、錯(cuò)配數(shù)、空位數(shù)捌治、query比對(duì)起始坐標(biāo)岗钩、query比對(duì)終止坐標(biāo)、subject比對(duì)起始坐標(biāo)肖油、subject比對(duì)終止坐標(biāo)兼吓、期望值、比對(duì)得分森枪。

-m 9：帶注釋行的列表格式视搏。格式和-m 8一樣，只是在每個(gè)query的比對(duì)結(jié)果前面加了注釋行用以說明列表中各列的意義县袱。

-m 10和11：分別是ASN格式的文本文件和二進(jìn)制文件浑娜，這里就不做介紹了。

“-m”參數(shù)的值從1到6都是為了便于在subjects之間做比較而設(shè)立的功能式散；8和9保留了所有比對(duì)結(jié)果的原貌筋遭，只是統(tǒng)計(jì)成了列表的格式，從而大幅度降低了存儲(chǔ)空間的消耗暴拄，并使結(jié)果更加清晰易讀漓滔。但是m8/m9格式也有相應(yīng)的缺點(diǎn)，就是損失了一部分比對(duì)信息乖篷，除了序列長度信息和比對(duì)條形圖以外响驴，還會(huì)在blastx、tblastn和tblastx的比對(duì)中損失關(guān)鍵的相位信息撕蔼，這是要盡量避免的豁鲤。因此在大規(guī)模的blastn比對(duì)任務(wù)中石蔗，往往要采用m8格式的輸出結(jié)果來節(jié)省空間；而在小規(guī)模高精度比對(duì)中畅形，通常用默認(rèn)的輸出格式养距，再用其他程序來提取結(jié)果中的有用信息。

4．-v參數(shù)和-b參數(shù)：

這兩個(gè)參數(shù)都是限制輸出結(jié)果的數(shù)量的日熬。

-v (integer)：規(guī)定輸出中每一個(gè)query的比對(duì)列表最多顯示subject個(gè)數(shù)（即"Sequences producing significant alignments:"后面列出的subjects數(shù)目）棍厌，缺省為500條。

-b (integer)：規(guī)定輸出中每個(gè)query最多顯示與多少條subject的比對(duì)條形圖（即每條query的結(jié)果中">"的個(gè)數(shù)）竖席，缺省為250條耘纱。

如果同時(shí)使用"-m 8"參數(shù)，則輸出結(jié)果中的subjects數(shù)量和"-b"參數(shù)規(guī)定的數(shù)量一致毕荐。

在database數(shù)據(jù)中能和query比上的subjects過多的時(shí)候束析，這兩個(gè)參數(shù)就能夠幫助我們把其中比對(duì)結(jié)果最好的一部分挑出來，屏蔽掉相對(duì)差的結(jié)果憎亚。當(dāng)然有些時(shí)候我們是不希望屏蔽掉這些結(jié)果的员寇，比如在某個(gè)大基因組的Contig數(shù)據(jù)集中統(tǒng)計(jì)一條轉(zhuǎn)座子的重復(fù)次數(shù)，就需要把"-v"和"-b"參數(shù)定的足夠大以顯示所有結(jié)果第美。

5．-T參數(shù)：

-T (T/F)參數(shù)用于決定是否輸出html格式的比對(duì)結(jié)果蝶锋，缺省值為"F"。選擇"-T T"就會(huì)輸出html格式的比對(duì)結(jié)果什往。如果在建庫過程中選擇了"-o T"扳缕，并且database數(shù)據(jù)中的序列是以gi號(hào)命名的，那么在html結(jié)果中以gi號(hào)命名的相應(yīng)序列會(huì)自動(dòng)鏈接到NCBI的數(shù)據(jù)庫上别威。

6．-M參數(shù)：

做有關(guān)蛋白的比對(duì)時(shí)躯舔，需要用"-M"參數(shù)指定取代矩陣，比如BLOSUM45省古、BLOSUM62粥庄、BLOSUM80等，缺省值為BLOSUM62衫樊。這三個(gè)矩陣都可以在blast安裝目錄的data目錄下找到飒赃。BLOSUM矩陣后面的數(shù)字代表比對(duì)結(jié)果允許的最低相似度百分比，我們可以根據(jù)不同的精度需求選擇不同的取代矩陣科侈。

7．-W參數(shù)：

-W(integer)：指定做比對(duì)時(shí)的“字”的長度载佳。缺省值是0（代表blastn的搜索字長為11，megablast是28臀栈，其他是3）蔫慧。這個(gè)參數(shù)多數(shù)時(shí)候不用調(diào)整，但是需要做短序列的比對(duì)時(shí)权薯，可能要適當(dāng)調(diào)短字長姑躲，來增加比對(duì)的敏感度睡扬。

以上為blastall 的常用參數(shù)，對(duì)于一些不常用的參數(shù)黍析，可以查找blast的參數(shù)表卖怜，此參數(shù)表可以通過直接運(yùn)行blastall得到。

Blastall常用參數(shù)簡析

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 基本局部比對(duì)搜索工具阐枣，是一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫或DNA數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行相似性比較的分析工具马靠，它是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上發(fā)表的方 法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列數(shù)據(jù)庫中對(duì)查詢序列進(jìn)行同源性比對(duì)工作。BLAST程序 能迅速與公開數(shù)據(jù)庫進(jìn)行相似性序列比較蔼两，利用比較結(jié)果中的得分對(duì)序列相似性進(jìn)行說明甩鳄。 BLAST可以 對(duì)一條或多條序列(可以是 任何形式的序列)在一個(gè) 或多個(gè)核酸或蛋白序列庫中進(jìn)行比對(duì)，并且從最初的BLAST發(fā)展到現(xiàn)在NCBI提供的BLAST2.0,已將有缺口 的比對(duì)序列也考慮在內(nèi)了额划。BLAST可處理任何數(shù)量的序列,包括蛋白序列和核酸序列;也可選擇多個(gè)數(shù)據(jù)庫但數(shù)據(jù)庫必須是同一類型的,即要么都是蛋白數(shù)據(jù)庫要么都是核酸數(shù)據(jù)庫妙啃。所查詢的序 列和調(diào)用的數(shù)據(jù)庫則可以是任何形式的組合,既可以是核酸序列到蛋白庫中作查詢,也可以是蛋白序列到蛋白庫中作查詢,反之亦然。 由于Blast功能強(qiáng)大俊戳，檢索速度快揖赴， Blast工具流行于世界上幾乎所有的生物信息中心。

BLAST 提供的檢索功能：

BLASTn: 核酸序列到核酸庫中的一種查詢品抽。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對(duì)一地核酸序列比對(duì)储笑。 BLASTp: 蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢甜熔。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對(duì)一的序列比對(duì)圆恤。

BLASTx: 核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會(huì)被翻譯成可能的6條蛋白）腔稀，再對(duì)每一條作一對(duì)一的蛋白序列比對(duì)盆昙。

TBLASTn: 蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與BLASTx相反焊虏，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列淡喜，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對(duì)。

TBLASTx: 核酸序列到核酸庫中的一種查詢诵闭。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會(huì)產(chǎn)生6條可能的蛋白序列）炼团，這樣每次比對(duì)會(huì)產(chǎn)生36種比對(duì)陣列。

在使用blastall對(duì)測(cè)試序列在序列數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行查詢之前 疏尿，用戶需要對(duì)blastall命令涉及的主要常用參數(shù)有充分的理解瘟芝。

用戶可以在命令行方式下運(yùn)行：blastall –

下面對(duì)blastall主要常用參數(shù)進(jìn)行說明：

blastall -p blastn d db.fasta -i input.fasta -o output.blast -e 1e-30 -b 2 -v 2 -m 8 -I T -a 2

-p Program Name [String]

所用程序名稱[String]，用戶可以根據(jù)需要從blastn褥琐，blastp锌俱，blastx， tblastn敌呈，tblastx中任選一程序贸宏。

-d Database [String] default = nr

所用序列數(shù)據(jù)庫的名稱 [String]造寝，默認(rèn)為：nr，本文例為：ecoli.nt

-i Query File [File In] default = stdin

所用查詢序列文件[File In]吭练，默認(rèn)為：stdin诫龙，本文例為 test.txt

-e Expectation value (E) [Real] default = 10.0

期望值[Real] 默認(rèn)為10.0描述搜索某一特定數(shù)據(jù)庫時(shí)，隨機(jī)出現(xiàn)的匹配序列數(shù)目鲫咽。

-m alignment view options:

比對(duì)顯示選項(xiàng)赐稽，其具體的說明可以用以下的比對(duì)實(shí)例說明 0 = pairwise, 顯示具體匹配信息（缺省）

-o BLAST report Output File [File Out] Optional default

=stdout

BLAST報(bào)告的輸出文件[File Out] 默認(rèn)為：stdout

-F Filter query sequence (DUST with blastn, SEG with others) [String] default = T 查詢序列過濾浑侥，將那些給出影響比對(duì)結(jié)果的低 復(fù)雜度區(qū)域過濾掉姊舵。用blastn進(jìn)行查詢的序列用DUST程序過濾，其他的用SEG過濾寓落。對(duì)DUST和SEG的詳細(xì)情況括丁，用戶可以自己查詢資料。

-G Cost to open a gap (zero invokes default behavior)

[Integer] default = 0 空位開放罰分[Integer]

(設(shè)為0則調(diào)用默認(rèn)行為) 默認(rèn)為0分.

-E Cost to extend a gap (zero invokes default behavior)

[Integer] default = 0

空位擴(kuò)展罰分[Integer] (設(shè)為0則調(diào)用默認(rèn)行為) 默認(rèn)為0分

-X X dropoff value for gapped alignment (in bits) (zero invokes default behavior) blastn 30, megablast 20, tblastx 0, all others 15 [Integer]伶选，default = 0

-I Show GI's in deflines [T/F] default = F

提示行顯示GI number 默認(rèn)不顯示

-q Penalty for a nucleotide mismatch (blastn only)

[Integer] default = -3

核酸序列基對(duì)不匹配所罰分?jǐn)?shù)(blastn only) [Integer]默認(rèn)罰3分

-r Reward for a nucleotide match (blastn only)

[Integer] default = 1

核苷酸序列基對(duì)匹配所加分?jǐn)?shù)(blastn only) [Integer]默認(rèn)加1分

-g Perfom gapped alignment (not available with tblastx) [T/F] default = T

是否執(zhí)行帶缺口的比對(duì)(not available with tblastx)默認(rèn)為是& nbsp;

-a Number of processors to use [Integer] default = 1

使用處理器的數(shù)目[Integer] 默認(rèn)為單機(jī)

-B Number of concatenated queries, for blastn and tblastn

[Integer] Optional default = 0

需要聯(lián)配查詢的序列數(shù)目 for blastn and tblastn

[Integer]默認(rèn)為單序列

以上所列只是blastall命令部分參數(shù)的說明史飞，用戶在對(duì)自己的序列進(jìn)行BLAST時(shí)可根據(jù)自己的需要選擇參數(shù)，以便得到自己需要的查詢報(bào)告仰税。同時(shí)构资，參數(shù)選擇的正確與否也是blastall程序能否順利執(zhí)行的關(guān)鍵。