今天發(fā)現(xiàn)了一個擴增子分析的流程Comeau et al., 2017?Microbiome Helper: a Custom and Streamlined Workflow for Microbiome Research.?mSystems.?Microbiome Helper相當于一個資源庫诡渴，整和了很多軟件健芭，腳本和教程件舵。主要有以下特點：
1. 一系列的可用于處理和自動化操作各種微生物組和宏基因組的腳本構(gòu)成的生物信息工具正蛙。
2. 可用于處理16S/18S rRNA 和宏基因組數(shù)據(jù)的工作流程或標準工作程序(SOPs)。
3. 測試數(shù)據(jù)塘幅，范例的輸出以及各種不同微生物組分析的問題的專題教程昔案。
4. 一個幾乎無需配置的能被用作運行分析流程的Virtual Box鏡像。
一电媳、軟件要求：
Both pipelines
FastQC (optional):?http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
PEAR:?http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/doc.html
GNU Parallel (>= v20170322):?https://www.gnu.org/software/parallel/
Metagenomics
Bowtie2:?http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
DIAMOND (> v.0.7.0):?http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/diamond/
Human pre-indexed database:?ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/bowtie2_indexes/hg19.zip
HUMAnN2:?http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2
kneadData:?https://bitbucket.org/biobakery/kneaddata/wiki/Home
MetaPhlAn2:?https://bitbucket.org/biobakery/metaphlan2
Trimmomatic:?http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
16S
FASTX toolkit (v0.0.14):?http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html
BBMap:?http://sourceforge.net/projects/bbmap
VSEARCH:?https://github.com/torognes/vsearch
QIIME:?http://qiime.org
SortMeRNA:?http://bioinfo.lifl.fr/RNA/sortmerna/
SUMACLUST:?http://metabarcoding.org/sumatra
PICRUSt:?http://picrust.github.io/picrust/
Visualization
STAMP:?http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
Databases (dropbox download links)
16S chimera checking:?RDP_trainset16_022016.fa?(20 MB). This DB was originally from the Ribosome Database Project (RDP) and was parsed to include only bacteria.
18S chimera checking:?Eukaryota_SILVA_123_SSURef_Nr99_tax_silva_U-replaced.fa?(117 MB). This DB was taken from SILVA and was parsed to include only eukaryotes and all Us were converted to Ts.
ITS2 chimera checking:?UNITE_uchime_ITS2only_01.01.2016.fasta?(8.6 MB) taken from?UNITE database.
Eukaryotic OTU-picking files (from the?PR2 database):
gb203_pr2_all_10_28_99p_tax_Xs-fixed_poly-fixed.txt?(9 MB)
gb203_pr2_all_10_28_99p_clean.fasta?(98 MB)
90_Silva_111_rep_set_euk_aligned.filter.fasta?(95 MB)
ITS2 OTU-picking files (taken from?UNITE database):
UNITE_sh_refs_qiime_ver7_dynamic_20.11.2016.fasta?(16.9 MB).
UNITE_sh_refs_qiime_ver7_dynamic_20.11.2016.goodASCII.txt?(4.2 MB) - we converted all non-ASCII characters to ASCII format.
To use "run_contaminant_filter.pl" you will need to download the appropriate?Bowtie2 index.
To use "run_pre_humann.pl" you will need to use a?database of KEGG orthologs. You may also want to?download the raw FASTA.
Perl modules
File::Basename Getopt::Long List::Util Parallel::ForkManager Pod::Usage
二踏揣、Microbiome Helper Virtual Box虛擬機使用
1. 硬件要求：64位系統(tǒng)，至少4G內(nèi)存匾乓，?擴增子版本虛擬機鏡像文件8G（輸入鏡像文件20G）捞稿，完整的?Microbiome Helper鏡像文件20G(輸入鏡像文件20G)。
2. 安裝
① 下載安裝適合你自己電腦的VirtualBox https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads。
② 下載你需要的Microbiome Helper的鏡像版本娱局，Microbiome Helper Vbox Amplicon-only (v0.3)?(8 GB - OVA file)彰亥，Microbiome Helper Vbox (v2.2.1)?(20 GB - OVA file)。
③ 將鏡像文件安裝到VirtualBox中衰齐，方法可百度任斋。
④如果你對電腦內(nèi)存是8G或更大，推薦設(shè)置虛擬機內(nèi)存為4096MB耻涛，CPU核數(shù)≥2废酷。
3. 其他
默認的用戶名和密碼為mh_user
今天就寫到這里，之前在學習DADA2的使用抹缕，還沒有很好的進展澈蟆，下次來記錄一下DADA2的使用過程。
