在某篇文獻(xiàn)里面看到這樣的圖片燕差，想在自己的圖里也展示一些marker基因的表達(dá)
去monocle的官網(wǎng)上查了一圈惭墓，都沒有看到此功能
- 因此挺尿，決定自己畫一下
- 首先翼雀，我們需要分析一下monocle的原理饱苟，看看它是利用怎樣的數(shù)據(jù)來繪制的圖
- 然后我們?cè)俑鶕?jù)需要的數(shù)據(jù)來自己把這樣的數(shù)據(jù)組裝起來，最后把做好的數(shù)據(jù)傳進(jìn)monocle接口
exprData <- cds@assayData$exprs
exprData <- LogNormalize(exprData) #對(duì)數(shù)據(jù)normaliza一下狼渊，會(huì)比較顯著箱熬，記得引用seurat包
cds$Postn <- exprData["Postn",] #輸入想看的基因，cds是monocle的對(duì)象
p<-plot_cell_trajectory(cds, color_by = "Postn",cell_size=1,show_backbone=TRUE)
p + scale_color_viridis_c() #為了讓顏色好看
若要改顏色
plot_cell_trajectory(cds, color_by = "Cdkn1a",cell_size=1,show_backbone=TRUE)+scale_color_gradient(low = "grey",high = "red",limits=c(0,2.5))
