跟著Cell學(xué)作圖|8.富集網(wǎng)絡(luò)圖(Cytoscape/ClueGO)
“實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)袜炕”候荆”
“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語言的最好辦法鳖轰∏卜瑁”
這篇2020年發(fā)表在cell上關(guān)于新冠的組學(xué)文章里面有大量的生信內(nèi)容雄可。今天帶大家復(fù)現(xiàn)其中的一個(gè)Supplemental Figure：富集網(wǎng)絡(luò)圖。
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本文示例數(shù)據(jù)領(lǐng)炔：后臺(tái)回復(fù)“20210502”
讀圖
對(duì)于富集結(jié)果的網(wǎng)絡(luò)圖：
-
節(jié)點(diǎn)表示
代表性富集通路滞项， - 節(jié)點(diǎn)的連線表示
通路之間的共有的基因數(shù)， -
顏色表示
該節(jié)點(diǎn)的富集情況分類(隸屬于哪個(gè)功能組夭坪，顏色也可以和表格形式的的ClueGO結(jié)果對(duì)應(yīng))。
Cytoscape
Cytoscape是一個(gè)開源軟件平臺(tái)过椎，用于可視化分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和生物途徑室梅，并將這些網(wǎng)絡(luò)與注釋、基因表達(dá)譜和其他狀態(tài)數(shù)據(jù)集成在一起疚宇。Cytoscape核心分布為數(shù)據(jù)集成亡鼠、分析和可視化提供了一組基本特性。其他功能也可以作為插件使用敷待。插件可用于網(wǎng)絡(luò)和分子分析间涵、新的布局、額外的文件格式支持榜揖、腳本和與數(shù)據(jù)庫的連接勾哩。
ClueGO
ClueGO是一個(gè)Cytoscape插件，它可以在一個(gè)功能分組的網(wǎng)絡(luò)中可視化大簇基因的非冗余生物學(xué)術(shù)語举哟。標(biāo)識(shí)符可以從文本文件中上傳思劳，也可以從Cytoscape的網(wǎng)絡(luò)中交互上傳。用戶可以很容易地?cái)U(kuò)展所支持的標(biāo)識(shí)符類型妨猩。ClueGO執(zhí)行單聚類分析和幾個(gè)聚類(基因列表)的比較潜叛。從使用的本體源，術(shù)語被選擇不同的過濾標(biāo)準(zhǔn)。
繪制
1. 下載Cytoscape
2. 下載ClueGO插件
Apps菜單 -> App Manager -> 找到ClueGO -> Install
3. ClueGO激活
Apps - ClueGo - Getlicense - Request a license key
填寫基本信息之后提交審核威兜，審核時(shí)間可能需要1天销斟。郵件收到license之后點(diǎn)擊App-ClueGO- Re-license，在彈出的提示框中輸入license即可激活ClueGO椒舵。
5. 上傳數(shù)據(jù)
5. 選擇富集數(shù)據(jù)集和富集標(biāo)準(zhǔn)
以GO富集為例：
在富集過程中蚂踊，會(huì)通過超幾何的方法計(jì)算p值，這里可以選擇p小于0.05的逮栅，將這部分結(jié)果展示
開始分析
6. 結(jié)果
其他數(shù)據(jù)庫悴势，如KEGG，步驟類似措伐。
寫在后面：
本系列重在復(fù)現(xiàn)特纤，所以有些細(xì)節(jié)可能講的不是很詳細(xì)。大家有問題可以后臺(tái)私信侥加，或者在我的B站：
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往期內(nèi)容：
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跟著 Cell 學(xué)作圖 | 3.箱線圖+散點(diǎn)+差異顯著性檢驗(yàn)
