待整理
FastQC是一款基于Java的軟件，一般都是在linux環(huán)境下使用命令行運(yùn)行校镐，它可以快速多線程地對(duì)測序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估（Quality Control）
zcat tmp.fq.gz | head -10000 >tmp.fq : 查看該壓縮文件取前10000行 導(dǎo)入到tmp.fq文件亥揖。
cat tmp.fq | paste ---- | cut -f 2 | cut -c 1 | sort | uniq -c : 查看tmp.fq文件，將四行變成一行肮之，取其第二列再切割取其第一個(gè)字符测柠，排序，去除重復(fù)行并統(tǒng)計(jì)重復(fù)次數(shù)鹅士。
使用bwa比對(duì)：
bwa mem 索引前綴 tmp.fq > tmp.sam : 比對(duì)生成.sam文件
bwa mem 索引前綴 tmp.fq > tmp.sam ：比對(duì)生成.bwa.log文件
將.sam文件轉(zhuǎn)換成.bam文件：
samtools view -bs tmp.sam >tmp.bam
查看.bam文件：
samtools view -h tmp.bam （-h: 查看頭部）
對(duì).bam文件進(jìn)行排序：
samtools sort tmp.bam >tmp.sorted.bam
找變異（）：
samtools mpileup -ugf hg38.fa .bam | bcftools call -vmo z -a rmdup.bcftools.vcf.gz
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