擴(kuò)增子的定義：
擴(kuò)增子（amplicon）為DNA或RNA擴(kuò)增的一段核苷酸序列拌屏。
擴(kuò)增子分析
擴(kuò)增子分析肋层，指的是對(duì)生物高度保守的DNA序列進(jìn)行分析塘匣，鑒定生物的種類與含量的方法蛉鹿，是宏基因組學(xué)的研究方法之一。
注：以下擴(kuò)增子均指微生物16S rDNA片段蒲每。
擴(kuò)增子的分析流程：
采樣
采集微生物標(biāo)本信息纷跛。
提取DNA
提取樣本中的DNA。
加接頭（adapter）
接頭邀杏，是一段短的序列已知的核酸鏈贫奠，用于鏈接序列未知的目標(biāo)測(cè)序片段。
將樣本DNA打碎，加入接頭叮阅。
加barcode
barcode刁品，也稱為index，是一段很短的寡居核酸鏈浩姥，用于在多個(gè)樣品混合測(cè)序時(shí)挑随，標(biāo)記不同的樣品。
由于高通量測(cè)序每一次測(cè)序的量很大（4-5G）勒叠，而16S的數(shù)據(jù)量（45-50M）比較小兜挨，每一次測(cè)序如果只是對(duì)幾百個(gè)16S樣本進(jìn)行測(cè)序的話，那就會(huì)有較多的測(cè)序通量沒(méi)有使用眯分，所以拌汇，為了提高使用量，節(jié)約成本弊决，將多個(gè)樣本混合在一起噪舀，然后一次測(cè)序。
測(cè)序
將樣本放入illuminate測(cè)序儀器測(cè)序飘诗。
質(zhì)控
原始數(shù)據(jù)拼接与倡；
去掉低質(zhì)量的序列；
去掉barcode昆稿；
去掉adapter纺座；
去除低豐度的序列；
聚類生成OTU表
基于97%的相似度聚類溉潭，生成OTU净响。
物種注釋
將代表性O(shè)TU序列與Green Gene數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，得到物種信息喳瓣，并去除嵌合體馋贤，得到物種信息表；
多樣性分析
分析之前畏陕，先進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化掸掸，進(jìn)行抽平。
對(duì)樣本內(nèi)微生物多樣性進(jìn)行分析（alpha多樣性）
對(duì)樣本間微生物多樣性進(jìn)行分析（beta多樣性）
功能基因預(yù)測(cè)
采用PICRUSt軟件蹭秋，將物種序列比對(duì)到KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)菌群的整體功能進(jìn)行預(yù)測(cè)堤撵。
挑選差異物種
采用隨機(jī)森林模型仁讨，對(duì)兩組信息進(jìn)行分析，篩選出合適的biomarker实昨。
