1. 數(shù)據(jù)格式
將環(huán)境數(shù)據(jù)和生物數(shù)據(jù)按下圖形式放入一個表格中，首列為樣品名乍恐，首行為環(huán)境理化因子或者相關(guān)生物參數(shù)名稱聚谁。數(shù)據(jù)選擇適當?shù)臉藴驶赴缰团担齪H外形导，所有環(huán)境數(shù)據(jù)進行l(wèi)og處理环疼。
2. ****所需程序包
ggplot2、plspm朵耕、vegan炫隶、ggrepel
3. ****路徑分析步驟
3.1 安裝和加載程序包，及數(shù)據(jù)讀取
install.packages("ggplot2")
install.packages("plspm")
install.packages("vegan")
install.packages("ggrepel")
library(ggplot2)
library(plspm)
library(vegan)
library(ggrepel)
DATA=read.csv("AEHG.csv",row.names=1,header=T)
head(DATA)
3.2 設(shè)置路徑圖
Temp = c(0,0,0,0,0,0,0)
Nutr = c(0,0,0,0,0,0,0)
Envir = c(1,0,0,0,0,0,0)
Bio = c(1,1,1,0,0,0,0)
MNND = c(1,1,1,1,0,0,0)
DW = c(1,1,1,1,1,0,0)
SEA = c(1,1,1,1,1,1,0)
path_mat = rbind(Temp, Nutr, Envir, Bio, MNND, DW, SEA)
innerplot(path_mat)
3.3 計算膨脹因子阎曹，變量的膨脹因子VIF需<10（或者20）
去除block（模塊）內(nèi)部因子共線性
spe.1 <- rda(DATA ~ Depth + WLF+Zeu +pH+DO+ EC + ORP, data = DATA)
vif.cca(spe.1)
spe.1 <- rda(DATA ~ TOC + TN + NH4N +NO3N+ NO2N + TP + PO43P, data = DATA)
vif.cca(spe.1)
3.4 路徑分析
設(shè)置每個模塊的變量（括號中數(shù)據(jù)代表數(shù)據(jù)表中的列數(shù)）伪阶，膨脹因子VIF<10
blocks=list(1, 2:6, 7:10, 11, 12, 13:18, 19)
modes = c("A","A","A","A","A","A","A")
sat_pls = plspm(DATA, path_mat, blocks, modes=modes)
summary(sat_pls)
Outer Model結(jié)果中Loading需大于0.7；根據(jù)結(jié)果逐步去除每個模塊中Loading值小于0.7的變量处嫌，直至所有變量Loading > 0.7栅贴，重新運行路徑分析模型
blocks=list(1, 4:5, c(7,9,10), 11, 12, c(13,14,15,17,18), 19)
modes = c("A","A","A","A","A","A","A")
sat_pls = plspm(DATA, path_mat, blocks, modes=modes)
summary(sat_pls)
Loading >0.7，將負Loading值改為正Loading值后熏迹，重新運行路徑分析模型
blocks=list(1, c(4,20), c(7,9,10), 11, 12, c(13,14,15,17,18), 19)
modes = c("A","A","A","A","A","A","A")
sat_pls = plspm(DATA, path_mat, blocks, modes=modes)
summary(sat_pls)
4. 圖形制作及精修
4.1 結(jié)果及圖形參數(shù)
將模型結(jié)果復(fù)制到Excel表格中檐薯，直接路徑系數(shù)0.1–1對應(yīng)線寬0.5–1.0 pt。如圖：
4.2 作圖-路徑圖
新建AI畫布（180×180 mm注暗，出血2 mm）坛缕，采用不同形狀和顏色的模塊，并用帶箭頭線段連接捆昏，線段粗細為4.1中計算的線寬pt赚楚。正值和負值直接路徑系數(shù)分別用實線和虛線表示。模塊名稱用10 pt大小骗卜，使用Arial字體宠页。草圖如下：
4.3 精修圖-路徑圖
將4.2路徑圖作為模板，其他水層或樣點可在此基礎(chǔ)上進行修改寇仓。沿路徑方向添加直接路徑系數(shù)勇皇，路徑系數(shù)與線段之間間距保持半個字符間距，并位于線段中心處焚刺。路徑系數(shù)字體大小≥ 8 pt敛摘。將結(jié)果的Inner Model中，路徑Pr值小于0.1作為所謂“顯著”路徑乳愉，并在圖中用紅色線條顯示兄淫。
4.4 總效應(yīng)柱狀圖
復(fù)制4.1結(jié)果中各變量對生態(tài)位寬度（SEA）的總路徑系數(shù)，在Sigmaplot繪制柱狀圖蔓姚，柱狀圖縱坐標設(shè)置為-1到1捕虽，刻度間隔為0.5，如下圖：
4.5 組合圖制作
直接將Sigmaplot中的總效應(yīng)柱狀圖依次復(fù)制到4.1路徑圖的AI畫板中坡脐，各柱狀圖設(shè)置為上邊緣對齊泄私；
柱狀圖中橫坐標修改為對應(yīng)模塊名稱，并將柱狀圖顏色修改為與路徑圖4.2中相對應(yīng)的顏色；
柱狀圖的x和y軸坐標刻度數(shù)字字體大小設(shè)置為9 pt晌端，x和y軸坐標軸標題設(shè)置為10 pt捅暴；
微調(diào)柱狀圖邊界和大小使柱狀圖與4.3中路徑圖寬度相同，且右對齊咧纠；
檢查x和y軸刻度數(shù)字是否在刻度線中心蓬痒，x和y軸坐標軸的標題等是否與圖形中心對齊。
**4.6 **添加R2****
可理解為模型對每個模塊的解釋能力漆羔，這里只選擇對個體大形嗌荨（DW）和生態(tài)位寬度（SEA）的R2。如下圖：
4.7 將結(jié)果呈現(xiàn)在對應(yīng)柱狀圖內(nèi)的左上角
R2與左演痒、上邊緣間隔一個字符間距（可用小寫o作為標尺）亲轨。最終效果圖如下：
將組合圖在180*135 mm（包括了2mm的出血或天地邊）畫板中調(diào)至合適大小，圖中路徑系數(shù)最終字體大小為6.5 pt鸟顺，block變量框中字體大小為7 pt瓶埋，柱狀圖坐標軸刻度及R2字體大小為9 pt，其他標注及坐標軸項目均為10 pt诊沪。邊框养筒、柱狀圖及坐標軸棒描邊均為0.5 pt，描邊顏色為純黑色（000000）端姚。溫度（Temp）晕粪、營養(yǎng)鹽（NOx或TN和TP）、物理化學(xué)（EC或CO2aq）變量模塊用淺藍色填充（A8C0DD）渐裸；Chl a變量模塊用暗綠色填充（A6E266）巫湘；DW和SEAB變量模塊用棕色填充（C69F4A）。AI導(dǎo)出TIFF格式圖形昏鹃，并設(shè)置顏色類型為RGB尚氛，分辨率為1100 ppi，勾選“LZW壓縮”洞渤，取消“嵌入IOC配置文件”阅嘶。該圖用Photoshop打開，并“另存為”载迄，勾選“LZW壓縮”讯柔，至此，完成圖表的壓縮护昧。最后檢查圖表魂迄，是否放大800倍，線條仍無鋸齒惋耙，且圖小于2 M為最佳捣炬。
參考文獻
- Xiaofei Gao, Huihuang Chen, Lynn Govaert, Wenping Wang, Jun Yang. (2019). Responses of zooplankton body size and community trophic structure to temperature change in a subtropical reservoir. Ecology and Evolution, 22(9), 12544-12555
