1、認識conda-軟件管理
最方便快捷的軟件下載器揪胃，沒有之一斥赋。它的作用就相當于App store缰猴，90%以上的軟件都能搜到，一鍵安裝灿渴。日常生信使用小而精的Miniconda即可洛波。——生信星球
學習Linux一定要拋棄圖形界面的思維骚露！——生信星球
2蹬挤、 在服務(wù)器下載conda
miniconda.png
- 查看服務(wù)器多少位
uname -a
bio06@VM-0-6-ubuntu:~$ uname -a
Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
-
安裝最新版本
下載最新版本.png -
wget+已復(fù)制下載鏈接
使用wget命令.png -
中間很多提示，該enter就按enter棘幸，該yes就yes焰扳。
安裝完成.png - 最后還得激活：
source ~/.bashrc輸入 conda 命令
激活.png -
添加鏡像：加快下載軟件速度
使用中科大鏡像.png
3、使用conda-安裝和卸載軟件
- 查看軟件列表
conda list - 安裝指定版本軟件：
conda install fastqc=0.11.7 -y
安裝fastqc.png -
fastqc --help查看安裝是否成功误续。 - 卸載軟件：
conda remove fastqc -y
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda rm fastqc
CommandNotFoundError: No command 'conda rm'.
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda remove fastqc
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /home/bio06/miniconda3
removed specs:
- fastqc
4吨悍、拓展知識：conda environment
conda環(huán)境.png
- 中間手輸錯了代碼，一直退不出來蹋嵌，然后就輸入了
gedit育瓜。 -
激活新環(huán)境&退出當前運行環(huán)境。
激活新環(huán)境.png
5栽烂、conda卸載：rm -rf ~/miniconda3
卸載conda.png
6躏仇、思維導圖
Day3-Linux環(huán)境下安裝與卸載軟件.png
注：本小節(jié)實操演練過程都是通過生信星球小組學習的恋脚，各種資源和軟件也都是生信星球提供和指導，非常感謝焰手！
以上糟描。
