NCBI獲取基因序列以及不同轉(zhuǎn)錄本序列

前言:最近實驗室要用northern-blot實驗去檢測miRNA的表達(dá)含鳞,對于多年沒有設(shè)計過探針的我感到一絲恐慌适贸,因為讓人尷尬的是我把如何找一個基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本也就是mRNA序列找出來這件事給徹底忘記了告私。不過還好昼钻,經(jīng)過周圍人的提醒和自己的摸索缠诅,已經(jīng)可以在NCBI上自如的獲取基因給mRNA序列了

關(guān)鍵詞:NCBI 基因 ?轉(zhuǎn)錄本 ?mRNA序列 ?探針(建議在查找實驗之前先把概念理清楚)

1 首先是打開NCBI官網(wǎng)宿礁,左上角選擇框選擇Gene,輸入基因名字茬射,比如GAPDH鹦蠕,點擊Search;

2 在檢索結(jié)果中選擇自己想要物種的基因在抛,比如想要第一個人的GAPDH钟病,就點擊 ID編號為2579的GAPDH就可以;

3 點擊進(jìn)去之后網(wǎng)站會展示這個基因的Full Report出來刚梭。從上到下依次有summary肠阱,genomic context等等,這里我們直奔主題朴读,點開NCBI Reference Sequences相關(guān)內(nèi)容屹徘;


4 點開之后會看到如下內(nèi)容,發(fā)現(xiàn)這個基因會有5個轉(zhuǎn)錄本(開頭以NM的認(rèn)為是確定的mRNA序列)點擊NM_001256799.3衅金;


5 點擊之后會出現(xiàn)如下的內(nèi)容噪伊,有g(shù)ene,exon,等等氮唯,基因的序列是固定的鉴吹,不同的轉(zhuǎn)錄本可能會有不同的外顯子區(qū)域組成,這里我們因為要以mRNA序列進(jìn)行雜交實驗惩琉,所以必須在外顯子區(qū)域選擇序列豆励;


值得注意的是,這里給出的序列中雖然是atcg四種堿基瞒渠,但它指示的不是DNA序列良蒸,而是mRNA序列技扼,如果要設(shè)計與RNA能夠雜交的探針,直接截取一段(5‘-3’)放在peimer5引物設(shè)計軟件中獲取它的反向互補序列就行了嫩痰。這個反向互補序列就是probe序列淮摔,可以直接在5‘端或者3’端加修飾發(fā)送給生物公司合成了。

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