【動(dòng)植物研究動(dòng)態(tài)】20220722文獻(xiàn)解讀

Science | 農(nóng)科院作科所周文彬:水稻中轉(zhuǎn)錄因子OsDREB1C同時(shí)提高光合作用效率和氮素利用效率

A transcriptional regulator that boosts grain yields and shortens the growth duration of rice

該研究從碳-氮協(xié)同調(diào)控作物產(chǎn)量出發(fā)摇庙,在水稻中鑒定到一個(gè)重要轉(zhuǎn)錄因子OsDREB1C咐蝇。在多年多點(diǎn)的田間試驗(yàn)中,過表達(dá)OsDREB1C基因可以縮短水稻生育期用押,顯著提高其光合效率及氮素利用效率疯坤,在水稻日本晴背景產(chǎn)量增幅達(dá)41.368.3%报慕,收獲指數(shù)提高40.355.7%。更為重要的是压怠,過表達(dá)水稻在不施用氮肥的大田條件下的產(chǎn)量可以達(dá)到甚至超過對照品種在施用氮肥條件下的產(chǎn)量水平眠冈,實(shí)現(xiàn)“減氮不減產(chǎn)”。菌瘫。該研究為培育更加高產(chǎn)蜗顽、氮肥更高效以及早熟新品種提供了重要基因資源。

點(diǎn)評:非常有意義的研究雨让,具體效果還要看群體產(chǎn)量雇盖。另外,這么主效的產(chǎn)量基因在之前的研究中竟然被忽略了栖忠!我們對基因的了解還知之甚少崔挖。

MP | 中國科學(xué)院昆明植物研究所吳建強(qiáng):列當(dāng)科植物的比較基因組學(xué)分析揭示了寄生植物的演化歷史

Comparative genomics of orobanchaceous species with different parasitic lifestyles reveals the origin and stepwise evolution of plant parasitism

研究者通過構(gòu)建列當(dāng)科不同生態(tài)習(xí)性物種的高質(zhì)量參考基因組,同時(shí)結(jié)合已發(fā)表的其它寄生植物基因組庵寞,從基因組狸相、基因等方面深入的比較分析了寄生植物的進(jìn)化。結(jié)果支持了寄生習(xí)性三段式的演化過程捐川,即首先獲得吸器脓鹃,與寄主建立物理連接;逐漸依賴寄主古沥,開始丟失不必要的功能基因瘸右;最終再獲得新基因使其更加生理上特化和提高對寄主的依賴性。

點(diǎn)評:比較基因組對我而言難找故事渐白。

Nature Plants | 農(nóng)科院作科所王天宇:現(xiàn)代玉米雜種優(yōu)勢群遺傳改良與分化的基因組學(xué)基礎(chǔ)

Genomic Insights into Historical Improvement of Heterotic Groups during Modern Hybrid Maize Breeding

為了揭示現(xiàn)代玉米育種過程中父尊浓、母本雜種優(yōu)勢群育種選擇的遺傳規(guī)律及其基因組分化特征,該研究收集整理了1604份國內(nèi)外不同育種時(shí)期纯衍、不同雜種優(yōu)勢群的代表性玉米自交系,針對21個(gè)農(nóng)藝性狀開展了多環(huán)境苗胀、多角度的表型精準(zhǔn)鑒定和基于重測序的基因型精準(zhǔn)鑒定襟诸,通過對超過305萬個(gè)表型數(shù)據(jù)點(diǎn)和2.2億個(gè)遺傳變異位點(diǎn)的分析瓦堵,發(fā)現(xiàn)本研究材料覆蓋了全球主要玉米主產(chǎn)區(qū)育種應(yīng)用的父本群和母本群,二者經(jīng)歷了“和而不同”育種改良歌亲,即農(nóng)藝性狀改良既存在趨同選擇也存在趨異選擇菇用。趨同選擇性狀(父母本群均向花期更早熟、散粉-吐絲間隔期更短陷揪、穗位更低惋鸥、雄穗分枝數(shù)更少、產(chǎn)量更高悍缠、行粒數(shù)更多卦绣、出籽率更高、籽粒更大飞蚓、粒重更重方向改良)多與耐密高產(chǎn)育種目標(biāo)相關(guān)滤港,而趨異選擇性狀(穗粗、穗行數(shù)趴拧、軸重性狀在母本群中降低溅漾,而在父本群中增加)可能與母本及其雜交種的熟期和籽粒脫水速率相關(guān)。在此基礎(chǔ)上著榴,采取全基因組掃描和關(guān)聯(lián)分析策略添履,挖掘出一批與父、母本雜優(yōu)群性狀趨同和趨異選擇的重要基因和等位基因脑又,且發(fā)現(xiàn)父缝龄、母本雜優(yōu)群中有利等位基因積累的多少與趨同和趨異性狀改良呈高度相關(guān)。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)挂谍,現(xiàn)代育種過程中父叔壤、母本雜優(yōu)群之間一些基因組區(qū)域的遺傳分化不斷增強(qiáng),并且這些基因組區(qū)段或基因的持續(xù)分化是決定玉米雜種優(yōu)勢的重要遺傳學(xué)基礎(chǔ)口叙。此外炼绘,利用基因編輯技術(shù)和轉(zhuǎn)基因技術(shù)驗(yàn)證了兩個(gè)現(xiàn)代育種過程中趨同選擇基因ZmEMF1L1ZmKW10和一個(gè)分化基因ZmKOB1在調(diào)控玉米開花期、籽粒大小和雜種優(yōu)勢方面的作用妄田。本研究為玉米雜交種父俺亮、母本雜優(yōu)群的遺傳改良、強(qiáng)優(yōu)勢雜交種的選育及全基因組選擇育種技術(shù)的開發(fā)提供了堅(jiān)實(shí)的理論基礎(chǔ)與基因資源疟呐。

點(diǎn)評:找到玉米父脚曾、母本雜種優(yōu)勢群趨同與趨異選擇的遺傳規(guī)律,也是厲害启具。這篇算是前年王海洋老師NG的延續(xù)吧本讥。

Cell Research | 農(nóng)科院深圳基因組所錢前:構(gòu)建稻屬超級泛基因組,助力水稻種質(zhì)資源遺傳變異挖掘和利用

A Super Pan-Genomic Landscape of Rice

利用三代Nanopore組裝了251份高質(zhì)量的水稻基因組,構(gòu)建了目前植物中群體規(guī)模最大的拷沸、基因組充分注釋的色查、稻屬中最為系統(tǒng)的超級泛基因組。該圖譜的完成將極大地促進(jìn)水稻功能基因挖掘和水稻種質(zhì)資源利用撞芍。

點(diǎn)評:水稻卷得不成樣了秧了,已經(jīng)完全是大佬們砸錢的游戲,根本不給小玩家們機(jī)會(huì)序无。

Nat Com | 華南農(nóng)業(yè)大學(xué)陳長明:公布辣椒高質(zhì)量染色體級別的三代拼接參考基因組

The 3D architecture of the pepper genome and its relationship to function and evolution

首次報(bào)道了辣椒高質(zhì)量染色體級別的三代拼接參考基因組验毡,并通過整合高分辨率Hi-C圖譜與表觀組、轉(zhuǎn)錄組以及遺傳變異數(shù)據(jù)帝嗡,探索了其三維基因組結(jié)構(gòu)的基本特征以及與基因組功能和進(jìn)化的關(guān)系晶通。辣椒基因組雖然具有與哺乳動(dòng)物類似拓?fù)浣Y(jié)合域(Topologically associating domains,TADs)丈探,但其形成方式與功能并不完全一樣录择。它們的邊界是染色體重排的熱點(diǎn)區(qū),該區(qū)域的序列高度保守碗降,說明它們的結(jié)構(gòu)完整性對基因組功能有益隘竭。研究也證實(shí)了雖然染色質(zhì)構(gòu)象能夠廣泛預(yù)測轉(zhuǎn)錄上的量化差異,但其并不能直接解釋組織間基因差異表達(dá)讼渊。綜上所述动看,辣椒染色質(zhì)三維結(jié)構(gòu)主要由轉(zhuǎn)錄工廠模型介導(dǎo)的異染色質(zhì)折疊驅(qū)動(dòng),并且這種結(jié)構(gòu)是有潛在功能性爪幻,可能普遍適應(yīng)于其他大型植物基因組菱皆。

點(diǎn)評:是不是每個(gè)物種再來一遍3D基因組?

PBJ | 華北理工宋小明:明星蔬菜冰菜高質(zhì)量基因組為研究植物耐鹽堿及高效固碳分子機(jī)制提供重要遺傳基礎(chǔ)

High-quality ice plant reference genome analysis provides insights into genome evolution and allows exploration of genes involved in the transition from C3 to CAM pathways

該研究利用最新的Pacbio_HiFi挨稿、Hi-C等測序技術(shù)和生物信息學(xué)分析方法仇轻,獲得了一個(gè)高質(zhì)量的染色體級別的冰菜基因組。作為番杏科第一個(gè)解析的基因組奶甘,該研究為全面地進(jìn)行冰菜和其他植物的比較和功能基因組學(xué)研究提供了豐富的組學(xué)數(shù)據(jù)資源篷店。同時(shí)也為探究C3到CAM途徑轉(zhuǎn)變機(jī)制以提高作物產(chǎn)量和抗性奠定了很好的基礎(chǔ)。

點(diǎn)評:基因組+轉(zhuǎn)錄組+代謝組臭家,王希胤老師團(tuán)隊(duì)的宋小明疲陕,近年發(fā)展很好

Nature Genetics | 四川農(nóng)大:燕麥基因組揭示六倍體栽培燕麥的起源與進(jìn)化

Reference genome assemblies reveal the origin and evolution of allohexaploid oat

該研究發(fā)布了栽培六倍體裸燕麥及其二倍體和四倍體祖先的參考基因組,并進(jìn)一步選擇能代表燕麥屬現(xiàn)存所有基因組類型的二倍體钉赁、四倍體和六倍體材料結(jié)合全基因測序蹄殃、葉綠體基因組和轉(zhuǎn)錄組分析,深入探究六倍體燕麥的起源與亞基因組進(jìn)化你踩。

點(diǎn)評:復(fù)雜基因組诅岩,且很深入的分析讳苦,不愧NG

Nature Plants丨中科院武漢植物園王青鋒/陳進(jìn)明:石菖蒲基因組為早期單子葉植物進(jìn)化研究提供了新見解

The slow-evolving Acorus tatarinowii genome sheds light on ancestral monocot evolution

該研究通過構(gòu)建高質(zhì)量的石菖蒲基因組,比較分析了代表性單子葉植物的全基因組進(jìn)化按厘,構(gòu)建了單子葉植物的祖先核型医吊,并揭示了早期單子葉植物適應(yīng)濕地或水生棲息地的分子機(jī)制钱慢,從而為單子葉植物的起源和多樣性研究提供了新見解逮京。

點(diǎn)評:NP貌似很鐘意這種比較和進(jìn)化基因組

iScience | 貴州大學(xué)熊彪:聯(lián)合破譯山胡椒基因組

Genome of Lindera glauca provides insights into the evolution of biosynthesis genes for aromatic compounds

該研究首次獲得并公開發(fā)布了染色體級別的山胡椒參考基因組序列,并揭示了山胡椒D-吉瑪烯和羅勒烯合成相關(guān)的代謝通路束莫。

點(diǎn)評:基因組+轉(zhuǎn)錄組+代謝組懒棉,講講物種特點(diǎn)的代謝物及代謝通路,這種文章的標(biāo)題都千篇一律了览绿。

Genome Biology | 四川大學(xué)劉建全:組裝高質(zhì)量的三倍體毛白楊單倍型基因組

PtoNF?YC9-SRMT-PtoRD26 module regulates the high saline tolerance of a triploid poplar

該論文報(bào)道了一套高分辨率的三倍體毛白楊單倍型基因組策严,為多倍體物種基因組的成功破譯提供了范例,為深入研究三倍體楊樹分子調(diào)控機(jī)制提供了生物信息學(xué)基礎(chǔ)和工具饿敲。其次妻导,揭示了一種全新的由PtoNF-YC9-SRMT-PtoRD26分子模塊介導(dǎo)的楊樹鹽響應(yīng)轉(zhuǎn)錄調(diào)控通路:鹽脅迫激發(fā)ABA的大量積累,從而驅(qū)動(dòng)PtoNF-YC9的核定位怀各,進(jìn)而與SRMT發(fā)生相互作用協(xié)同增強(qiáng)PtoRD26的表達(dá)倔韭。PtoRD26的上調(diào)表達(dá)則會(huì)進(jìn)一步激活SRMT的表達(dá),從而形成了“開關(guān)—正反饋回路”模型快速放大脅迫信號瓢对。這些研究成果不僅加深了對木本植物鹽響應(yīng)調(diào)控機(jī)制的理解寿酌,也為抗鹽楊樹種質(zhì)的篩選和培育提供了新思路和遺傳靶點(diǎn)。

點(diǎn)評:組裝只是小菜硕蛹,重點(diǎn)是為鹽脅迫進(jìn)行的轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)設(shè)計(jì)及其后續(xù)挖掘到相關(guān)基因后的一系列驗(yàn)證

Hortic Res | 佛羅里達(dá)大學(xué)王玉:聯(lián)合非靶向代謝組學(xué)與機(jī)器學(xué)習(xí)建模來診斷早期柑橘黃龍病的新方法

Nontargeted metabolomics-based multiple machine learning modeling boosts early accurate detection for citrus Huanglongbing

研究者選用六種機(jī)器學(xué)習(xí)算法來構(gòu)建分類器醇疼,最終發(fā)現(xiàn)梯度提升決策樹(Gradient-Boosted Decision Tree)和正則化邏輯回歸(Logistic Regression-L2)的平均預(yù)測準(zhǔn)確率最高,均達(dá)到95.83%法焰。這兩種分類器不僅可以對健康和受感染的植物進(jìn)行準(zhǔn)確分類秧荆,還能篩選出與黃龍病密切相關(guān)的重要代謝物。通過代謝途徑分析和含量差異比較埃仪,對發(fā)現(xiàn)代謝生物標(biāo)志物進(jìn)行了驗(yàn)證乙濒,與之前相關(guān)的報(bào)道非常一致。在實(shí)踐中贵试,可靈活采用靶向檢測技術(shù)來獲得那些代謝標(biāo)志物在可能的染病風(fēng)險(xiǎn)橘樹樹葉中的含量信息琉兜,以使診斷過程得到簡化。該方法在黃龍病的早期檢測中具有很強(qiáng)的實(shí)用性毙玻,解決了傳統(tǒng)方法靈敏度低的缺點(diǎn)豌蟋,同時(shí)也避免了以往基于光譜或圖像識別的機(jī)器學(xué)習(xí)診斷方法在應(yīng)用中存在的受光照條件干擾等問題。

點(diǎn)評:所有代謝物構(gòu)建分類器桑滩?不進(jìn)行特征選擇嗎梧疲。很多與黃龍病不相干的代謝物

Plant Journal | 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)王向峰:發(fā)表非監(jiān)督機(jī)器學(xué)習(xí)算法綜述

Unsupervised and semi-supervised learning: the next frontier in machine learning for plant systems biology

在植物系統(tǒng)生物學(xué)研究中蟹漓,非監(jiān)督學(xué)習(xí)算法已廣泛用于多組學(xué)數(shù)據(jù)聚類、降維和可視化胚膊、分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)推斷暮芭、跨物種預(yù)測、單細(xì)胞組學(xué)研究和植物表型組學(xué)圖像分析等領(lǐng)域该互。論文圍繞上述各研究領(lǐng)域米者,對最新的非監(jiān)督學(xué)習(xí)算法及其應(yīng)用展開了系統(tǒng)綜述,為植物研究領(lǐng)域不同應(yīng)用場景中宇智,在機(jī)器學(xué)習(xí)方法的選擇方面提供了有價(jià)值的信息和參考蔓搞。

點(diǎn)評:這能發(fā)PJ,有點(diǎn)灌水之嫌

Nature Com | 中國農(nóng)大小麥研究中心孫其信:在多倍體小麥起源馴化領(lǐng)域取得重要進(jìn)展

Dispersed emergence and protracted domestication of polyploid wheat uncovered by mosaic ancestral haploblock inference

該研究在作物中首次實(shí)現(xiàn)了跨倍性的單倍型溯祖解析随橘,系統(tǒng)闡明了“野生種-栽培種”滲入和跨倍性滲入在多倍體小麥起源和馴化過程中對于恢復(fù)種群遺傳多樣性的重要作用喂分,揭示了馴化小麥的散布式起源機(jī)制與長期漸進(jìn)馴化的演化規(guī)律,為加速小麥等作物的種質(zhì)資源演變規(guī)律解析和優(yōu)異資源創(chuàng)制提供了理論基礎(chǔ)机蔗。

點(diǎn)評:小麥基因組蒲祈,我碰都不敢碰

Molecular Plant | 山西農(nóng)大韓淵懷:多組學(xué)解析小米代謝物馴化的遺傳機(jī)制和抗炎效果

Multi-omics analyses of 398 foxtail millet accessions reveal genomic regions associated with domestication, metabolite traits and anti-inflammatory effects

以398份谷子自然群體為材料,通過全基因組重測序萝嘁、轉(zhuǎn)錄組梆掸、代謝組、抗炎組多組學(xué)全面聯(lián)合分析酿愧,發(fā)現(xiàn)在不同的谷子亞群之間沥潭,存在著隨代謝物變化而產(chǎn)生的自然變異及其潛在的遺傳結(jié)構(gòu),主要是谷子黃粒相關(guān)基因等位基因的選擇導(dǎo)致了代謝產(chǎn)物的改變嬉挡,如類胡蘿卜素和內(nèi)源性植物激素钝鸽。并通過基因組編輯驗(yàn)證了小米中PSY1的功能,結(jié)果表明突變體中類胡蘿卜素含量與WT相比顯著下降庞钢。而體外細(xì)胞炎癥實(shí)驗(yàn)表明拔恰,小米提取物中有83種代謝物具有抗炎作用。本項(xiàng)研究為進(jìn)一步了解谷子品質(zhì)與不同代謝物之間的關(guān)系提供了理論支撐基括,同時(shí)也為未來谷子遺傳研究及營養(yǎng)改良等方面奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)颜懊。

點(diǎn)評:該團(tuán)隊(duì)近幾年引進(jìn)了幾位青年人才,發(fā)了幾篇高分文章风皿。該研究的思路是值得借鑒的河爹,抗炎組又是新編的什么玩意

PBJ | 青海大學(xué)王艦:發(fā)布四倍體栽培種馬鈴薯“青薯9號”高質(zhì)量、染色體級別的同源四倍體基因組

The autotetraploid potato genome provides insights into highly heterozygous species

研究解析了四倍體栽培種馬鈴薯“青薯9號”高質(zhì)量桐款、染色體級別的同源四倍體基因組咸这。通過比較基因組研究發(fā)現(xiàn)四倍體馬鈴薯與二倍體馬鈴薯基因組在錯(cuò)配修復(fù)(MMR)中存在顯著差異,同時(shí)基于“青薯9號”四倍體馬鈴薯基因組魔眨,對150份馬鈴薯塊莖肉色進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析并挖掘了候選基因媳维。

點(diǎn)評:PBJ不知提供了多少”provides insights into“的水文酿雪,自從上次被它拒了后,我就一直憤憤不平了侄刽,明明這些水文還不如我的指黎。可是要是給我也來一篇州丹,就很香了醋安。

Molecular Ecology Resources| 農(nóng)科院深圳基因組所樊偉:發(fā)布菊苣、苦菊当叭、牛蒡和雪蓮果參考基因組

The genomes of chicory, endive, great burdock and yacon provide insights into Asteraceae paleo-polyploidization history and plant inulin production

本研究首次組裝了菊苣茬故、苦菊盖灸、雪蓮果染色體級別的基因組蚁鳖,并更新了牛蒡基因組;明確了這些物種的分歧時(shí)間和近期多倍化事件赁炎;探討了FAZY基因與果聚糖聚合度的關(guān)系醉箕。研究成果將推動(dòng)果聚糖代謝分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的解析與菊科植物基因組學(xué)基礎(chǔ)研究。

點(diǎn)評:樊偉(算前同事前輩吧徙垫,讀過他留下來的代碼)純生信背景能找出后面的果聚糖代謝酶故事讥裤,難得

BMC Plant Biology | 隆平高科楊遠(yuǎn)柱與北大何航:揭示超級雜交稻隆兩優(yōu)華占和晶兩優(yōu)華占雜種優(yōu)勢遺傳機(jī)制

Transcriptome profiling of two hybrid rice provides insights into the genetic basis of heterosis

通過轉(zhuǎn)錄組測序和全基因組重測序,揭示了隆兩優(yōu)華占和晶兩優(yōu)華占強(qiáng)雜種優(yōu)勢產(chǎn)生的遺傳機(jī)制姻报。

點(diǎn)評:我恨這篇文章己英,別問我為什么。吴旋。损肛。

PBJ |北大何航/隆平高科楊遠(yuǎn)柱:兩系雜交水稻骨干親本四個(gè)T2T, Gap-free基因組

The telomere-to-telomere gap-free genome of four rice parents reveals SV and PAV patterns in hybrid rice breeding

該研究利用HiFi和Ultra-long測序結(jié)合的組裝策略,完成了湘陵628S荣瑟、晶4155S治拿、隆科638S與華占4個(gè)雜交水稻骨干親本無缺口參考基因組組裝,結(jié)合其余六個(gè)已發(fā)表的雜交水稻親本基因組笆焰,系統(tǒng)分析了結(jié)構(gòu)變異在雜交育種過程中的分布和影響劫谅,發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)變異在F1功能基因及轉(zhuǎn)錄雜種優(yōu)勢起著重要作用。該研究展示雜種優(yōu)勢和雜交育種研究已進(jìn)入無缺口參考基因組水平嚷掠。

點(diǎn)評:我同樣恨這篇文章捏检,別問我為什么。不皆。贯城。

GigaScience | 胡桃楸染色體水平基因組發(fā)布

The Manchurian Walnut genome: insights into Julgone and Lipid biosynthesis

目前胡桃楸組裝質(zhì)量最高的染色體水平級別的基因組,且基因組具有很高的連續(xù)性和完整性粟焊。該研究揭示了胡桃楸與其他胡桃科物種的系統(tǒng)分類地位和進(jìn)化特征冤狡,并完成了胡桃楸果實(shí)發(fā)育過程中胡桃醌和油脂合成相關(guān)基因的挖掘工作孙蒙,這為胡桃楸關(guān)鍵藥用成分調(diào)控機(jī)制及基因組進(jìn)化研究提供了重要參考,特別是為胡桃楸的綜合開發(fā)和利用提供了寶貴的遺傳信息悲雳。

點(diǎn)評:基因組+轉(zhuǎn)錄組+代謝組挎峦,懶得評價(jià)。

The Plant Journal | 西南大學(xué)李加納/盧坤教授團(tuán)隊(duì)在甘藍(lán)型油菜時(shí)空轉(zhuǎn)錄組和亞基因組研究中取得進(jìn)展

Spatio-temporal transcriptome profiling and subgenome analysis in the Brassica napus

該團(tuán)隊(duì)對甘藍(lán)型油菜6個(gè)發(fā)育時(shí)期的24個(gè)組織器官進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析合瓢,發(fā)現(xiàn)這些組織器官可以分為8類坦胶。甘藍(lán)型油菜角果皮與根、莖晴楔、葉的功能部分相似顿苇。硫苷代謝過程在甘藍(lán)型油菜根和角果皮發(fā)育過程中起著重要作用,蛋白磷酸化過程在花藥和種子發(fā)育早期過程中起著重要作用税弃。研究還鑒定到17,100個(gè)在不同組織器官中特異表達(dá)的基因纪岁,包括889個(gè)轉(zhuǎn)錄因子,發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄因子的組織特異性強(qiáng)于結(jié)構(gòu)基因则果。在基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)中幔翰,部分傾向表達(dá)基因被鑒定為hub基因,發(fā)現(xiàn)其可能通過多種激素信號通路實(shí)現(xiàn)對油菜不同組織器官發(fā)育的特異調(diào)節(jié)西壮。另外遗增,團(tuán)隊(duì)比較了甘藍(lán)型油菜AC亞基因組同源基因的表達(dá)模式,發(fā)現(xiàn)甘藍(lán)型油菜中不存在AC亞基因組表達(dá)優(yōu)勢款青。同源基因的時(shí)空表達(dá)差異與啟動(dòng)子中轉(zhuǎn)座子和調(diào)控元件數(shù)目相關(guān)做修。本研究提供了完整的甘藍(lán)型油菜轉(zhuǎn)錄組圖譜,還挖掘了甘藍(lán)型油菜生長和發(fā)育的重要基因抡草。

構(gòu)建了基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫BrassicaEDB(https://brassica.biodb.org/)饰及,實(shí)現(xiàn)了基因表達(dá)可視化,為油菜基因組研究提供了重要工具渠牲。

點(diǎn)評:可以的旋炒,就是費(fèi)錢。

Frontiers in Plant Science | 中國農(nóng)科院楊慶文:解析我國野生稻原生境保護(hù)居群的遺傳結(jié)構(gòu)與株型變異

Genomic Analysis Provides Insights Into the Plant Architecture Variations in in situ Conserved Chinese Wild Rice (Oryza rufipogon Griff.)

普通野生稻最典型的特征是匍匐生長签杈。在我國野生稻遺傳多樣性中心瘫镇,具有典型代表性的“廣西桂平”野生稻原位保護(hù)點(diǎn),研究人員首次發(fā)現(xiàn)有直立生長的株系存在答姥,并在該居群中發(fā)現(xiàn)有四種株型的變異類型铣除。通過利用分子標(biāo)記進(jìn)行遺傳結(jié)構(gòu)分析,發(fā)現(xiàn)該原生境保護(hù)點(diǎn)的整個(gè)群體按株型分為兩大類群鹦付;對代表性單株進(jìn)行重測序尚粘,通過基因組學(xué)分析發(fā)現(xiàn),桂平野生稻屬于Or-III居群敲长,具有獨(dú)特的遺傳結(jié)構(gòu)郎嫁,與秈稻秉继、粳稻和Aromatic稻都有基因滲入。研究人員進(jìn)一步選取居群中的四種株型單株泽铛,構(gòu)建DNA混池分別進(jìn)行BSA分析尚辑,發(fā)現(xiàn)一個(gè)與抽穗期相關(guān)的基因DHD1,可能與原生境保護(hù)點(diǎn)中的株型變異相關(guān)盔腔,而株型關(guān)鍵基因MOC1, LAZY1等杠茬,在原生境保護(hù)居群中的變異并沒有影響株型。研究發(fā)現(xiàn)桂平原生境保護(hù)點(diǎn)的野生稻與桂平市乃至廣西的地方品種并沒有基因滲入弛随,而株型的變異既然非自然變異瓢喉,極有可能來自于周邊大面積推廣的栽培稻品種。

點(diǎn)評:其實(shí)研究還可以舀透,做水稻馴化的可以看看

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