最近很久沒有更新，實(shí)在是生活中事情太多摇庙，節(jié)奏完全被打亂了议双。
PBJ | 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所揭示表達(dá)新等位基因動(dòng)態(tài)調(diào)控棉花纖維長度的分子機(jī)理
Expressed- genes and their new alleles identification during fibre elongation reveal the genetic factors underlying improvements of fibre length in cotton
該研究利用陸地棉 中36和海島棉 海7124為親本構(gòu)建的高世代種間回交自交系群體（191 BILs）開展基因組重測序分析及47個(gè)BILs纖維發(fā)育5，10和15天的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析伊履，鑒定出潛在影響纖維長度的ENAs并構(gòu)建纖維伸長相關(guān)基因的動(dòng)態(tài)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
對發(fā)育纖維中的35,420個(gè)表達(dá)基因序列進(jìn)行分析款违，共鑒定10,366個(gè)表達(dá)新等位基因（expression new alleles唐瀑，ENA）。分析發(fā)現(xiàn)ENAs在子代中的積累促進(jìn)其分化并顯著影響纖維長度插爹『謇保總的來說，在開花后5-15天的纖維中鑒定到1,056-1,255個(gè)ENAs在一些BILs中表現(xiàn)超親表達(dá)赠尾，其中有520個(gè)ENAs位于調(diào)控纖維長度QTLs中力穗。經(jīng)鑒定發(fā)現(xiàn)，重組后的GhFLA9等位基因?qū)w維長度的影響大于親本CRI36的等位基因气嫁。利用ENA標(biāo)記睛廊，研究人員鑒定出3個(gè)新的控制纖維長度的QTLs；同時(shí)纖維表達(dá)基因eQTL分析發(fā)現(xiàn)杉编，在開花后5超全，10和15天，分別鑒定到1,286邓馒，1,089和1,059表達(dá)基因與纖維長度性狀共定位嘶朱。利用以上纖維伸長相關(guān)基因構(gòu)建其動(dòng)態(tài)表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，共鑒定到7個(gè)時(shí)空特異調(diào)控表達(dá)基因簇及105個(gè)候選基因光酣。最后研究者還利用CRISPR-cas9系統(tǒng)驗(yàn)證了GhMAH1 （Ghir_D10G011050）參與棉纖維伸長疏遏。
點(diǎn)評：以后eQTL等同類項(xiàng)目可參考方法。
Molecular Plant | 北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院張興平：發(fā)表首個(gè)西瓜T2T基因組
A telomere-to-telomere gap-free reference genome of watermelon and its mutation library provide important resources for gene discovery and breeding
該研究利用PacBio HiFi，ONT ultra-long組裝了一個(gè)西瓜近交系G42的T2T gap-free基因組财异，其中包括所有22個(gè)端粒和11個(gè)著絲粒倘零。利用花粉EMS誘變技術(shù)從近交系G42中獲得了20多萬顆M1種子，從M1和M2群體中確認(rèn)了301個(gè)形態(tài)變化的突變體并進(jìn)行了測序戳寸。Gap-free基因組及其EMS突變庫為西瓜的遺傳學(xué)呈驶、基因組學(xué)和改良提供了重要的資源。
點(diǎn)評：單純的T2T基因組也難發(fā)了疫鹊，還要找找其他的故事袖瞻。
Plant Com | 江蘇省農(nóng)科院：找回棉花“丟失”的優(yōu)質(zhì)纖維和抗旱關(guān)鍵基因
Genome sequence of Gossypium anomalum facilitates interspecific introgression breeding
該研究基于組裝的基因組信息在國際上首次獲得了棉花二倍體野生種異常棉的高質(zhì)量漸滲系群體，找回了在棉花進(jìn)化（馴化）過程中“丟失”的優(yōu)質(zhì)纖維和抗旱關(guān)鍵基因拆吆。
點(diǎn)評：研究內(nèi)容豐富聋迎，反套路，干濕結(jié)合枣耀。
Mol Plant | 中國農(nóng)科院基因組所：解析馬鈴薯品種“合作88”的高質(zhì)量基因組
Genome architecture and tetrasomic inheritance of autotetraploid potato
該研究發(fā)布了當(dāng)前最高質(zhì)量的栽培馬鈴薯基因組霉晕，同時(shí)通過比較基因組學(xué)和遺傳學(xué)分析，揭示了同源染色體間廣泛存在且不均衡的序列捞奕、表達(dá)和遺傳行為的差異娄昆，并展示了親本之間有害突變基因型的互相屏蔽和功能基因的互補(bǔ)。
github：https://github.com/baozg/Potato_C88
點(diǎn)評：還沒有組裝過這么復(fù)雜的基因組缝彬，學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)。黃三文老師太牛了哺眯。
JGG | 河北大學(xué)杜會龍團(tuán)隊(duì)：綜述植物泛基因組學(xué)研究進(jìn)展
Plant pan-genomics: recent advances, new challenges, and roads ahead
該綜述全面總結(jié)了目前植物泛基因組學(xué)研究進(jìn)展谷浅，并探討了植物泛基因組學(xué)發(fā)展面臨的挑戰(zhàn)及未來研究方向。
點(diǎn)評：后面專門寫一篇來翻譯下吧奶卓。梁老師的學(xué)生一疯，R498的作者也當(dāng)PI了。
The Plant Journal | 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)李自超/李金杰：粳稻低溫適應(yīng)性馴化
Cold-Adaptive Evolution at the Reproductive Stage in Geng/Japonica Subspecies Reveals the role of OsMAPK3 and OsLEA9
該研究結(jié)果鑒定并功能驗(yàn)證了兩個(gè)水稻生殖生長期耐冷基因OsMAPK3和OsLEA9夺姑，明確了兩個(gè)基因的演化途徑及育種潛力墩邀。揭示了粳稻種內(nèi)冷適應(yīng)分化的進(jìn)化路徑的同時(shí)，也為低溫地區(qū)水稻分子育種提供了新的遺傳資源盏浙。
點(diǎn)評：同門實(shí)驗(yàn)室的作品眉睹，經(jīng)典正向遺傳學(xué)+驗(yàn)證+馴化的研究思路。
The Plant Journal｜基因組所胡冠菁：揭示異源四倍體棉花鹽脅迫響應(yīng)機(jī)制
Parental legacy versus regulatory innovation in salt stress responsiveness of allopolyploid cotton (Gossypium) species
該研究比較了四種密切相關(guān)的二倍體和多倍體棉種對鹽脅迫的不同轉(zhuǎn)錄響應(yīng)反應(yīng)废膘，深入探討了多倍體在鹽脅迫條件下調(diào)控機(jī)制的不同進(jìn)化來源竹海。研究結(jié)果表明，異源多倍體能夠通過創(chuàng)新調(diào)控獲得相對于其二倍體祖先更廣泛靈活的應(yīng)激反應(yīng)丐黄，這為研究不同環(huán)境下多倍體的適應(yīng)性進(jìn)化提供了新的見解斋配。
點(diǎn)評：棉花轉(zhuǎn)錄調(diào)控，胡老師的拿手好戲。
Plant, Cell & Environment（PCE） | 上海交通大學(xué)石建新和張大兵：揭示亞洲栽培稻種子甘油脂類代謝物含量變異的遺傳基礎(chǔ)及形成機(jī)制
Genetic architecture of seed glycerolipids in Asian cultivated rice
該研究以587份亞洲栽培稻群體和103份秈粳稻雜交衍生的染色體片段置換系群體的種子為研究對象艰争，首先用高通量脂質(zhì)組學(xué)技術(shù)獲得了水稻種子甘油脂類代謝譜圖坏瞄，揭示了秈粳稻亞種間種子甘油脂類含量的顯著差異。隨后通過全基因組關(guān)聯(lián)分析和數(shù)量性狀位點(diǎn)連鎖分析甩卓，鑒定到大量和目標(biāo)脂類代謝分子顯著關(guān)聯(lián)的QTL位點(diǎn)鸠匀，并結(jié)合基因功能注釋預(yù)測了23個(gè)可能調(diào)控水稻種子甘油脂類含量的候選基因。其中猛频，編碼磷脂酰膽堿:二酰甘油膽堿磷酸轉(zhuǎn)移酶的OsLP1和顆粒結(jié)合淀粉合酶I的Waxy基因狮崩，分別調(diào)控自然群體內(nèi)種子飽和三酰甘油和溶血磷脂酰膽堿含量變異。進(jìn)一步通過轉(zhuǎn)基因及酶活性實(shí)驗(yàn)證明秈粳稻間OsLP1序列的變異導(dǎo)致了不同OsLP等位酶對底物（溶血磷脂酰膽堿-16:0/16:0）偏好性的不同鹿寻，進(jìn)而造成種子飽和三酰甘油含量的差異睦柴；而Waxy序列多態(tài)性導(dǎo)致種子直鏈淀粉含量和溶血磷脂酰膽堿含量的差異。
群體遺傳學(xué)分析發(fā)現(xiàn)OsLP1在亞洲栽培稻群體中存在三種主要的單倍型毡熏，并且分別存在于秈稻坦敌，粳稻，澳洲稻（Aus）三個(gè)亞種中痢法，暗示該基因可能在不同亞群體中被獨(dú)立選擇狱窘。通過單倍型的地理分布推測秈稻和粳稻中OsLP1的功能分化可能和秈粳分化過程中的抽穗期適應(yīng)相關(guān)，并通過染色體片段置換系及轉(zhuǎn)基因植株表型觀察結(jié)果證明了除種子脂類含量差異外, 秈粳間OsLP1等位基因?qū)﹂_花時(shí)間的調(diào)控也存在顯著差異财搁。此外蘸炸，作者發(fā)現(xiàn)Aus群體特有的OsLP1單倍型和一個(gè)已報(bào)道的耐淹QTL的抗性標(biāo)記共分離，由此推斷OsLP1可能在淹水脅迫中由于基因連鎖或者基因多效性被選擇下來尖奔。因此認(rèn)為亞洲栽培稻群體內(nèi)種子甘油脂類含量的差異是適應(yīng)性性狀（如耐澇搭儒、抽穗）的自然選擇和品質(zhì)性狀（如口感）的人工選擇共同造成的；而相關(guān)代謝基因/QTL的多效性和連鎖是造成群體內(nèi)甘油脂類代謝含量差異的重要原因提茁。
點(diǎn)評：mGWAS+驗(yàn)證+群體遺傳淹禾，經(jīng)典作品。
Plant Com | 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物所谷曉峰：水稻株型改良關(guān)鍵基因SD8
Genome-edited ATP BINDING CASSETTE B1 transporter SD8 knockouts have optimized rice architecture without yield penalty
研究通過全基因組關(guān)聯(lián)分析（genome-wide association study, GWAS）分析茴扁，在水稻中鑒定到與株高相關(guān)的擬南芥生長素運(yùn)輸載體ABCB1同源基因SD8铃岔，使用CRISPR-Cas9技術(shù)在日本晴（NIP）背景下創(chuàng)制了SD8基因編輯突變體sd8-1和 sd8-2。sd8-1和 sd8-2株高顯著降低峭火，旗葉夾角變小毁习，植株更加直立，且單株產(chǎn)量沒有受到影響卖丸。田間試驗(yàn)結(jié)果表明sd8-1敲除株系在密植條件具有顯著的增產(chǎn)效應(yīng)（約增加10%）蜓洪，相比正常種植密度條件下sd8-1產(chǎn)量與NIP相比沒有顯著差異。后續(xù)做了一系列實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證坯苹。
點(diǎn)評：GWAS+驗(yàn)證隆檀，找故事，找創(chuàng)新。
Plant Com | 遺傳所張愛民：解析烏拉爾圖小麥群體進(jìn)化歷史及地理適應(yīng)性
Whole-genome resequencing of the wheat A subgenome progenitor Triticum urartu provides insights into its demographic history and geographic adaptation
烏拉爾圖小麥（Triticum urartu恐仑，AA泉坐，2x=14）是四倍體小麥（AABB）和六倍體小麥（AABBDD）的A基因組供體，在小麥的起源裳仆、進(jìn)化和遺傳改良中具有重要的作用和地位腕让。本研究對來自于世界各地的59份烏拉爾圖小麥進(jìn)行全基因組深度重測序，獲得了42.2百萬個(gè)高質(zhì)量的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)（SNPs）和3.0百萬個(gè)插入缺失位點(diǎn)（InDels）歧斟，在此基礎(chǔ)上獲得烏拉爾圖小麥群體的遺傳多樣性指數(shù)π和θW分別為2.595 ×10?3和2.353 × 10?3纯丸，從全基因組水平上揭示了烏拉爾圖小麥的遺傳多樣性。
系統(tǒng)進(jìn)化樹静袖、群體結(jié)構(gòu)和主成分分析均可將烏拉爾圖小麥群體劃分為兩河流域種群（Mesopotamian-Transcaucasian觉鼻，MT）和地中海東岸種群（eastern Mediterranean coastal，EMC）队橙，這兩個(gè)群體的LD block數(shù)量分別為208,791和180,575個(gè)坠陈。SMC++分析顯示這兩個(gè)群體是在更新世晚期（新仙女木時(shí)期，距今約1.3萬年）劇烈的氣候變化導(dǎo)致出現(xiàn)分化捐康。TreeMix分析顯示普通小麥的A基因組直接供體起源于敘利亞西北部與土耳其南部交接的卡拉卡達(dá)格山脈附近（Karacadag Mountains）仇矾，該地區(qū)的烏拉爾圖小麥材料具有更多的遺傳漂變（genetic drift）。不同的選擇分析方法（FST-Ln(πEMC/πMT)解总，XP-CLR贮匕，XP-EHH等）分別在兩河流域種群和地中海東岸種群中檢測到2,844和3,505個(gè)選擇基因，涉及到光周期調(diào)控花枫、種子休眠刻盐、抗病抗逆等多個(gè)植物調(diào)控反應(yīng)，代表了其獨(dú)特的地理適應(yīng)性乌昔。該研究還獲得了一批和環(huán)境適應(yīng)、抗逆等相關(guān)的候選基因壤追，如調(diào)控株高和抗倒伏基因SD37磕道，為普通小麥的遺傳改良提供了基因資源。
點(diǎn)評：用的群體遺傳的方法挺多的行冰，不知準(zhǔn)確性如何溺蕉。
The Crop Journal | 揚(yáng)州大學(xué)利用GWAS挖掘玉米莖稈強(qiáng)度關(guān)鍵基因及其優(yōu)良等位變異
Genome-wide association study identifies novel candidate loci or genes affecting stalk strength in maize
通過對莖稈穿刺強(qiáng)度、壓碎強(qiáng)度悼做、彎曲強(qiáng)度等性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析疯特，確定了相關(guān)候選基因，并對其中的兩個(gè)基因進(jìn)行重測序肛走，挖掘出與莖稈穿刺強(qiáng)度顯著相關(guān)的變異位點(diǎn)和優(yōu)異等位變異漓雅。
CJ的研究還差那么點(diǎn)意思。
New phytologist | 中國農(nóng)科院作科所周美亮團(tuán)隊(duì)在苦蕎及其近緣野生種金蕎麥比較基因組解析上取得新進(jìn)展
Comparison of buckwheat genomes reveals the genetic basis of metabolomic divergence and ecotype differentiation
基于二代三代和Hi-C技術(shù)組裝了一套二倍體金蕎麥基因組，基因組大小為1.08G邻吞，注釋到38,919個(gè)蛋白編碼基因组题。通過與苦蕎基因組比較發(fā)現(xiàn)，金蕎麥基因組大小是苦蕎基因組（0.48G）的兩倍抱冷，這主要是由重復(fù)序列擴(kuò)增導(dǎo)致崔列。研究發(fā)現(xiàn)，在3號和4號染色體上存在兩段大片段倒位旺遮，相關(guān)基因與代謝赵讯、細(xì)胞壁形成、根形態(tài)建成等密切相關(guān)耿眉，推測這可能與金蕎麥特有的品質(zhì)和農(nóng)藝性狀相關(guān)边翼。基因組進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn)跷敬，金蕎麥和苦蕎在近代發(fā)生分化讯私，金蕎麥中與代謝相關(guān)的基因受到了強(qiáng)烈選擇。
研究中選取金蕎麥的地下膨大莖西傀、根和苦蕎的根進(jìn)行了代謝組分析斤寇，發(fā)現(xiàn)金蕎麥中兒茶素、原花青素拥褂、蘆丁娘锁、槲皮素等黃酮類物質(zhì)含量遠(yuǎn)高于苦蕎，是金蕎麥可做藥用的重要原因饺鹃。進(jìn)一步從基因組層面揭示了金蕎麥中黃酮類物質(zhì)合成相關(guān)基因發(fā)生了擴(kuò)增莫秆，尤其是FdCHI、FdF3H悔详、FdDFR镊屎、FdLAR基因家族。此外茄螃，研究團(tuán)隊(duì)從云貴高原搜集到34份直立和斜生生態(tài)型的二倍體野生金蕎麥并進(jìn)行了性狀評價(jià)缝驳，發(fā)現(xiàn)直立生態(tài)型的農(nóng)藝性狀優(yōu)于斜生生態(tài)型，而斜生生態(tài)型的品質(zhì)性狀優(yōu)于直立生態(tài)型归苍。為了研究兩種生態(tài)型性狀分化的遺傳機(jī)制用狱，研究團(tuán)隊(duì)對這些樣本進(jìn)行了重測序并計(jì)算了二者之間的遺傳分化系數(shù)，挖掘到FdMYB44拼弃、FdCRF4等一系列與品質(zhì)和農(nóng)藝性狀相關(guān)的基因夏伊。該研究為金蕎麥的性狀改良和品質(zhì)育種，以及為苦蕎和金蕎麥種間雜交的分子育種奠定了理論基礎(chǔ)吻氧。
點(diǎn)評：組裝+比較基因組+代謝組+重測序溺忧，解析物種特征咏连。
Hortic Res | 成都中醫(yī)藥大學(xué)建成中藥植物基因組綜合數(shù)據(jù)庫TCMPG
TCMPG: an integrative database for traditional Chinese medicine plant genomes
該研究首先從PlabiPD中收集了所有已測序植物的拉丁名和參考文獻(xiàn)，并從TCMID和HERB下載了中草藥的信息砸狞；然后以植物的拉丁名作為參考捻勉，從公共數(shù)據(jù)庫收集所有已公開的藥用植物基因組數(shù)據(jù)（全基因組序列、基因注釋刀森、編碼序列和氨基酸序列）踱启。在此基礎(chǔ)上，通過整合藥用植物和中草藥的基礎(chǔ)信息研底，構(gòu)建了用于存儲和分析藥用植物基因組的綜合數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站TCMPG（http://cbcb.cdutcm.edu.cn/TCMPG/）埠偿。
點(diǎn)評：看來HR很喜歡接收數(shù)據(jù)庫，水文的好地方榜晦。
Plant Journal | 中科院植物所石雷/梁振昌合作揭示丁香屬全基因組冠蒋、演化歷史及花香形成機(jī)制
A chromosome-level genome of Syringa oblata provides new insights into chromosome formation in Oleaceae and evolutionary history of lilacs
研究人員在東亞廣布種華北紫丁香（Syringa oblata）全基因組測序組裝的基礎(chǔ)上，開展了包括其近緣種在內(nèi)的比較基因組分析乾胶，發(fā)現(xiàn)木犀科的祖先具有20條染色體抖剿，在漸新世中期前經(jīng)歷了一次二倍化事件，隨后加倍的部分染色體發(fā)生了斷裂重組识窿，最終形成了木犀科植物的46條染色體斩郎。華北紫丁香祖先的分化早于木犀科中桂花和油橄欖的分化；丁香屬內(nèi)五個(gè)組（系）的祖先在中新世后期開始分化喻频∷跻耍基于全基因組序列和覆蓋全屬的26個(gè)野生種（變種）的重測序，該項(xiàng)研究形成了至今最為完整的丁香屬種間系統(tǒng)演化圖譜甥温。
點(diǎn)評：物以稀為貴锻煌，材料少也珍貴。
PBJ | 中國中醫(yī)科學(xué)院黃璐琦院士團(tuán)隊(duì)發(fā)布首個(gè)蘄艾超大（8.03 G）染色體水平基因組姻蚓，揭示艾染色體融合事件并解析其藥效成分的合成路徑
Genome sequencing reveals chromosome fusion and extensive expansion of genes related to secondary metabolism in Artemisia argyi
本研究選擇在蘄春廣泛種植并且富含揮發(fā)油和黃酮成分的蘄艾品系“香艾”為研究對象宋梧，對其進(jìn)行基因組從頭測序和組裝，從基因組進(jìn)化狰挡、染色體融合和活性成分生物合成路徑3個(gè)主要方面進(jìn)行了分析捂龄，為艾遺傳育種、功能基因組學(xué)和進(jìn)化奠定了重要基礎(chǔ)圆兵。
點(diǎn)評：這種東西講故事麻煩跺讯，相信也花了不少功夫枢贿。
iScience | 陜西省植物研究所首獲染色體級別漆樹參考基因組序列
The chromosome-level genome for Toxicodendron vernicifluum provides crucial insights into Anacardiaceae evolution and urushiol biosynthesis
該研究首次獲得并公開發(fā)布了染色體級別的漆樹參考基因組序列殉农，并揭示了漆樹木質(zhì)素及漆酚合成相關(guān)的代謝通路。
點(diǎn)評：基因組+轉(zhuǎn)錄組+代謝組
