基因本體論（Gene Ontology熄驼，GO）計(jì)劃（http://www.geneontology.org）為注釋基因像寒、基因產(chǎn)物和序列開(kāi)發(fā)了一套結(jié)構(gòu)化的、受控詞匯表瓜贾。它被分成三部分：分子功能（Molecular Function萝映，MF）、生物過(guò)程（Biological Process阐虚，BP）和細(xì)胞組分（Cell Component，CC）蚌卤。
GO功能富集分析結(jié)果实束，一般都會(huì)包含至少4列：GO term，基因數(shù)逊彭，P值和類別咸灿。今天給大家?guī)?lái)一張非常直觀，顏值也頗高的GO富集結(jié)果可視化圖侮叮。
1避矢，打開(kāi)繪圖頁(yè)面
首先，使用瀏覽器（推薦chrome或者edge）打開(kāi)GO BP囊榜、CC审胸、MF三合一雙側(cè)條形圖繪制頁(yè)面，左側(cè)為常見(jiàn)作圖導(dǎo)航卸勺，中間為數(shù)據(jù)輸入框和可選參數(shù)砂沛，右側(cè)為描述和結(jié)果示例。
http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_GO_term_bp_cc_mf_left_right_bar_plot_191
圖1.可視化頁(yè)面
2曙求，示例數(shù)據(jù)
點(diǎn)擊右側(cè)“示例數(shù)據(jù)”鏈接下載excel格式的示例數(shù)據(jù)碍庵。
示例數(shù)據(jù)（僅供參考）包括4列：
第1列是GO term名字；
第2列是分類（分類名必需是Biological process悟狱、Cellular component静浴、Molecular function，且按照順序排列）挤渐；
第3列是Pvalue（或者FDR苹享、qvalue等，程序會(huì)默認(rèn)自動(dòng)將其轉(zhuǎn)化成-log10值挣菲，因此p值不能為0）富稻，每個(gè)類別之內(nèi)的條目可以按照P值從小到大掷邦，或者從大到小排列；
第4列是基因數(shù)椭赋；
注意：你需要參考示例數(shù)據(jù)抚岗，將自己的富集結(jié)果在excel中整理成示例數(shù)據(jù)的樣式。
圖2. 輸入數(shù)據(jù)示例
3哪怔，粘貼示例數(shù)據(jù)
直接復(fù)制示例數(shù)據(jù)中的ABCD 4列數(shù)據(jù)宣蔚，然后粘貼到輸入框。
注意：不是拷貝excel文件认境，是拷貝excel文件里邊的數(shù)據(jù)哦胚委。另外粘貼到輸入框后，格式亂了沒(méi)關(guān)系叉信，只要在excel中是整齊的就行亩冬。并且數(shù)據(jù)矩陣中不能有空的單元格，中文字符等硼身。
圖3. 必需輸入
4硅急，修改參數(shù)，并提交
我們?cè)O(shè)置了圖片尺寸佳遂，顏色等參數(shù)营袜，基本能滿足日常繪圖使用。如需更高級(jí)的定制丑罪，請(qǐng)聯(lián)系我們荚板。
部分參數(shù)詳解：
顏色：這里我們還是使用Nature Publishing Group的配色。
左側(cè)最大值：用來(lái)控制左側(cè)的柱子距離左邊界的距離吩屹，請(qǐng)使用可整除的整數(shù)
右側(cè)最大值：用來(lái)控制右側(cè)的柱子距離右邊界的距離跪另，請(qǐng)使用可整除的整數(shù)
這兩個(gè)值需要與圖片長(zhǎng)寬配合著使用，以保證零點(diǎn)位置不是0.0煤搜。
圖4. 顏色等可調(diào)參數(shù)
5罚斗，提交出圖
輸入數(shù)據(jù)粘貼好，參數(shù)調(diào)整好后宅楞，點(diǎn)擊提交按鈕针姿，約3秒后，在頁(yè)面右側(cè)會(huì)出現(xiàn)結(jié)果預(yù)覽圖厌衙。我們提供了4種圖片格式供下載使用距淫，兩種矢量圖（pdf，svg）和兩種標(biāo)量圖（600 dpi tiff和300 dpi png）婶希。
圖左側(cè)表示GO term的統(tǒng)計(jì)p值（-log10轉(zhuǎn)化）榕暇，p值越小，條形越長(zhǎng)；并且按照顏色區(qū)分三部分彤枢；
圖右側(cè)表示富集的基因數(shù)狰晚，基因數(shù)越多，條形越長(zhǎng)缴啡。
點(diǎn)評(píng)：與氣泡圖相比壁晒，該圖的優(yōu)點(diǎn)在于一眼就能分辨出那個(gè)term的基因數(shù)最多，P值最小业栅。因?yàn)槿藗儗?duì)于顏色的分辨程度要低于對(duì)尺寸的分辨程度秒咐，特別是在顏色差別不大的情況下。
圖5.預(yù)覽與下載
沒(méi)有預(yù)覽就是沒(méi)有出圖碘裕，這時(shí)請(qǐng)參考示例數(shù)據(jù)携取，檢查輸入數(shù)據(jù)格式。
遇到文字截?cái)喟锟祝枰薷淖煮w雷滋、調(diào)整字體大小等，使用scape軟件文兢。
