最近實(shí)在太忙了,好久沒有更新我們的簡書了褥赊,今天抽空無論如何也要更新莉恼。
示例:查詢PDCD1在各個(gè)泛癌細(xì)胞系中表達(dá)情況。
首先我們打開我們的CCLE數(shù)據(jù)庫上網(wǎng)頁俐银,網(wǎng)址走起捶惜,如果打開速度慢,請(qǐng)耐心等待https://portals.broadinstitute.org/ccle/
在檢索欄中搜索我們要檢索的基因吱七,這里我們搜索“PDCD1”,點(diǎn)擊“search”進(jìn)行檢索景醇。
下圖即是PDCD1在泛癌細(xì)胞系表達(dá)情況三痰,我們可以點(diǎn)擊右上側(cè)的照相機(jī)按鈕進(jìn)行保存苍碟。但是這個(gè)表達(dá)量是個(gè)相對(duì)表達(dá)量,有時(shí)候出現(xiàn)CCLE和自己實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)不吻合舷丹,這個(gè)時(shí)候還是要依據(jù)自己的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)蜓肆,CCLE只是提供了一個(gè)參考。
點(diǎn)擊頁面下“Download ?mRNA expression?”則可以下載表達(dá)譜症概。下載的表達(dá)譜是.txt早芭,我們可以利用excel對(duì)該文檔打開。如果想研究某腫瘤的細(xì)胞系該基因表達(dá)情況募壕,你可以在表達(dá)譜搜索該腫瘤,會(huì)對(duì)應(yīng)好幾個(gè)細(xì)胞系缰泡,高亮一下代嗤,你所要研究的腫瘤細(xì)胞系就一目了然了。
總體來說宜猜,現(xiàn)在數(shù)據(jù)庫千千萬溶锭,是我們研究過程中輔助工具,我們可以借鑒它垫毙,但是它未必一定正確的拱绑,需要我們好好利用分析。