CCLE查詢基因在細(xì)胞系中表達(dá)

最近實(shí)在太忙了,好久沒有更新我們的簡書了褥赊,今天抽空無論如何也要更新莉恼。

示例:查詢PDCD1在各個(gè)泛癌細(xì)胞系中表達(dá)情況。

首先我們打開我們的CCLE數(shù)據(jù)庫上網(wǎng)頁俐银,網(wǎng)址走起捶惜,如果打開速度慢,請(qǐng)耐心等待https://portals.broadinstitute.org/ccle/

在檢索欄中搜索我們要檢索的基因吱七,這里我們搜索“PDCD1”,點(diǎn)擊“search”進(jìn)行檢索景醇。

下圖即是PDCD1在泛癌細(xì)胞系表達(dá)情況三痰,我們可以點(diǎn)擊右上側(cè)的照相機(jī)按鈕進(jìn)行保存苍碟。但是這個(gè)表達(dá)量是個(gè)相對(duì)表達(dá)量,有時(shí)候出現(xiàn)CCLE和自己實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)不吻合舷丹,這個(gè)時(shí)候還是要依據(jù)自己的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)蜓肆,CCLE只是提供了一個(gè)參考。


點(diǎn)擊頁面下“Download ?mRNA expression?”則可以下載表達(dá)譜症概。下載的表達(dá)譜是.txt早芭,我們可以利用excel對(duì)該文檔打開。如果想研究某腫瘤的細(xì)胞系該基因表達(dá)情況募壕,你可以在表達(dá)譜搜索該腫瘤,會(huì)對(duì)應(yīng)好幾個(gè)細(xì)胞系缰泡,高亮一下代嗤,你所要研究的腫瘤細(xì)胞系就一目了然了。



總體來說宜猜,現(xiàn)在數(shù)據(jù)庫千千萬溶锭,是我們研究過程中輔助工具,我們可以借鑒它垫毙,但是它未必一定正確的拱绑,需要我們好好利用分析。

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末膀藐,一起剝皮案震驚了整個(gè)濱河市红省,隨后出現(xiàn)的幾起案子,更是在濱河造成了極大的恐慌虾啦,老刑警劉巖痕寓,帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,013評(píng)論 6 481
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件呻率,死亡現(xiàn)場(chǎng)離奇詭異,居然都是意外死亡礼仗,警方通過查閱死者的電腦和手機(jī)逻悠,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,205評(píng)論 2 382
  • 文/潘曉璐 我一進(jìn)店門蹂风,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來乾蓬,“玉大人慎恒,你說我怎么就攤上這事∷类拢” “怎么了粒氧?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 152,370評(píng)論 0 342
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵外盯,是天一觀的道長。 經(jīng)常有香客問我饱苟,道長箱熬,這世上最難降的妖魔是什么? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 55,168評(píng)論 1 278
  • 正文 為了忘掉前任蚤认,我火速辦了婚禮糕伐,結(jié)果婚禮上,老公的妹妹穿的比我還像新娘赤炒。我一直安慰自己,他們只是感情好掩缓,可當(dāng)我...
    茶點(diǎn)故事閱讀 64,153評(píng)論 5 371
  • 文/花漫 我一把揭開白布你辣。 她就那樣靜靜地躺著,像睡著了一般宴凉。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上弥锄,一...
    開封第一講書人閱讀 48,954評(píng)論 1 283
  • 那天籽暇,我揣著相機(jī)與錄音饭庞,去河邊找鬼。 笑死舟山,一個(gè)胖子當(dāng)著我的面吹牛,可吹牛的內(nèi)容都是我干的寒矿。 我是一名探鬼主播幅骄,決...
    沈念sama閱讀 38,271評(píng)論 3 399
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼拆座,長吁一口氣:“原來是場(chǎng)噩夢(mèng)啊……” “哼!你這毒婦竟也來了挪凑?” 一聲冷哼從身側(cè)響起,我...
    開封第一講書人閱讀 36,916評(píng)論 0 259
  • 序言:老撾萬榮一對(duì)情侶失蹤,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎菇绵,沒想到半個(gè)月后,有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體翎嫡,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 43,382評(píng)論 1 300
  • 正文 獨(dú)居荒郊野嶺守林人離奇死亡永乌,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點(diǎn)故事閱讀 35,877評(píng)論 2 323
  • 正文 我和宋清朗相戀三年,在試婚紗的時(shí)候發(fā)現(xiàn)自己被綠了人芽。 大學(xué)時(shí)的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片绩脆。...
    茶點(diǎn)故事閱讀 37,989評(píng)論 1 333
  • 序言:一個(gè)原本活蹦亂跳的男人離奇死亡,死狀恐怖祈坠,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出矢劲,到底是詐尸還是另有隱情慌随,我是刑警寧澤,帶...
    沈念sama閱讀 33,624評(píng)論 4 322
  • 正文 年R本政府宣布丸逸,位于F島的核電站剃袍,受9級(jí)特大地震影響,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏民效。R本人自食惡果不足惜畏邢,卻給世界環(huán)境...
    茶點(diǎn)故事閱讀 39,209評(píng)論 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望程储。 院中可真熱鬧臂寝,春花似錦、人聲如沸咆贬。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 30,199評(píng)論 0 19
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽素征。三九已至集嵌,卻和暖如春萝挤,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間,已是汗流浹背根欧。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 31,418評(píng)論 1 260
  • 我被黑心中介騙來泰國打工怜珍, 沒想到剛下飛機(jī)就差點(diǎn)兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道東北人凤粗。 一個(gè)月前我還...
    沈念sama閱讀 45,401評(píng)論 2 352
  • 正文 我出身青樓酥泛,卻偏偏與公主長得像,于是被迫代替她去往敵國和親嫌拣。 傳聞我的和親對(duì)象是個(gè)殘疾皇子柔袁,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點(diǎn)故事閱讀 42,700評(píng)論 2 345

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容

  • 任務(wù): gfr和lkb1的突變情況异逐,在nsclc里面捶索,包括tcga和ccle 一. 背景介紹: EGFR是原癌基因...
    土豆學(xué)生信閱讀 5,443評(píng)論 1 19
  • 進(jìn)行腫瘤的研究,求兩個(gè)或多個(gè)基因的相關(guān)性灰瞻,可以用GEPIA2或者直接下載數(shù)據(jù)用R語言處理腥例,如果能再加上細(xì)胞系的相關(guān)...
    高大石頭閱讀 4,079評(píng)論 6 13
  • 從CCLE中提取出目的細(xì)胞系的數(shù)據(jù) 了解RNAhttps://www.britannica.com/science...
    Juan_NF閱讀 5,744評(píng)論 0 12
  • 表情是什么,我認(rèn)為表情就是表現(xiàn)出來的情緒酝润。表情可以傳達(dá)很多信息燎竖。高興了當(dāng)然就笑了,難過就哭了要销。兩者是相互影響密不可...
    Persistenc_6aea閱讀 124,154評(píng)論 2 7
  • 16宿命:用概率思維提高你的勝算 以前的我是風(fēng)險(xiǎn)厭惡者构回,不喜歡去冒險(xiǎn),但是人生放棄了冒險(xiǎn)疏咐,也就放棄了無數(shù)的可能纤掸。 ...
    yichen大刀閱讀 6,033評(píng)論 0 4