任務(wù)： gfr和lkb1的突變情況，在nsclc里面峦树，包括tcga和ccle
一. 背景介紹：
EGFR是原癌基因c-erbB1的表達(dá)產(chǎn)物，是表皮生長(zhǎng)因子受體（HER）家族成員之一常熙。該家族包括HER1（erbB1喉磁，EGFR）、HER2（erbB2涕癣，NEU）哗蜈、HER3（erbB3）及HER4（erbB4）。HER家族在細(xì)胞生理過(guò)程中發(fā)揮重要的調(diào)節(jié)作用坠韩。
EGFR表達(dá)于正常上皮細(xì)胞表面距潘，而在一些腫瘤細(xì)胞中常過(guò)表達(dá)，EGFR的過(guò)表達(dá)和腫瘤細(xì)胞的轉(zhuǎn)移只搁、侵潤(rùn)音比、預(yù)后差有關(guān)。EGFR下游的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路主要有兩條：一條是Ras/ Raf/ MEK/ERK-MAPK 通路氢惋，而另一條是PI3K/Akt/mTOR通路洞翩。
EGFR突變：EGFR酪氨酸激酶區(qū)域的突變主要發(fā)生在18-21外顯子，其中19和21號(hào)外顯子突變覆蓋突變的 90%焰望。
人LKB1(Liver kinase B1)基因或稱STK 11(Serine-Threonine Kinase 11骚亿，STK 11)，定位于人染色體19p 13 .3的位置熊赖。含10個(gè)外顯子来屠，編碼蛋白LKB1由433個(gè)氨基酸組成, 分子量約50 kda，包括激酶區(qū)域(44~309 ) 震鹉，N 端調(diào)節(jié)域和C 端調(diào)節(jié)域的妖。N 端調(diào)節(jié)域含一個(gè)核定位序列, 使LKB1定位于細(xì)胞核中。LKB1 在人體多種組織中廣泛表達(dá)足陨。 以幼肝，睪丸娇未，小腸和骨骼肌最多墨缘。
LKB1基因的胚系失活突變可導(dǎo)致癌癥易感病皮杰氏綜合征(Peutz-Jeghers syndrome, PJ S) , 該病患者多發(fā)錯(cuò)構(gòu)瘤息肉且患癌癥風(fēng)險(xiǎn)增加。LKB1基因的體細(xì)胞突變廣泛地存在于眾多類型的惡性腫瘤中, 如肺癌。結(jié)腸癌和乳腺癌等, 因此,LKB1被普遍認(rèn)為是抑癌基因镊讼。LKB1基因的編碼產(chǎn)物L(fēng)KB1蛋白是一種絲氨酸/蘇氨酸激酶, 調(diào)節(jié)多種細(xì)胞生理病理過(guò)程宽涌。
LKB1的直接底物包括AMPK(AMP-activated protein kinase)和十二種AMPK激酶。LKB1通過(guò)促進(jìn)AMPK α亞基上Thr172位點(diǎn)的磷酸化蝶棋，增強(qiáng)AMPK的磷酸化水平卸亮，從而使AMPK激活。
二. cBioPortal突變查詢
cBioPortal網(wǎng)站整合了126個(gè)腫瘤基因組研究的數(shù)據(jù)玩裙，包括TCGA和ICGC等大型的腫瘤研究項(xiàng)目兼贸，涵蓋了兩萬(wàn)八千例標(biāo)本的數(shù)據(jù)，此外部分樣品還包括了臨床預(yù)后等表型的信息吃溅。cBioPortal的基因組數(shù)據(jù)類型包括體細(xì)胞突變溶诞，DNA copy-number alterations（CNAs），mRNA和miRNA表達(dá)决侈，DNA甲基化螺垢，蛋白質(zhì)富集，磷酸化蛋白富集赖歌。
- 首先登陸cBioPortal for Cancer Genomics官方網(wǎng)站http://www.cbioportal.org/枉圃，
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現(xiàn)以EGFR和LKB1的在腫瘤中的突變情況例進(jìn)行檢索，界面的左上角有查詢界面和數(shù)據(jù)下載兩大功能庐冯，選擇TCGA Pancancer Atlas Studies和Cell lines孽亲；
圖2 -
可同時(shí)輸入多個(gè)基因名稱，以空格隔開即可肄扎，系統(tǒng)會(huì)檢驗(yàn)?zāi)爿斎氲幕蛎Q是否正確或者數(shù)據(jù)是否存在這個(gè)基因的表達(dá)墨林，出現(xiàn)綠色標(biāo)簽“All gene symbols are valid”，說(shuō)明你輸入基因正確犯祠。此處我們選擇了突變和拷貝數(shù)變化旭等，填入需要查詢的數(shù)據(jù)集EGFR和LKB1，此處LKB1換成STK11衡载。
圖3
4.查詢結(jié)果如下搔耕，基因在腫瘤病人中的基因改變類型的比例情況；提交后得到下圖結(jié)果：
放大顯示界面：
在Oncoprint標(biāo)簽頁(yè)里面痰娱，不同的圖例代表不同的突變類型弃榨，此外，還能把變異比對(duì)到具體的蛋白結(jié)構(gòu)域梨睁，并且配有蛋白三維結(jié)構(gòu)的圖（Mutations標(biāo)簽頁(yè)）鲸睛。關(guān)鍵是可以調(diào)整顯示的方式和圖形的大小，最終還能導(dǎo)出不同格式的圖坡贺，滿足各位發(fā)表文章的需要官辈。網(wǎng)址
圖形解釋可以查看生信菜鳥團(tuán)使用可視化工具M(jìn)utationMapper來(lái)看看基因上面突變的分布
http://www.bio-info-trainee.com/category/cancer/page/2
CN Segements
EGFR在各種癌癥中的總結(jié)：
單獨(dú)查詢?cè)贑CLE中的突變：
添加熱圖：
cBioPortal for Cancer Genomics: EGFR in Prostate (TCGA PanCan) and 31 other studies
mRNA表達(dá)分析
在肺癌中的變化：
箱式圖
點(diǎn)開“co-expression”箱舞，可查看EGFR基因和其他相關(guān)基因的共表達(dá)分析情況，基于基因的表達(dá)量計(jì)算特定基因與其他每個(gè)基因的相關(guān)系數(shù)拳亿，相關(guān)系數(shù)越大證明兩者之間關(guān)系越密切（正數(shù)代表正相關(guān)晴股，負(fù)數(shù)代表負(fù)相關(guān)），越有可能是上下游作用關(guān)系肺魁，通過(guò)這個(gè)信息我們就能快速鎖定下游的相關(guān)分子和通路了电湘。選擇相應(yīng)的基因，右邊會(huì)出現(xiàn)表達(dá)正相圖：
EGFR調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和藥物反應(yīng)
對(duì)于調(diào)控網(wǎng)絡(luò)cBioPortal通過(guò)基因互作數(shù)據(jù)庫(kù)鹅经，例如PID寂呛、PANTHER、Reactome等數(shù)據(jù)庫(kù)尋找與候選基因相關(guān)聯(lián)的基因瞬雹，然后通過(guò)互作強(qiáng)弱分析構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)昧谊。此外，利用DrugBank酗捌、KEGG Drugs和Cancer Cell Line Encylopedia等藥物反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)呢诬，針對(duì)相關(guān)的藥物靶向的基因進(jìn)行標(biāo)注，從調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的角度指導(dǎo)分子互作和藥物反應(yīng)實(shí)驗(yàn)胖缤。
三. 細(xì)胞突變基因研究CCLE（CancerCell Line Encyclopedia）
網(wǎng)址：https://portals.broadinstitute.org/ccle尚镰，里面包含了很多癌細(xì)胞系的基因表達(dá)和突變的信息，需要注冊(cè)賬號(hào)哪廓。
EGFR mRNA表達(dá)信息
EGFR 拷貝數(shù)變化
EGFR 突變信息
四狗唉、臨床樣本突變數(shù)據(jù)庫(kù)InternationalCancer Genome Consortium (ICGC)
網(wǎng)址：https://dcc.icgc.org/，在里面可以查詢自己想要查詢的基因在臨床樣本里的突變情況涡真。打開主頁(yè)分俯，可進(jìn)行快速搜索，也可以高級(jí)搜索哆料。
EGFR藥物：
EGFR突變結(jié)構(gòu):
ICGC Mutations圖：
五.其他數(shù)據(jù)庫(kù)COSMIC（Catalogueof Somatic Mutations in Cancer）
網(wǎng)址https://cancer.sanger.ac.uk/cell_lines缸剪，這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)細(xì)胞系沒(méi)有CCLE那么全，但功能比CCLE多东亦，不僅能查詢細(xì)胞杏节，還能查詢突變基因的一些其他相關(guān)信息。
在下面紅框內(nèi)選擇細(xì)胞類型典阵，例如A549.
EGFR的突變信息
參考資料：
- 使用可視化工具M(jìn)utationMapper來(lái)看看基因上面突變的分布
- 生信菜鳥團(tuán)TCGA知識(shí)http://www.bio-info-trainee.com/category/cancer/page/2
- 腫瘤里的基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)奋渔，你知多少？http://www.sohu.com/a/253612170_652735
- 腫瘤基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)終結(jié)者：cBioPortal---轉(zhuǎn)載
- 功能超強(qiáng)大的免費(fèi)腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)—cBioPortal
http://www.geneseed.com.cn/page464?article_id=413 - cBioportal中文教程https://cloud.tencent.com/developer/article/1332367
- 使用cBio Cancer Genomics Portal綜合分析癌癥基因和臨床資料https://www.howsci.com/integrative-analysis-of-complex-cancer-genomics-and-clinical-profiles-using-the-cbioportalal.html
- TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)在線使用http://www.360doc.com/content/17/0827/13/33204118_682489684.shtml
- 下載cBioPortal中的文章相關(guān)數(shù)據(jù)http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/660
