寫在前面
天氣開始暖和了??涂召，發(fā)現(xiàn)旅游的人好多啊眯漩！~??
不知道自己什么時候能有時間出去看看外面的世界芹扭，實在是太忙了。??
最近用到的有個包感覺很不錯赦抖，分享給大家舱卡，funkyheatmap包。??
完美可視化數(shù)據(jù)队萤，包括字符型和數(shù)值型轮锥。??
這個包是出自Nature Biotechnology中，文章在這里：??
Saelens, W., Cannoodt, R., Todorov, H. et al. A comparison of single-cell trajectory inference methods. Nat Biotechnol 37, 547–554 (2019). https://doi.org/10.1038/s41587-019-0071-9 IF: 68.164 Q1
顏值還是蠻高的要尔，大家學(xué)起來啊舍杜，可以用來可視化臨床信息的baseline、基因的基本信息等等赵辕。??
用到的包
rm(list = ls())
library(tidyverse)
library(funkyheatmap)
示例數(shù)據(jù)
今天用到的是diamonds數(shù)據(jù)既绩，非常經(jīng)典的dataset。??
dat1 <- diamonds %>%
rownames_to_column(., "id") %>%
head(20)
DT::datatable(dat1)
簡單可視化
大家直接使用funky_heatmap即可还惠，是不是顏值還不錯饲握。??
funky_heatmap(dat1,
column_info = NULL,
row_info = NULL,
column_groups = NULL,
row_groups = NULL,
palettes = NULL,
scale_column = T,
add_abc = T,
col_annot_offset = 3,
col_annot_angle = 35,
removed_entries = NULL,
expand = c(xmin = 0, xmax = 2, ymin = 0, ymax = 0)
)
復(fù)雜繪圖
我們再復(fù)現(xiàn)一下這篇Nature Biotechnology上的圖吧，需要用到kableExtra包內(nèi)的數(shù)據(jù)蚕键。??
5.1 加載數(shù)據(jù)
library(kableExtra)
data("dynbenchmark_data")
5.2 查看數(shù)據(jù)
看一下數(shù)據(jù)類型吧救欧。??
dat2 <- dynbenchmark_data$data
dat2[,1:12]
5.3 提取列名
數(shù)據(jù)太大，我們先只提取其中幾列進(jìn)行可視化吧锣光。??
preview_cols <- c(
"id",
"method_source",
"method_platform",
"benchmark_overall_norm_correlation",
"benchmark_overall_norm_featureimp_wcor",
"benchmark_overall_norm_F1_branches",
"benchmark_overall_norm_him",
"benchmark_overall_overall"
)
dat2[,preview_cols]
5.4 初步繪圖
funky_heatmap(dat2[,preview_cols])
5.5 列信息
提取一下列信息笆怠，后面會用到。??
column_info <- dynbenchmark_data$column_info
column_info
5.6 再次可視化
把data都輸入進(jìn)去吧誊爹，再畫一下圖看看蹬刷，顏值高多啦。??
funky_heatmap(dat2, column_info = column_info)
5.7 列的分組信息
column_groups <- dynbenchmark_data$column_groups
column_groups
5.8 行信息
row_info <- dynbenchmark_data$row_info
row_info
5.9 行的分組信息
row_groups <- dynbenchmark_data$row_groups
row_groups
5.10 分組配色
我們給不同分組配上不同的配色替废。??
palettes <- dynbenchmark_data$palettes
print(palettes)
5.11 最終可視化
Perfect箍铭！~??
顏值很高，大家都沖白盗汀！~??
funky_heatmap(
data = dat2,
column_info = column_info,
column_groups = column_groups,
row_info = row_info,
row_groups = row_groups,
palettes = palettes,
col_annot_offset = 3.2
)
<center>最后祝大家早日不卷!~</center>
點(diǎn)個在看吧各位~ ?.???? ??? ?
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