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一.配置RStudio下載鏡像
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1.Tools-->Global options-->Packages-->Primary CRANrepository-->China(Beijing)...
- 輸入命令
options()$驗(yàn)證
- 輸入命令
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2.輸入命令：
options("repos" = c(CRAN="[https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/)"))options(BioC_mirror="options(BioC_mirror="[https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/](https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/)")
添加鏡像- 輸入命令
options()$BioC_mirror查詢(xún)
- 輸入命令
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3.編輯.Rprofile配置文件
輸入命令：
file.edit('~/.Rprofile')添加代碼：
options("repos" = c(CRAN="[https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/)"))options(BioC_mirror="options(BioC_mirror="[https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/](https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/)")保存重啟后輸入
options()$repos和options()$BioC_mirror進(jìn)行驗(yàn)證和options()$BioC_mirror進(jìn)行驗(yàn)證
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二.安裝R包
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安裝命令：
1.
install.packages：安裝的包存在于CRAN網(wǎng)站2.BiocManager::install：安裝的包存在于Biocductor-
3.安裝BioConductor
輸入
library("BiocVersion")等命令檢查是否安裝過(guò)BioConductor-
安裝命令;
install.packages("BiocManager")BiocManager::install()
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升級(jí)BioConducor及相關(guān)軟件包
先卸載當(dāng)前的安裝程序：
remove.packages(c("BiocInstaller", "BiocManager", "BiocVersion"))再次安裝新版本：
install.packages("BiocManager")BiocManager::install(update=TRUE, ask=FALSE)
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使用舊版軟件：
BiocManager::install(version="版本號(hào)")
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安裝加載命令
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以安裝dplyr為例
options("repos" = c(CRAN="[https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/)"))options(BioC_mirror="[https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/](https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/)")install.packages("dplyr")library(dplyr)
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三.dplyr包的應(yīng)用
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1.mutate(),新增列
新增一列new,數(shù)值為SepalLength 與SepalWidth的乘積.png -
2.select(),按列篩選
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(1)按列號(hào)篩選
選擇第一列&選擇第一列和第五列.png -
(2)按列名篩選
選擇對(duì)應(yīng)的列翰意，將保存至變量vars中.png
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3.filter()篩選行
篩選Species為setosa與versicolor的行.png
篩選Species為setosa對(duì)應(yīng)的行;篩選Species為setosa對(duì)應(yīng)且SepalLength數(shù)值大于5的行.png -
4.arrange(),按某1列或某幾列對(duì)整個(gè)表格進(jìn)行排序
arrange排序默認(rèn)從小到大排序途样，輸入?yún)?shù)desc后按照從大到小排序.png -
5.summarise()：匯總
mean計(jì)算平均值sd計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)差.png
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6.管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
同Linux管道操作，將前面得到的數(shù)據(jù)作為標(biāo)準(zhǔn)輸入
7.count統(tǒng)計(jì)某列的unique值
8.將2個(gè)表進(jìn)行連接
1.內(nèi)連inner_join,取交集
2.左連left_join
3.全連full_join
4.半連接：返回能夠與y表匹配的x表所有記錄semi_join
5.反連接：返回?zé)o法與y表匹配的x表的所記錄anti_join
6.簡(jiǎn)單合并
