在序列比對的過程中般甲,常常需要將核苷酸序列轉(zhuǎn)換為氨基酸序列肋乍,比對氨基酸是否有所突變。方法有很多敷存,我常用的一種是通過SnapGene軟件轉(zhuǎn)換墓造。操作如下:
1.需要準(zhǔn)備一條目的基因序列(fasta格式),通過SnapGene軟件打開锚烦。點擊Map選項卡觅闽,選中CDS的區(qū)域(如果這個文件為cds序列,則全部選中涮俄;若cds是片段蛉拙,則選中cds的片段部分)
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2.點擊上方feature-Add feature,給CDS區(qū)域加上feature彻亲;
feature
3.設(shè)置feature孕锄,點擊Type-CDS-OK,設(shè)置完畢苞尝;
feature
4.點擊Action-Make protein畸肆,得到氨基酸序列;
make protein
5.點擊Sequence即是需要氨基酸的序列宙址,可以保存為prot文件轴脐,也可以復(fù)制保存為fasta格式文件
protein序列