一旦我們對數(shù)據(jù)質(zhì)量感到滿意，我們就可以開始分析數(shù)據(jù)了。通常怕膛，進入分析的第一步需要將RNA-seq讀取映射到基因組。我們可以使用許多工具來執(zhí)行短讀對齊煮纵，應(yīng)該根據(jù)分析目標和需求仔細選擇。對于RNAseq基因表達分析來說偏螺，HISAT2是一種非承惺瑁快速的工具，在已發(fā)表的基準測試中具有良好的性能套像。
首先是下載最新版本的hisat2,網(wǎng)址：http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/
# cd? ?進入下載目錄
# unzip hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zip
# pwd? ? #查看下載的位置
由于是二進制的可執(zhí)行文件酿联，所以不用編譯，直接加入環(huán)境變量
?# export PATH=/root/hisat2-2.2.1:$PATH
然后?查看運行情況
#?hisat2-build --help
此時可能會提示錯誤
hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by hisat2-build)
hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by hisat2-build)
hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by hisat2-build)
就是說版本低了夺巩，要升級相關(guān)文件的版本
要不降低版本贞让，要不用最新的，
cd /usr/local/lib64
# 下載最新版本的libstdc.so_.6.0.26
sudo wget http://www.vuln.cn/wp-content/uploads/2019/08/libstdc.so_.6.0.26.zip
unzip libstdc.so_.6.0.26.zip
# 將下載的最新版本拷貝到 /usr/lib64
cp libstdc++.so.6.0.26 /usr/lib64
cd? /usr/lib64
# 查看 /usr/lib64下libstdc++.so.6鏈接的版本
ls -l | grep libstdc++
libstdc++.so.6 ->libstdc++.so.6.0.19? #這個一定要反復(fù)檢查
# 刪除/usr/lib64原來的軟連接libstdc++.so.6柳譬，刪除之前先備份一份
sudo rm libstdc++.so.6
# 鏈接新的版本
sudo ln -s libstdc++.so.6.0.26 libstdc++.so.6
# 查看新版本喳张，成功
ls -l | grep libstdc++
然后執(zhí)行
hisat2-build --help? #成功了
