看到了jimmy老師的下述文章彤路，才發(fā)現(xiàn)之前寫的RNAseq實(shí)戰(zhàn)還漏了個(gè)轉(zhuǎn)錄因子富集分析：
常規(guī)轉(zhuǎn)錄差異建議都加上一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù) (qq.com)
基因集的轉(zhuǎn)錄因子富集分析 (qq.com)
為什么是AUC值而不是GSEA來(lái)挑選轉(zhuǎn)錄因子呢 - 知乎 (zhihu.com)
記一下阳藻，之后RNA-seq實(shí)戰(zhàn)學(xué)習(xí)一下使用RcisTarget包進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子富集分析渣蜗，補(bǔ)上這個(gè)內(nèi)容
RcisTarget：
Bioconductor：Bioconductor - RcisTarget
使用說(shuō)明書：RcisTarget: Transcription factor binding motif enrichment (bioconductor.org)
數(shù)據(jù)下載：Index of /cistarget/databases (aertslab.org)
一些中文教程：
常規(guī)轉(zhuǎn)錄差異建議都加上一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù) (qq.com)
基因集的轉(zhuǎn)錄因子富集分析 (qq.com)
RcisTarget || 從基因列表到調(diào)控網(wǎng)絡(luò) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
RcisTarget||轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基序富集 - 云+社區(qū) - 騰訊云 (tencent.com)
順便再記一下常用的轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)：最強(qiáng)攻略5：史上最全轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)匯總解讀 - 知乎 (zhihu.com)
人和小鼠常用TRRUST诅挑，這是一個(gè)人工注釋的轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)顽腾，包含轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)的靶基因珊佣、轉(zhuǎn)錄因子間調(diào)控關(guān)系堂油，頁(yè)面簡(jiǎn)潔明了棒卷，很不錯(cuò)：
TRRUST - Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text mining (grnpedia.org)
RcisTarget基本介紹
文章：SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering | Nature Methods
RcisTarget是SCENIC方法發(fā)表文章時(shí)所用的三大依賴包之一顾孽，在SCENIC workflow中的第二步
介紹
Rcis Target可識(shí)別基因列表中過(guò)表達(dá)（富集）的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基序 (TFBS)。
在第一步中比规，Rcis Target 選擇在基因集中基因的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn) (TSS) 周圍顯過(guò)表達(dá)的 DNA 基序若厚。這是通過(guò)使用包含每個(gè)基序的全基因組跨物種排名的數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)實(shí)現(xiàn)的。
然后苞俘，注釋到 TF 盹沈、具有高的標(biāo)準(zhǔn)化富集得分 (NES) 的基序?qū)⒈槐Ａ簟?br>
最后，對(duì)于每個(gè)基序和基因集吃谣，Rcis Target 預(yù)測(cè)候選目標(biāo)基因（即基因集中排名位于前沿的基因）
輸入數(shù)據(jù)
Rcis Target的主要輸入是要分析的基因集乞封。基因集可以作為一個(gè)“命名列表”提供岗憋，其中每個(gè)元素都是一個(gè)基因集(包含基因名稱的字符向量)或作為GSEABase:: gene Set肃晚。
輸出結(jié)果
Rcis Target 的最終輸出是一個(gè) data.table，其中包含富集基序的信息及其注釋：
