在這里，和國際同行一起學習單細胞數(shù)據(jù)分析讯沈。
還記得2019年上的第一門比較完整和前沿的課程是Suerat團隊的Single Cell Genomics Day，當時的議題有：
- Introduction to Deep Learning methods for single-cell analysis
- Integration and harmonization of single-cell data
- Single-cell genomics Recent advances and future directions
- Multi-modal single-cell analysis
- Imaging the transcriptome Mapping the brain with MERFISH
- Reconstruction of developmental trajectories during zebrafish embryogenesis
- Dissecting complex systems with multidimensional data
- Overview of sci-RNA-seq
其實這些課題放到今天依然是相對前言的卸亮，三年來我們見證了Suerat從V2到V4的轉變叫榕，也見證了單細胞技術在生命科學領域的快速普及。2021年Single Cell Genomics Day在美國東部時間2021年3月26日星期五上午10點至下午5點線上進行详炬。
主要議題有：
- 了解尖端分子技術盐类，包括：單細胞染色質狀態(tài)和轉錄因子整合分析，利用單細胞進行體內CRISPR篩選呛谜，并進行單細胞原位測序在跳。
- 發(fā)現(xiàn)強大的新計算方法，包括：軌跡推斷和單細胞“命運映射（fate mapping）算法隐岛，將查詢數(shù)據(jù)集“映射”到“參考數(shù)據(jù)集”的工具硬毕，以及將空間解析基因表達測量與scRNA-seq數(shù)據(jù)集集成的方法。
- 了解大規(guī)模多路實驗設計的策略以及統(tǒng)計建模礼仗，如健康和疾病狀態(tài)單細胞數(shù)據(jù)集比較的新方法吐咳。
- 觀點的分享。
值此預告之際元践，我們簡要回顧一下Seurat的早期歷史韭脊。2014年Seurat第一次以文章附錄的形式發(fā)表，當時的代碼居然是粘貼在PDF文檔里的单旁。
現(xiàn)在只要做單細胞轉錄組沪羔，幾乎都會聽過Seurat。但是它有著普通R包的成長史：代碼塊到函數(shù)到R包象浑。2019年才登錄CRAN蔫饰，其實并不算開發(fā)的快的R包。這也我啟發(fā)我們要腳踏實地寫代碼愉豺，不要著急篓吁，慢慢來比較快。
Seurat提供的S4對象已成經典蚪拦，如我們看到有人這樣講這個結構：
學習生信杖剪，把自己的想法打包成順手的工具。
