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應該是沒有發(fā)表正式文章
貌似可以以進行聚類分析為主，還可Principal Coordinate analysis预烙，引物從原始數據到聚類文件輸入文件-計算dissimilarities-得到樹文件
建樹流程
現在就是明白軟件的對于基因型SSR數據的輸入格式弟胀，軟件以.var 格式作為軟件的輸入格式尤揣，其格式具體內容如下：
1 2 3 行都是一些特定的描述疙筹，之后為你的數據
var格式
輸入文件 .VAR components`具體的數據格式包括:
Single data： 顯性數據隔盛。單倍體數據呕臂，0/1格式數據
Sequence data：序列數據
本實驗為帶有基因型的SSR數據，即是軟件中的
Allelic data: 第一行需表明倍性查坪，第二行位點數和等位基因樹
Allelic data.png
最方便得到.var文件就是預先處理自己文件為一下這種文本格式,本次將999作為missing data
DataMatrix
然后import這個文件即可寸宏，會輸出Var格式的文件作為標準的軟件輸入格式文件，可選擇什么作為missingdata偿曙。這種情況會清除DataMatrix里的對于樣本的命名氮凝，重新按順序從1開始進行命名，很不友好望忆，嘗試自己將DataMatrix更改為var格式罩阵，是可以的只要第一列即樣本列只是數字即可，后續(xù)進行轉換吧启摄。重命名后也會很迷惑稿壁，還是使用原文件DataMatrix用軟件轉換成var吧，之后的樹形文件中的標簽可以直接使用itol進行更改
import
輸入文件 .AFT 文件
計算PCA時的輸入文件歉备，不關注
中間文件 .DIS 文件
計算得到的dissimilarity matrix 可從其他軟件計算得到傅是，應該也可以從var文件中使用DARwin計算得到。
image.png
如何計算dissimilarity matrix
image.png
image.png
而對于missing data如何進行操作梳侨，可刪除整個樣本或整個位點，一般選擇第三個選項也是默認日丹。
然后設置bootstraps走哺，點擊右上save即可，得到dis文件
結果文件 .ARB
應該時對樹形文件的描述哲虾，看不懂
image.png
然后就可以使用itol等軟件進行編輯了束凑。
