由于13號睡前停電斷網(wǎng)，所以我把兩天的內(nèi)容放在一起去寫了

當(dāng)有很多事情擺在你面前的時候颤陶，你需要按照urgent的順序分類浸船，先做最urgent的事情褪储，而不是逃避去把最urgent的事情放到最后去做。

14號的雜事有注冊QE和填網(wǎng)上的銀行賬戶。

最重要的事情是把作業(yè)寫完罗售，發(fā)完郵件和train新的代碼辜窑。

一、把ITK-SNAP的一些問題弄懂

參考文章：2019-02-03

我先下載原圖寨躁，然后導(dǎo)入到ITK-SNAP里去看問題穆碎。下載文件的時候去整理好電腦桌面。

A职恳、需要解釋的問題

1所禀、關(guān)于bit的問題：

什么是bit:

顏色深度概念：顏色深度是指每個像素可以顯示的顏色數(shù)，一般是用“位-Bit”為單位來描述的放钦。

舉例說明：

如果一個圖片支持256種顏色（如GIF格式）色徘，那么就需要256=2^8?個不同的值來表示不同的顏色。也就是從0到255操禀，用二進(jìn)制表示就是從00000000到11111111褂策，總共需要8位二進(jìn)制數(shù)，所以顏色深度是8 Bit颓屑。

軟件只支持8-bit或者16-bit

之前的圖恰好是8-bit的斤寂，所以在label的時候沒有遇到什么問題。

2揪惦、關(guān)于load image sequence 的問題：

首先從imageJ里load file sequence遍搞，然后save as rawdata。再在ITK-SNAP里load剛剛save的raw data即可器腋。?

3溪猿、加載的圖像在Y坐標(biāo)翻轉(zhuǎn)：

左下角是原點.

圖像并沒有翻轉(zhuǎn)呀

4、label image要比原圖大：

是原圖的兩倍大纫塌。

原圖是1024*1024,8bit

label之后再保存诊县，圖像的大小是：2MB，1024*1024而且是16bit措左。

5翎冲、是否支持image_sequence的導(dǎo)入？

在ImageJ里導(dǎo)入image_sequence媳荒，然后在ITK-SNAP里，z軸的pixel選為sequence的數(shù)目即可驹饺。

B钳枕、自己的探究

1、一開始往ITK-SNAP里導(dǎo)入不成功的原因：

原圖是12bit赏壹，但是我導(dǎo)入的時候選的是支持8bit鱼炒。

怎么看rawdata是12bit還是8bit呀？

2蝌借、為什么要把TIF圖變成rawdata格式的圖昔瞧，有什么優(yōu)點呢指蚁？

怎么查看圖片的位深度？

對TIF圖片自晰，右鍵屬性凝化，詳細(xì)信息，可以看到位深度為24酬荞。

3搓劫、怎么放大圖？

點擊刷子旁邊的放大鏡按鈕混巧，選擇2*或者4*即可枪向。

4、最后保存的nrrd的圖怎么處理咧党？

參考這篇：https://blog.csdn.net/Michelexie/article/details/81907613

nrrd格式用Python讀取并保存為png圖片

C秘蛔、從學(xué)姐那里學(xué)來的一些技巧

1、先導(dǎo)入image sequence,然后存成 rawdata傍衡，這時候變成了3Dstack的rawdata

2深员、存圖片的時候，直接點上面的segmentation聪舒，然后存成nrrd格式的segmentation.（不推薦直接存成workspace）

3辨液、再次導(dǎo)入的時候，你先加載原圖箱残，然后把存的segmentation的nrrd丟進(jìn)來滔迈。

4、然后你在label的時候可以選擇3D label被辑，然后前后調(diào)整圖像去微調(diào)燎悍。這樣就不用每一張圖都自己重新畫啦。

5盼理、存起來是黑白的谈山，但是可以用colorcoding的代碼讓圖像變得好看。

二宏怔、train起來pixel2pixel的GAN網(wǎng)絡(luò)

接著2019-02-08去寫奏路。

1、分析例子里的數(shù)據(jù)集：

例子里的數(shù)據(jù)集有3個文件夾：train, test, val臊诊，分別含有的圖像數(shù)目為：400鸽粉，106,100

2、開始combine_images

遇到問題1：

跑出來的結(jié)果：train 和 test 里沒圖抓艳，val里面有圖触机，但是不對應(yīng)。

（1）不對應(yīng)的原因是：val文件夾命名的時候順序錯亂了。

（2）train 和 test 里沒圖儡首，但是val里有圖：

原因：命名問題：組合在一起的照片務(wù)必需要有相同的名字片任！

命令：

在主文件夾下運行這段命令

python3 ./datasets/combine_A_and_B1.py?--fold_A ./datasets/cell2/A --fold_B ./datasets/cell2/B --fold_AB ./datasets/cell2

記得是運行1.py，原因在2019-02-08里有寫蔬胯。

成功对供，終于有圖了！

3笔宿、開始train

參考網(wǎng)站：

https://github.com/junyanz/pytorch-CycleGAN-and-pix2pix

https://blog.csdn.net/Gavinmiaoc/article/details/80585531

正確的命令應(yīng)該是：

python train.py --dataroot ./datasets/cell2 --name cell2_pix2pix --model pix2pix --direction AtoB

網(wǎng)站上的相關(guān)文字如下：

Train a model:

#!./scripts/train_pix2pix.sh

python train.py --dataroot ./datasets/facades --name facades_pix2pix --model pix2pix --direction BtoA

To view training results and loss plots, run?python -m visdom.server?and click the URL?http://localhost:8097. To see more intermediate results, check out?./checkpoints/facades_pix2pix/web/index.html.

Test the model (bash ./scripts/test_pix2pix.sh):

#!./scripts/test_pix2pix.sh

python test.py --dataroot ./datasets/facades --name facades_pix2pix --model pix2pix --direction BtoA

The test results will be saved to a html file here:?./results/facades_pix2pix/test_latest/index.html. You can find more scripts at?scripts?directory.

先跑一下犁钟，能正常跑起來了之后，然后再放到后臺去跑泼橘。

遇到問題1涝动；怎么改batch_size？

看一下主文件夾下的option文件夾下的train_option.py和base_option.py文件炬灭。

在base_option.py里醋粟，有epochs和batch_size的選項。

--batch_size 2

--epoch 100

這樣的話重归，命令可以改為：

python train.py --dataroot ./datasets/cell2 --name cell2_pix2pix --model pix2pix --direction AtoB?--epoch 100?--batch_size 2

解決問題米愿。

然后放到后臺去跑吧！

參考文章：2019-02-07

因此鼻吮，命令行如下：

nohup?python train.py --dataroot ./datasets/cell2 --name cell2_pix2pix --model pix2pix --direction AtoB?--epoch 100?--batch_size 2 &

我估計是網(wǎng)絡(luò)原因?qū)е铝艘婚_始跑到一半就沒有顯示進(jìn)程了育苟。。椎木。违柏。??

原來是自己的網(wǎng)線接口壞掉了。

進(jìn)程編號是：19902

遇到問題2：如何結(jié)束這個進(jìn)程香椎？

因為主文件夾下的nohup.out里裝了上一次的運行代碼漱竖，所以你需要刪掉它，再開始跑這次的畜伐。所以需要結(jié)束進(jìn)程馍惹。

參考網(wǎng)址：https://www.cnblogs.com/baby123/p/6477429.html

終止進(jìn)程的代碼：

kill -9? 進(jìn)程號

查看后臺進(jìn)程的代碼：

jobs -l

重新跑，這次的進(jìn)程編號是：20504

但是nohop.out里還是有以前的信息記錄啊玛界。万矾。。慎框。

先跑著吧 不管那么多了勤众。

其實我覺得自己可以先跑一下例程，看一下例程里有沒有什么 client log的鲤脏。

還是停下來跑例程吧！

明明后臺有程序在跑啊，為啥輸入jobs -I 沒有東西輸出呢猎醇？

我試試看跑例程嗷窥突，跑例程也遇到一樣的情況。

nohup python train.py --dataroot ./datasets/facades --name facades_pix2pix --model pix2pix --direction BtoA &

進(jìn)程號是21699

這時候輸入：jobs -l硫嘶，會看到一個running的進(jìn)程阻问。

也是遇到了一樣的情況，那么就等著它跑就好了沦疾。

好奇怪啊称近，關(guān)掉Ubuntu，再進(jìn)來哮塞，再輸入job -I刨秆，就沒有進(jìn)程了。忆畅。衡未。好奇怪啊。家凯。缓醋。。

上一次似乎是報錯了：

train.py: error: argument --direction: expected one argument