Prefetch

我們下載一個SRA數(shù)據(jù)秸抚,SRR1972917蓝撇,直接輸入SRA ID即可。
prefetch SRR1972917
1密浑、prefetch下載的數(shù)據(jù)在home目錄下的ncbi目錄里。

ll ~/ncbi/public/ 
2、默認(rèn)下載的是sra格式數(shù)據(jù),可以使用fastq-dump將sra轉(zhuǎn)換為fastq了章喉。

fastq-dump --gzip --split-3 SRR1972917.sra
3、其實身坐,也可以直接使用fastq-dump下載數(shù)據(jù)秸脱,下載之后直接即使fastq格式,不過還是選擇prefetch比較好部蛇,因為sra數(shù)據(jù)格式比fastq格式占用空間較小摊唇,下載速度快;另一方面涯鲁,sra也方便斷點續(xù)傳巷查。

#直接利用fastq-dump下載數(shù)據(jù)
fastq-dump --split-files SRR1972917
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