HPA數(shù)據(jù)庫（Human Protein Atlas）是基于蛋白組學(xué),轉(zhuǎn)錄組學(xué)以及系統(tǒng)生物學(xué)數(shù)據(jù)山涡，可以繪制組織伺通、細(xì)胞、器官等圖譜养涮。不僅收錄了腫瘤組織葵硕，也涵蓋了正常組織的蛋白表達(dá)情況眉抬，而且還可以查閱腫瘤患者的生存曲線。

接下來懈凹，我們進(jìn)一步了解該數(shù)據(jù)庫的細(xì)節(jié)蜀变。

網(wǎng)址：https://www.proteinatlas.org

整個(gè)界面還是比較清爽的，SEARCH欄中我們可以搜索想要查的基因或蛋白信息介评。

在Fields可以進(jìn)一步限定檢索范圍库北，包括GENE?INFO，DATA?RELIABLITY们陆，ANTIBODY?VALIDATION寒瓦，PRIMARY?DATA，PROTEIN?ENVIDENCE坪仇，EXTRA杂腰。

接下來，我們以CDK1為例椅文，有對(duì)該基因的描述喂很，以及證據(jù)等級(jí)，以及各種圖譜結(jié)果（tissue,?Cell type, Pathology, Brain, Cell）皆刺。我們發(fā)現(xiàn)每個(gè)圖譜都有圓形標(biāo)示恤筛，圓形表明證據(jù)級(jí)別最高（enhanced），其次3/4（supported）,1/2(approved),1/4(uncertain)芹橡。

我們以CDK1為例毒坛，點(diǎn)擊CDK1，則顯示其蛋白信息林说，基因名稱煎殷，組織特異性，細(xì)胞特異性腿箩，血液特異性豪直，腦組織中特異性，在腫瘤中診斷價(jià)值珠移，預(yù)測(cè)位置弓乙，亞細(xì)胞概要以及蛋白功能，分子功能钧惧，生物學(xué)過程暇韧，相關(guān)級(jí)別，ligand浓瞪，以及基因概要懈玻。

繼續(xù)下拉到底部，主要包括六種圖譜乾颁，分別是Tissue atlas涂乌，Single cell type atlas, Pathology atlas, Brain atlas, Blood atlas, Cell atlas艺栈。

TISSUE?ATLAS：涵蓋了一般信息（基因名稱，描述湾盒，蛋白分類湿右，預(yù)測(cè)位置，轉(zhuǎn)錄本數(shù)目）罚勾，蛋白圖譜信息（RNA表達(dá)組織特異性毅人，RNA表達(dá)組織分布，蛋白證據(jù)等級(jí)荧库，蛋白表達(dá)定位）堰塌，免疫組化數(shù)據(jù)可靠性（數(shù)據(jù)可靠性，評(píng)分分衫，相應(yīng)抗體）场刑。RNA和蛋白表達(dá)圖譜，按照人體器官分布蚪战，左側(cè)顯示的是RNA表達(dá)牵现，右側(cè)是蛋白的表達(dá)。

在Tissue atlas中邀桑，蛋白表達(dá)概要中顯示在不同器官中表達(dá)水平瞎疼，想查閱哪部位則點(diǎn)擊相應(yīng)部位，如我們查看CDK1蛋白在肺中表達(dá)情況壁畸，我們則需點(diǎn)擊Lung那條柱贼急。

而查閱RNA表達(dá)水平，HPA提供了三個(gè)轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)捏萍，分別是HPA太抓，GTEx,和Consensus。

CELL?type?Atlas:跟Tissue Atlas前面類似令杈，存在general information, Human protein atlas information, single cell types以及single cell tissue走敌。另外也可以查閱在細(xì)胞系中表達(dá)情況。

Pathology?Atlas：前面類似逗噩，包含general information, Human protein atlas information掉丽，增加了免疫組化信息，如數(shù)據(jù)可靠性异雁，證據(jù)等級(jí)及相關(guān)抗體捶障。在Pathology?Atlas，可以看到該項(xiàng)目在不同腫瘤預(yù)后概要片迅，通過顏色區(qū)分残邀，粉紅色為高表達(dá)，藍(lán)色為低表達(dá)柑蛇，兩組預(yù)后生存率是否存在差異芥挣。另外也關(guān)聯(lián)了該基因在TCGA數(shù)據(jù)庫中信息，在不同腫瘤中RNA表達(dá)情況耻台。

在不同腫瘤中蛋白表達(dá)情況（免疫組化結(jié)果）空免，以及采用不同抗體表達(dá)情況。我們點(diǎn)擊Protein Expression中某一個(gè)cancer,我們可以查閱到該疾病患者生存情況以及疾病分期盆耽。每個(gè)圖譜都有相應(yīng)注釋蹋砚，包含Dead，Alive摄杂，Density dead坝咐，Densityalive，Density deadunder cut off,?Density dead?over?cut off析恢。繼續(xù)下拉墨坚，我們可以查看到具體某一病例免疫組化結(jié)果。

我們可以用同樣方法映挂，去查詢?cè)赽rain?和blood atlas泽篮。Brain Atlas包含了在human和mouse兩個(gè)物種的圖譜。相應(yīng)數(shù)據(jù)來源有四個(gè)數(shù)據(jù)庫柑船，分別為HPA帽撑，GTEx,?Consensus和Fantom5。在Blood Atlas鞍时，數(shù)據(jù)來源于HPA,亏拉，Consensus，Monaco逆巍，Schmiedel及塘。

我們可以通過HPA去查詢我們想要的數(shù)據(jù)。去尋找在腫瘤組織以及正常組織中差異表達(dá)蒸苇。