作者顾瞻，Evil Genius
好了痪蝇，開始這篇的內(nèi)容劝萤。
文章信息
A topographic atlas defines developmental origins of cell heterogeneity in the human embryonic lung
2023-01-16; Nature Cell Biology; IF: 28.213; DOI: 10.1038/s41556-022-01064-x
內(nèi)容概要：結(jié)合scRNA-seq的基因表達(dá)譜和完整組織切片上的空間分辨轉(zhuǎn)錄組學(xué)肋殴，構(gòu)建了一個(gè)全面的人類肺早期發(fā)育的地形圖譜尖殃，確定了83種肺細(xì)胞狀態(tài)，并推斷出了導(dǎo)致肺細(xì)胞顯著異質(zhì)性的發(fā)育軌跡屯耸，反映了肺的結(jié)構(gòu)和功能的復(fù)雜性拐迁。
我們簡(jiǎn)單分析文章中的幾個(gè)問題。
圖片1
問題1：定義是否都是先大類疗绣，在細(xì)分劃小類线召？
通常來講是，但也有文章像如圖這樣劃到很小類持痰，而且clusters之間的界限模糊灶搜，不是明顯的分類祟蚀。
這里再強(qiáng)調(diào)一點(diǎn)工窍，細(xì)胞定義的時(shí)候大家可能在公司分析的時(shí)候采用singleR或者CellID等軟件，但是當(dāng)大家寫文章的時(shí)候會(huì)發(fā)現(xiàn)問題很大前酿，因?yàn)榇蠖鄶?shù)文章都是以markers來界定細(xì)胞類型患雏，尤其高分文章，singleR或者CellID并不能提供這些信息罢维，大家要謹(jǐn)記淹仑。
問題2：我們?cè)诰垲惖臅r(shí)候，經(jīng)常返現(xiàn)某個(gè)cluster的細(xì)胞有一小部分散在其他地方肺孵，這是否是正常的匀借？
這種情況非常多，但是是不太正常的平窘，很多時(shí)候是由于質(zhì)控處理的不合適導(dǎo)致吓肋，尤其是多細(xì)胞的去除操作，現(xiàn)在單細(xì)胞都是以大細(xì)胞量著稱瑰艘，更要求嚴(yán)格的質(zhì)控處理
問題3是鬼、細(xì)胞niche的分析,圖c
這個(gè)分析我之前分享過肤舞，文章在10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞的空間依賴性
第四點(diǎn)，強(qiáng)調(diào)空間的臨近通訊均蜜。圖d
圖片2
第一點(diǎn)：PAGA是衡量cluster之間連接性的方法李剖，也有軟件用來做軌跡分析。
第二點(diǎn)：真正的發(fā)育軌跡還是需要單細(xì)胞來進(jìn)行分析囤耳，然后投射到空間上篙顺。
圖片3：
第一點(diǎn)：一般文章都會(huì)用多個(gè)軌跡分析方法來分析發(fā)育，可以斷定是哪個(gè)結(jié)果好用哪個(gè)紫皇，大家要注意這一點(diǎn)慰安。
第二點(diǎn)：關(guān)于圖上空間繪圖的實(shí)現(xiàn)方法，在10X空間轉(zhuǎn)錄組之繪圖小細(xì)節(jié)分享
圖片4:
這里只是強(qiáng)調(diào)一點(diǎn)聪铺，空間共定位熱圖的實(shí)現(xiàn)方法化焕，文章在10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞的空間依賴性,空間分析的必備個(gè)性化分析。
圖片5：
再次提醒大家文章的軌跡分析通常采用多個(gè)方法铃剔。
圖片6：
空間舉例分析撒桨，空間細(xì)胞遷移有序性的體現(xiàn)
